ประสิทธิภาพของยาปฏิชีวนะในการติดเชื้อนั้นขึ้นอยู่กับหลายปัจจัย การรักษาประสบความสำเร็จมากที่สุดในผู้ป่วยที่มีสุขภาพแข็งแรงซึ่งได้รับการดูแลอย่างทันท่วงทีและไม่ทำให้เกิดการติดเชื้ออย่างรุนแรง การอักเสบและการขาดออกซิเจนเป็นสาเหตุสำคัญของความเสียหายของอวัยวะในระหว่างการติดเชื้อและสิ่งเหล่านี้มีผลต่อความสำเร็จของการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ หากการติดเชื้อเกิดจากแบคทีเรียดื้อยาปฏิชีวนะมีแนวโน้มที่จะเกิดโรคแทรกซ้อนได้มากกว่า การติดเชื้อในทารกแรกเกิดมีความอันตรายเป็นพิเศษและต้องการการรักษาด้วยยาต้านจุลชีพและการรักษาอื่น ๆ ที่ละเอียดอ่อนเพื่อป้องกันการเสียชีวิตหรือสมองถูกทำลาย
การติดเชื้อเกิดขึ้นเมื่อการติดเชื้อแบคทีเรียเป็นระบบทำให้ระบบภูมิคุ้มกันตอบสนองต่อการอักเสบ รักษาโดยการดูแลของโรงพยาบาลซึ่งรวมถึงการสนับสนุนของเหลวยาต้านจุลชีพและสารต้านการอักเสบ ยาปฏิชีวนะเป็นพื้นฐานของการรักษาตั้งแต่การต่อสู้การแพร่กระจายของแบคทีเรียและผลกระทบของสารพิษของพวกเขาเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อความอยู่รอดของผู้ป่วย การใช้ยาปฏิชีวนะให้ประสบความสำเร็จในการติดเชื้อนั้นขึ้นอยู่กับจุลินทรีย์ที่เกี่ยวข้องและความแข็งแกร่งของระบบภูมิคุ้มกันของผู้ป่วยท่ามกลางปัจจัยอื่น ๆ หากเนื้อเยื่อจำนวนมากกลายเป็นอักเสบความตายอาจเกิดขึ้นได้เมื่อเลือดจับตัวเป็นลิ่มตัดออกซิเจนออกและทำให้เกิดความผิดปกติของอวัยวะหลายอย่าง
ประสิทธิผลของยาปฏิชีวนะในการติดเชื้อจะสูงที่สุดเมื่อผู้ป่วยได้รับยาอย่างรวดเร็วในระหว่างการติดเชื้อและไม่ได้มีความดันเลือดต่ำเป็นเวลานานที่เกิดจากการติดเชื้อในระบบบำบัดน้ำเสีย การรักษาขั้นต้นช่วยลดโอกาสที่ผู้ป่วยจะช็อกจากการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกัน ในทางกลับกันนี้จะลดความเสี่ยงของความเสียหายของอวัยวะและให้ยาปฏิชีวนะเวลาเพียงพอที่จะทำลายหรือลดจำนวนแบคทีเรียในเลือด คุณภาพโดยรวมของการดูแลรักษาที่สำคัญของโรงพยาบาลมีความสำคัญในการลดผลกระทบของการอักเสบหรือสารพิษจากแบคทีเรียและมีผลต่อประสิทธิภาพของการรักษา ผู้ป่วยที่มีการผ่าตัดลิ้นหัวใจมักจะมีความเสี่ยงสูงของภาวะแทรกซ้อนหากพวกเขากลายเป็นบำบัดน้ำเสีย
การติดเชื้อในโรงพยาบาลเกิดจากแบคทีเรียที่ทนต่อยาปฏิชีวนะที่กำหนดตามปกติหลายชนิด ถึงแม้จะมีการเลือกใช้ยาตั้งแต่เนิ่น ๆ และเหมาะสม แต่การติดเชื้อจากแบคทีเรียสายพันธุ์ต้านทานยังมีอัตราการตายสูงกว่า ตัวอย่างเช่น Staphylococcus aureus สามารถต้านทานยาเพนิซิลลินและยาประเภทเดียวกันได้ บางครั้งยาปฏิชีวนะ cephalosporin ค่อนข้างประสบความสำเร็จในการรักษาภาวะติดเชื้อในโรงพยาบาล แต่เชื้อจุลินทรีย์บางชนิดมีความต้านทานต่อสิ่งเหล่านี้ Aminoglycosides มีประสิทธิภาพในการลดการเสียชีวิตของผู้ป่วยจากแบคทีเรียสายพันธุ์ต้านทาน แต่บางครั้งยาเหล่านี้ทำให้เกิดความเสียหายต่อไต
การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะในทารกแรกเกิดติดเชื้อนั้นค่อนข้างท้าทาย ภาวะติดเชื้อในทารกแรกเกิดมีอัตราการตายสูงถึง 50% ในกรณีที่ไม่ได้รับการรักษาบางครั้งเกิดจากการอักเสบรอบสมองอันเป็นผลมาจากเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากแบคทีเรีย การใช้ยาปฏิชีวนะทางหลอดเลือดดำสำหรับการติดเชื้อในทารกแรกเกิดค่อนข้างมีประสิทธิภาพถ้ามันเกิดขึ้นในช่วงต้น ทางเลือกของยาปฏิชีวนะสำหรับการติดเชื้อชนิดนี้จะแตกต่างกันไปตามประเภทของแบคทีเรียประวัติของแม่และอัตราการติดเชื้อในหอผู้ป่วยหนักเฉพาะที่ทารกได้รับการรักษา
