แพทย์รักษาการติดเชื้อทุติยภูมิโดยการระบุและจัดการสาเหตุในขณะที่ยังคงให้การดูแลต่อการติดเชื้อดั้งเดิม สิ่งนี้อาจต้องใช้ยาหลายอย่างและการตรวจสอบอย่างรอบคอบเพื่อหาสัญญาณของภาวะแทรกซ้อน นอกจากนี้ยังมีขั้นตอนบางอย่างที่ผู้ให้บริการดูแลสามารถใช้เพื่อลดความเสี่ยงของการติดเชื้อทุติยภูมิ ผู้ป่วยในการรักษาสำหรับเงื่อนไขที่เกี่ยวข้องกับการติดเชื้อดังกล่าวควรรายงานอาการใหม่ให้แพทย์เพื่อตรวจสอบว่าการประเมินและการรักษามีความจำเป็น
ในการติดเชื้อทุติยภูมิการติดเชื้ออื่นพัฒนานอกเหนือจากปัญหาทางการแพทย์ดั้งเดิม การติดเชื้อครั้งหนึ่งอาจทำให้ระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอลงหรือยาที่ใช้ในการรักษาทำให้ผู้ป่วยเสี่ยงต่อการติดเชื้อ ยกตัวอย่างเช่นผู้ป่วยที่มีเชื้อไวรัสเอชไอวี (Human Immunodeficiency Virus: HIV) พัฒนาการติดเชื้อเพราะระบบภูมิคุ้มกันของพวกเขาไม่มีประสิทธิภาพและไม่สามารถต่อต้านแบคทีเรียเชื้อราและแบคทีเรีย ในทำนองเดียวกันผู้ป่วยที่มีการติดเชื้อแบคทีเรียในลำไส้อาจพบการติดเชื้อครั้งที่สองเพราะยาปฏิชีวนะที่ใช้ในการจัดการการติดเชื้อครั้งแรกปล้นลำไส้ของแบคทีเรียที่มีประโยชน์ซึ่งปกติจะโจมตีสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อ
หากผู้ป่วยพัฒนาสัญญาณของการติดเชื้อรองแพทย์อาจเริ่มต้นด้วยการร้องขอสำหรับวัฒนธรรมเพื่อตรวจสอบสิ่งที่ทำให้เกิดการติดเชื้อและเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับมัน ด้วยข้อมูลนี้ในมือแพทย์สามารถพัฒนาแผนการรักษา ผู้ป่วยอาจต้องใช้ยาเพื่อจัดการการติดเชื้อ หากมีข้อกังวลเกี่ยวกับความขัดแย้งของยาผู้ป่วยอาจเปลี่ยนเป็นยาสเปกตรัมกว้าง ๆ เพื่อต่อสู้กับการติดเชื้อทั้งสองหรืออาจหยุดใช้ยาตัวเดิมชั่วคราว
อาจเป็นไปได้ที่จะจัดการการติดเชื้อด้วยมาตรการอื่น ๆ เช่นการให้โปรไบโอติกของผู้ป่วยเพื่อสร้างอาณานิคมของสิ่งมีชีวิตที่เป็นประโยชน์ บางครั้งการติดเชื้อครั้งที่สองจะแก้ไขได้ด้วยตัวเองด้วยการตรวจสอบและผู้ป่วยอาจเพียงแค่ต้องอยู่ในน้ำและกินดีเพื่อส่งเสริมกิจกรรมภูมิคุ้มกัน ในกรณีอื่น ๆ อาจจำเป็นต้องมีมาตรการที่ก้าวร้าวมากขึ้นเช่นการผ่าตัดเพื่อเอาเนื้อเยื่อที่เป็นโรคหรือการบำบัดแบบใช้ยาหลายตัวเพื่อจัดการกับการติดเชื้อขั้นต้นและขั้นที่สอง
การรักษาอาจมีความซับซ้อนตามเงื่อนไขทางการแพทย์โดยเฉพาะอย่างยิ่งโรคภูมิแพ้ ผู้ป่วยอาจไม่สามารถเลือกตัวเลือกแรกของยาเนื่องจากแพ้หรือขัดแย้ง ผู้ป่วยที่มีการติดเชื้อทุติยภูมิควรสื่อสารกับแพทย์อย่างชัดเจนเพื่อให้โอกาสในการระบุปัญหาที่อาจเกิดขึ้นซึ่งอาจทำให้การรักษายากขึ้น สิ่งเหล่านี้อาจรวมถึงประวัติครอบครัวของโรคบางโรคประวัติที่รู้จักกันในการตอบสนองต่อยาบางประเภทหรือความกังวลเกี่ยวกับความสามารถในการปฏิบัติตามกฎเกณฑ์ยาหลายชนิด


