การเชื่อมต่อระหว่าง omeprazole และท้องร่วงเกี่ยวข้องกับสององค์ประกอบ ส่วนประกอบสำคัญของตัวยับยั้งปั๊มโปรตอนคือแมกนีเซียมซึ่งเป็นแร่ที่ใช้เป็นยาระบายและเพื่อล้างลำไส้ก่อนการตรวจวินิจฉัยและการผ่าตัด Omeprazole และท้องร่วงนั้นเชื่อมโยงกันเพราะยาจะยับยั้งการผลิตกรดในกระเพาะอาหารและอาจยับยั้งกลไกการป้องกัน แบคทีเรีย Clostridium difficile ซึ่งเป็นสาเหตุสำคัญอันดับที่สามของการเกิดอาการท้องร่วงในผู้สูงอายุ
ความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของโรคท้องร่วงติดเชื้อแสดงถึงผลข้างเคียงของ omeprazole ซึ่งอาจเป็นแบบเฉียบพลันหรือเรื้อรัง ความสัมพันธ์ระหว่าง omeprazole กับอาการท้องร่วงเป็นผลมาจากการศึกษาวิจัยตรวจสอบผลข้างเคียงของยา การศึกษาหนึ่งพบว่าเมื่อกรดในกระเพาะอาหารลดลงมันให้สภาพแวดล้อมที่อุดมสมบูรณ์สำหรับการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในระบบทางเดินอาหาร การศึกษาที่ขัดแย้งกันไม่พบการเชื่อมโยงระหว่าง omeprazole และท้องร่วง
ยานี้ใช้รักษาโรคกรดไหลย้อน (gastroesophageal reflux) (GERD) และแผลบางชนิด มันช่วยรักษาแผลในกระเพาะอาหารและแผลในกระเพาะอาหารโดยการปิดกั้นกรดในกระเพาะอาหารซึ่งมักจะช่วยบรรเทาภายใน 12 สัปดาห์ ผู้ป่วยบางรายใช้ขนาดยาบำรุงรักษาเพื่อป้องกันไม่ให้เกิดอาการอีกครั้ง
โรคกรดไหลย้อนเกิดขึ้นเมื่อกรดในกระเพาะอาหารเข้าสู่หลอดอาหารโดยปกติหลังจากรับประทานอาหาร โดยทั่วไปแล้วจะแย่ลงเมื่อผู้ป่วยนอนอยู่บนเตียง สารบางอย่างเช่นช็อคโกแลตกาแฟและแอลกอฮอล์อาจทำให้ GERD แย่ลงรวมถึงการสูบบุหรี่ ผู้ป่วยบางรายพบการบรรเทาจากความเจ็บปวดโดยยกศีรษะของเตียงเพื่อป้องกันการสำรอกกรดในกระเพาะอาหาร Omeprazole ได้รับการอนุมัติให้ใช้ใน GERD ในปี 1988
แผลในกระเพาะอาหารอาจทำให้เกิดอาการปวดหลังรับประทานอาหาร อาการปวดอาจเริ่มต้นในกระเพาะอาหารและแพร่กระจายไปยังด้านหลังหรือหน้าอกเลียนแบบอาการของโรคหัวใจวาย ตรงกันข้ามแผลในลำไส้เล็กส่วนต้นอาจลดลงเมื่อกินอาหารบางอย่าง แต่ไม่ค่อยเกิดขึ้นในขณะท้องว่าง โดยทั่วไปแล้วความรู้สึกไม่สบายจะเริ่มสองถึงสามชั่วโมงหลังมื้ออาหาร
ผลข้างเคียงอื่น ๆ ของ omeprazole รวมถึงการลดความสามารถในการดูดซับวิตามินบี 12 และแคลเซียม สิ่งนี้อาจเพิ่มความเสี่ยงของการแตกหักของกระดูกในสตรีวัยหมดประจำเดือน สามารถตรวจสอบระดับวิตามินและแร่ธาตุในขณะที่ทานยาพร้อมกับอาหารเสริมเพื่อเพิ่มข้อบกพร่อง
งานวิจัยชิ้นหนึ่งพบว่ามีความเสี่ยงเพิ่มขึ้นในการพัฒนากระเพาะอาหารหรือมะเร็งหลอดอาหารในผู้ป่วยที่มีปัญหาไส้เลื่อนกระบังลม ความเสี่ยงไม่ได้ใช้กับผู้ป่วยที่ใช้ยาเสพติดสำหรับอาหารไม่ย่อย, โรคกระเพาะหรือแผลในกระเพาะอาหาร นักวิจัยตั้งข้อสังเกตว่าการศึกษาเจ็ดปีอาจสั้นเกินไปที่จะให้ผลลัพธ์ที่เชื่อถือได้เพราะมะเร็งมักใช้เวลาหลายปีในการพัฒนา
