เปปไทด์เป็นลำดับโปรตีนสั้น สิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อหรือก่อให้เกิดโรคใช้โปรตีนเป็นโครงสร้างหรือเป็นไวรัส วัคซีนเปปไทด์ใช้เพียงบางส่วนของสิ่งมีชีวิตเพื่อจุดประกายภูมิคุ้มกัน วัคซีนประเภทนี้มีแอปพลิเคชั่นในการสร้างภูมิคุ้มกันโรคติดเชื้อสารก่อภูมิแพ้หรือแม้แต่เนื้องอก
ระบบภูมิคุ้มกันโดยทั่วไปรับรู้โปรตีนที่เกี่ยวข้องกับสิ่งมีชีวิตที่ก่อให้เกิดโรคโดยเฉพาะในการกำหนดเป้าหมายสำหรับการทำลาย โปรตีนที่รู้จักเหล่านี้เรียกว่าแอนติเจน วัคซีนแบบดั้งเดิมใช้สิ่งมีชีวิตหรือถูกฆ่าเพื่อจุดประกายการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันเพื่อให้ร่างกายสามารถรับรู้สิ่งแปลกปลอมในอนาคต
เปปไทด์นั้นประกอบไปด้วยกรดอะมิโนซึ่งเป็นส่วนประกอบของโปรตีน นักวิทยาศาสตร์คนแรกจะระบุส่วนต่าง ๆ ของสิ่งมีชีวิตเช่นไข้หวัดใหญ่ที่ทำให้เกิดระบบภูมิคุ้มกันและจากนั้นเขาหรือเธอจะอธิบายลำดับของแอนติเจน จากนั้นนักวิทยาศาสตร์สามารถสร้างเปปไทด์ที่เหมือนกันในส่วนของแอนติเจนที่กระตุ้นการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันที่ดีที่สุด
วัคซีนทำให้เกิดการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันเมื่อเซลล์ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายจับและตอบสนองต่อพวกเขา วัคซีนเปปไทด์ไม่กระตุ้นเซลล์เหล่านี้ในลักษณะเดียวกับวัคซีนทั่วไป ตัวอย่างเช่นวัคซีนเปปไทด์ไม่ได้ทำให้เซลล์ไทมัสหรือ T-cell ทำปฏิกิริยาได้มากเท่ากับวัคซีนอื่น ๆ เพื่อต่อสู้กับสิ่งนี้วัคซีนเปปไทด์สามารถเชื่อมโยงกับโปรตีนพาหะเพื่อปรับปรุงการทำงานร่วมกันของเซลล์ นักวิทยาศาสตร์สามารถดูวิธีที่ตัวรับในเซลล์ยึดติดกับแอนติเจนและสร้างคอลเล็กชั่นของเปปไทด์ที่มีลำดับที่แตกต่างกันเล็กน้อยเพื่อผูกกับเซลล์ให้มากที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้
วัคซีนเปปไทด์มีข้อดีหลายประการมากกว่าวัคซีนทั่วไป วัคซีนเป็นเพียงส่วนหนึ่งของสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อดังนั้นจึงไม่มีความเสี่ยงจากปัจจัยความรุนแรงอื่น ๆ และปฏิกิริยาต่อส่วนอื่น ๆ ของสิ่งมีชีวิต เปปไทด์นั้นถูกสังเคราะห์ขึ้นมาอย่างง่ายดายและถูกและพวกมันก็จะไม่พังได้ง่าย ปัญหาของการฉีดวัคซีนเปปไทด์คือบางครั้งแอนติเจนของสิ่งมีชีวิตเป้าหมายจะลงไปที่โครงสร้างสามมิติของแอนติเจนซึ่งเป็นการยากที่จะทำซ้ำในห้องปฏิบัติการ
สิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อจำนวนมากเช่นไข้หวัดใหญ่มีความผันแปรสูงดังนั้นวัคซีนแบบดั้งเดิมอาจต้องเปลี่ยนเป็นประจำเพื่อต่อสู้กับความเครียดในปัจจุบัน วัคซีนเปปไทด์สามารถทำจากพื้นที่ที่มั่นคงของไวรัส hypervariable ที่มีผลต่อสายพันธุ์กลายพันธุ์ที่หลากหลาย วัคซีนเปปไทด์ยังสามารถบรรจุแอนติเจนเปปไทด์หลายชนิดเพื่อให้ครอบคลุมแอนติเจนที่หลากหลายที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้
วัคซีนเปปไทด์ยังมีการนำไปใช้ในการควบคุมการตอบสนองของภูมิคุ้มกันต่อสารก่อภูมิแพ้และโรคแพ้ภูมิตัวเองที่ร่างกายโจมตีเซลล์ของตัวเองอย่างไม่เหมาะสม วัคซีนเพปไทด์สำหรับไวรัสเอชไอวี (HIV) ยังได้รับการศึกษา วัคซีนชนิดนี้อาจมีการประยุกต์ใช้ในการรักษาโรคมะเร็งเนื่องจากเปปไทด์สามารถถูกออกแบบให้เข้าสู่เซลล์มะเร็งเพื่อที่ระบบภูมิคุ้มกันจะจดจำและทำลายมันได้
