ความเสี่ยงในการรักษาด้วยฮอร์โมนทดแทนที่พบมากที่สุด ได้แก่ หัวใจวายและโรคหลอดเลือดสมอง ผู้หญิงที่ได้รับฮอร์โมนทดแทน (HRT) ก็เผชิญกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของมะเร็งบางชนิดรวมถึงมะเร็งเต้านม ความเสี่ยงทดแทนฮอร์โมนบำบัดรวมถึงการอุดตันในเลือด โรคตับอาจเป็นอีกหนึ่งความเสี่ยงจาก HRT
สตรีวัยหมดประจำเดือนอาจมีอาการร้อนวูบวาบอารมณ์แปรปรวนหรือช่องคลอดแห้งเนื่องจากการผลิตฮอร์โมนลดลง เมื่อวิธีการรักษาอื่นไม่ให้ผลลัพธ์ผู้หญิงบางคนเลือกที่จะใช้ฮอร์โมนทดแทน แพทย์หลายคนระมัดระวังเกี่ยวกับการกำหนดหลักสูตรการรักษานี้ แต่เนื่องจากความเสี่ยงของการรักษาด้วยฮอร์โมนทดแทน
มีรายงานภาวะแทรกซ้อนที่ร้ายแรงในผู้หญิงที่ได้รับฮอร์โมนทดแทน เอสโตรเจนและโปรเจสตินส่วนใหญ่มักให้กับผู้หญิงที่ใช้วิธีรักษานี้ การวิจัยแสดงให้เห็นถึงความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นสำหรับการพัฒนาโรคหัวใจหรือโรคหัวใจวายขณะรับฮอร์โมนเหล่านี้ ผู้หญิงหลายคนที่เข้าร่วมในการศึกษาปี 2545 ประสบกับผลข้างเคียงที่ร้ายแรงขณะรับอาหารเสริมเหล่านี้
นอกจากความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของมะเร็งเต้านมแล้วความเสี่ยงในการรักษาด้วยฮอร์โมนทดแทนยังรวมถึงอุบัติการณ์ของมะเร็งมดลูก จากการศึกษาแสดงให้เห็นว่าผู้หญิงที่ทานเอสโตรเจนขนาดโปรเจสตินหรือทั้งคู่อาจมีความเสี่ยงสูงกว่าในการเกิดมะเร็งเยื่อบุโพรงมดลูก ความเสี่ยงนี้จะสูงขึ้นอย่างมากเมื่อผู้หญิงใช้ฮอร์โมนเอสโตรเจนเพียงอย่างเดียว ความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นสำหรับมะเร็งรังไข่ก็สัมพันธ์กับการใช้ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารฮอร์โมน
มีปฏิกิริยาอื่น ๆ ที่รุนแรงน้อยกว่าที่เกี่ยวข้องกับการใช้ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารฮอร์โมน ผลข้างเคียงอื่น ๆ คืออาหารไม่ย่อยและอิจฉาริษยา ความเสี่ยงทดแทนการรักษาด้วยฮอร์โมนทั่วไปอื่น ๆ ได้แก่ คลื่นไส้และอาเจียน ผู้หญิงบางคนได้รายงานผลข้างเคียงเช่นปวดหัวไมเกรนและมีเลือดออกทางช่องคลอดระหว่างการรักษาด้วยการเสริมฮอร์โมน
มีรายงานว่ามีความผิดปกติทางอารมณ์เช่นเดียวกับความเสี่ยงในการรักษาด้วยฮอร์โมนทดแทน อย่างไรก็ตามอาการเหล่านี้ไม่ได้รับการรายงานตามปกติเหมือนกับผลข้างเคียงอื่น ๆ การรบกวนบางอย่างรวมถึงการนอนหลับยากหงุดหงิดและอารมณ์แปรปรวน ผู้หญิงบางคนมีรายงานว่ากำลังประสบกับความฝันที่แปลกประหลาดหรือฝันร้ายเมื่อเข้ารับการบำบัดด้วยฮอร์โมนทดแทน
ความเสี่ยงในการรักษาด้วยฮอร์โมนทดแทนอื่น ๆ อาจรวมถึงสิวและการระคายเคืองผิวหนังเล็กน้อย ผลข้างเคียงอื่น ๆ จากตัวประกันอาจรวมถึงความอยากอาหารลดลงหรือลดน้ำหนักอย่างกะทันหัน การเพิ่มของน้ำหนักอาจเป็นผลข้างเคียงของ HRT หายใจถี่หรือหายใจดังเสียงฮืด ๆ อาจเป็นผลข้างเคียงที่เกี่ยวข้องกับ HRT ผลข้างเคียงทางเดินหายใจอื่น ๆ จากตัวประกันอาจรวมถึงอาการไอแห้ง ๆ หรือความหนาแน่นในหน้าอก
