มีผลข้างเคียงต่าง ๆ มากมายที่อาจเกิดจากยาหยอดตามี แต่ลักษณะเฉพาะของผลข้างเคียงมักขึ้นอยู่กับชนิดของยาในหยด ยาหยอดตาสามารถระคายเคืองที่พื้นผิวของดวงตาแม้เมื่อหยดถูกออกแบบมาเพื่อลดอาการระคายเคืองเช่นสีแดงหรือคัน ยาหยอดตายังสามารถทำให้เกิดอาการปวดหัวไม่สบายท้อง, ง่วงนอนและหงุดหงิด ยาหยอดตาบางชนิดสามารถทำลายดวงตาของบุคคลได้หากใช้ติดต่อกันนานเกินไป
ผลข้างเคียงที่พบบ่อยของยาหยอดตาคือสีแดงและระคายเคือง อาการเหล่านี้อาจเกิดขึ้นบนพื้นผิวของดวงตาและอาจหายไปเมื่อผู้ใช้คุ้นเคยกับการใช้ยาหรืออาจแย่ลงหากผู้ป่วยไม่ทนต่อการใช้ยา การกัด, แสบร้อน, อาการบวมและความรู้สึกของการมีบางอย่างในดวงตาสามารถเกิดขึ้นได้เช่นเดียวกับผลข้างเคียงของยาหยอดตา
ยาหยอดตาบางชนิดทำให้รูม่านตาหดหรือหดตัว อาการเหล่านี้อาจเกิดขึ้นชั่วคราวโดยปกติจะใช้เวลาประมาณสองถึงสามชั่วโมง แต่ยาหยอดตาบางตัวสามารถสร้างเอฟเฟกต์นี้ได้ตลอดเวลาที่ใช้ ผลกระทบเหล่านี้สามารถนำไปสู่ความไวต่อแสง ผลข้างเคียงของยาหยอดตาที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ การโฟกัสที่ยากลำบากและการมองเห็นไม่ชัด
ระบบอื่นของร่างกายอาจได้รับผลกระทบจากยาหยอดตา อาการปวดศีรษะเป็นหนึ่งในผลข้างเคียงที่พบได้บ่อยที่สุดของยาหยอดตาถึงแม้ว่าปัญหาในกระเพาะอาหารรวมถึงอาการท้องเสียและคลื่นไส้ก็สามารถเกิดขึ้นได้เช่นกัน ผลข้างเคียงเหล่านี้ไม่ได้พบบ่อยและมักพบเห็นได้ด้วยยาหยอดตาที่ให้ยามากกว่าที่จะไม่ใช้ยา
ยาหยอดตายังสามารถส่งผลกระทบต่อระบบหัวใจและปอด การเต้นของหัวใจอย่างรวดเร็วและการหายใจลำบากสามารถเกิดขึ้นได้กับการลดลงบางประเภทในขณะที่คนอื่น ๆ นำไปสู่การหายใจช้าลงและอัตราการเต้นของหัวใจ ผู้ป่วยที่มีสุขภาพดีเป็นอย่างอื่นมักจะไม่มีภาวะแทรกซ้อนรุนแรงจากผลข้างเคียงของยาหยอดตา แต่ผู้ป่วยที่มีภาวะหัวใจที่มีอยู่ก่อนหน้าอาจทำให้อาการแย่ลงได้
ยาหยอดตาบางชนิดสามารถทำให้เกิดความเสียหายอย่างร้ายแรงต่อดวงตา ยาชาหยอดสามารถเป็นอันตรายต่อกระจกตาและยาหยอดตา decongestant อาจทำให้เกิดโรคต้อหินมักจะรวดเร็วและไม่มีการเตือน ผู้ป่วยที่มีประสบการณ์การมองเห็นที่เปลี่ยนแปลงอย่างฉับพลันควรตรวจสอบกับแพทย์โดยทันทีเนื่องจากเงื่อนไขเหล่านี้บางอย่างสามารถทำให้การมองเห็นบกพร่องอย่างถาวร
