ข้อห้ามสำหรับการฉีดวัคซีนไข้หวัดใหญ่ ได้แก่ การแพ้ไข่หรือไก่อย่างรุนแรงปานกลางถึงรุนแรงที่ป่วยเป็นไข้และมีประวัติก่อนหน้านี้ของ Guillain Barre Syndrome หากพิจารณาจากการฉีดพ่นจมูกแทนการฉีดวัคซีนข้อห้ามเพิ่มเติมสำหรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่นั้นเป็นระบบภูมิคุ้มกันที่อ่อนแอการหายใจดังเสียงฮืด ๆ หรือหอบหืดและความผิดปกติของกล้ามเนื้อและเส้นประสาทเช่นสมองพิการ ปฏิกิริยาของวัคซีนไข้หวัดนั้นหายากมาก แต่ใครก็ตามที่ไม่แน่ใจเกี่ยวกับการฉีดวัคซีนควรปรึกษากับผู้ให้บริการด้านการดูแลสุขภาพของเขาหรือเธอ
ประเภทของวัคซีนที่กำหนดนั้นเป็นตัวกำหนดข้อห้ามสำหรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่ ไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์นี้มีไวรัสตายที่ไม่สามารถแพร่เชื้อไปยังใครและถือว่าปลอดภัยสำหรับเด็กเช่นเดียวกับผู้ที่มีโรคและเงื่อนไขเรื้อรัง ในทางตรงกันข้ามสเปรย์พ่นจมูกมีไวรัสไข้หวัดที่ยังมีชีวิตอยู่ แต่อ่อนแอ มันถือว่าปลอดภัยสำหรับคนที่มีสุขภาพที่ไม่ได้ตั้งครรภ์และมีอายุระหว่างสองถึง 49 ปี
มีข้อห้ามที่สำคัญหลายประการสำหรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่ ผู้ที่มีอาการแพ้ไก่หรือไข่อย่างรุนแรงไม่ควรได้รับเชื้อไข้หวัดใหญ่เนื่องจากอาจมีโปรตีนจากไข่ หากวัคซีนมีความจำเป็นอย่างยิ่งก็สามารถให้กับผู้แพ้ใกล้เคียงที่สามารถรักษาผู้ป่วยได้ทันทีหากมีปฏิกิริยา
ใครก็ตามที่มีไข้ควรรอรับวัคซีนจนกว่าเขาจะหายดี เนื่องจากวัคซีนมีจุดประสงค์เพื่อให้ระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายตอบสนอง คนที่ป่วยไม่ควรเก็บภาษีระบบภูมิคุ้มกันของเขาหรือเธอโดยไม่จำเป็นโดยการฉีดวัคซีน นอกจากนี้มันจะเป็นการยากที่จะแยกปฏิกิริยาของวัคซีนออกจากอาการของโรคหากเกิดปฏิกิริยาขึ้น
ข้อห้ามสำหรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่อีกข้อหนึ่งคือประวัติของ Guillain Barre Syndrome โรคนี้รุนแรงและเป็นผลเมื่อระบบภูมิคุ้มกันโจมตีระบบประสาททำให้กล้ามเนื้ออ่อนแรง เป็นไปได้ แต่ไม่แน่ใจว่าบางกรณีของเงื่อนไขนี้เกิดจากวัคซีนไข้หวัดหมูปี 1976 ดังนั้นผู้ที่มีประวัติ Guillain Barre ไม่ควรได้รับการฉีดวัคซีนป้องกันไข้หวัดใหญ่
มีข้อห้ามเพิ่มเติมสำหรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่หากใช้เป็นสเปรย์ฉีดจมูก หญิงตั้งครรภ์และผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันอ่อนแอไม่ควรรับวัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดนี้เนื่องจากมีเชื้อไวรัสที่มีชีวิตอ่อนแอ คนที่มีสุขภาพดีในการติดต่อกับใครก็ตามที่มีระบบภูมิคุ้มกันที่ถูกบุกรุกก็ไม่ควรรับสเปรย์จมูกเพราะพวกเขาสามารถส่งไวรัสโดยไม่ตั้งใจได้ วัคซีนไข้หวัดใหญ่ประเภทนี้ไม่แนะนำสำหรับผู้ที่มีโรคหอบหืดหรือโรคที่อาจทำให้เกิดปัญหาการหายใจ ในที่สุดเด็กอายุระหว่างหกถึง 23 เดือนและผู้ที่มีอายุมากกว่า 50 ปีควรได้รับการฉีดแทน
ผลข้างเคียงใด ๆ ที่เกิดจากการฉีดวัคซีนไข้หวัดมักจะไม่รุนแรงมากและไม่นาน คนส่วนใหญ่อาจมีอาการปวดบริเวณที่ฉีดยาซึ่งอาจอยู่ได้สักวันหรือสองวัน เนื่องจากเป้าหมายของการฉีดวัคซีนคือการกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกันให้ตอบสนองและสร้างแอนติบอดีต่อไข้หวัดใหญ่เป็นเรื่องธรรมดาที่จะได้รับประสบการณ์ไข้ไข้ปวดเมื่อยและคลื่นไส้หลังจากได้รับวัคซีน วัคซีนอาจทำให้เกิดอาการแพ้อย่างรุนแรงซึ่งต้องได้รับการช่วยเหลือจากแพทย์
วัคซีนไข้หวัดแนะนำสำหรับทุกคนที่อายุมากกว่าหกเดือนโดยเฉพาะผู้ที่มีความเสี่ยงสูงในการเกิดโรคแทรกซ้อน คนส่วนใหญ่ที่ติดเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่จะดีขึ้นภายในสองสัปดาห์ แต่บางคนก็มีอาการแทรกซ้อนเช่นการติดเชื้อที่หูและไซนัสและปอดอักเสบจากแบคทีเรีย เงื่อนไขทางการแพทย์มาก่อนเช่นโรคหอบหืดและโรคเบาหวานสามารถเลวลงด้วยไข้หวัด ภาวะแทรกซ้อนบางอย่างอาจถึงแก่ชีวิตหากปล่อยทิ้งไว้โดยไม่ได้รับการรักษา


