อาจเป็นเรื่องง่ายที่จะสร้างความสับสนให้กับแบคทีเรียด้วยยาต้านเชื้อราเพราะทั้งคู่ใช้เพื่อต่อสู้กับจุลินทรีย์หรือเชื้อโรค โดยทั่วไปมีความแตกต่างที่สำคัญอย่างหนึ่งระหว่างการต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรา ความแตกต่างคือแบคทีเรียส่วนใหญ่ต่อสู้กับแบคทีเรียในขณะที่เชื้อราต่อสู้กับเชื้อรา
มีแบคทีเรียและเชื้อราหลายชนิด แต่มีเพียงบางส่วนเท่านั้นที่เป็นอันตรายต่อร่างกายมนุษย์ ตัวอย่างเช่นมีเพียงประมาณร้อยละ 1 ของแบคทีเรียทั้งหมดที่รับผิดชอบการเจ็บป่วยที่ต้องได้รับการรักษาด้วยแบคทีเรีย แบคทีเรียอื่น ๆ มากมายอาศัยอยู่ในร่างกายมนุษย์ เช่นเดียวกับแบคทีเรียก็มีชนิดของเชื้อราที่ดีและไม่ดี ในขณะที่เชื้อราบางชนิดจะทำให้เกิดการติดเชื้อราเชื้อราชนิดอื่นเช่นเห็ดต่าง ๆ มักไม่เป็นอันตราย
มันเป็นแบคทีเรียและเชื้อราที่เป็นอันตรายที่ต้องใช้แบคทีเรียและเชื้อราตามลำดับ แบคทีเรียที่เป็นอันตรายมีหน้าที่รับผิดชอบในการเจ็บป่วยเช่นคออักเสบ, วัณโรคและการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ ในทางตรงกันข้ามเชื้อราทำให้เกิดอาการต่าง ๆ เช่นเท้าของนักกีฬาเชื้อราในช่องปากและการติดเชื้อยีสต์ เนื่องจากสภาพที่แตกต่างกันนั้นเกิดจากแบคทีเรียและเชื้อราชนิดต่าง ๆ แต่ละคนอาจต้องใช้ยาต้านแบคทีเรียและเชื้อราที่แตกต่างกันในการรักษา ในการต่อสู้กับเชื้อจุลินทรีย์แบคทีเรียและเชื้อราอาจมีหลายรูปแบบรวมถึงรูปแบบทางปากการฉีดหรือยาทา
ประเภทและรูปแบบของแบคทีเรียและเชื้อราที่บุคคลใช้ขึ้นอยู่กับสภาพของเขาหรือเธอ ทั้งนี้เนื่องจากแบคทีเรียหรือเชื้อราชนิดหนึ่งไม่สามารถต่อสู้กับแบคทีเรียหรือเชื้อราทุกชนิด ในเวลาเดียวกันแบคทีเรียหรือเชื้อราอาจต่อสู้กับหลายประเภท ในความเป็นจริงแบคทีเรียอาจต่อสู้กับการติดเชื้อราขึ้นอยู่กับแบคทีเรียและเชื้อราที่เฉพาะเจาะจง บางครั้งบุคคลอาจใช้การรวมกันของ antibacterials หรือ antifungals เพื่อต่อสู้กับการติดเชื้อบางอย่าง
แม้ว่าการใช้ต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรามีสถานที่ แต่การใช้งานอย่างใดอย่างหนึ่งสามารถพิสูจน์ได้ว่าไม่เพียง แต่ไร้ประโยชน์ แต่ยังเป็นอันตราย ตัวอย่างเช่นคนที่ใช้ยาต้านเชื้อราชนิดผิดประเภทสำหรับอาการของเขาหรือเธอจะพบว่าการรักษาไม่มีผลกับเชื้อรา หรือคนที่ไม่ได้จบหลักสูตรของยาต้านเชื้อแบคทีเรียอาจพบว่าแบคทีเรียที่เหมือนกันจะไม่ทำงานในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียที่เหมือนกันในอนาคต ทั้งนี้เป็นเพราะแบคทีเรียมีความสามารถในการพัฒนาความต้านทานต่อการรักษาต้านเชื้อแบคทีเรียซึ่งสามารถเกิดขึ้นได้หากคนหยุดใช้ยาต้านแบคทีเรียของเขาหรือเธอก่อนที่การติดเชื้อแบคทีเรียจะล้างอย่างสมบูรณ์
