การบำบัดด้วยยาขับคือการนำสารประกอบเข้าสู่ร่างกายเพื่อกำจัดโลหะหนัก ผลข้างเคียงเป็นผลมาจากข้อบกพร่องเฉพาะที่เกิดขึ้นจากการบำบัดด้วยโลหะหนัก ถึงแม้ว่าจะมีน้อย แต่ผลข้างเคียงจากการคีเลชั่นสามารถแสดงออกได้ตั้งแต่การระคายเคืองเล็กน้อยไปจนถึงสภาวะที่รุนแรง อินสแตนซ์ของผลข้างเคียง chelation ควรถูกรายงานไปยังผู้บำบัดทันทีเพื่อให้การปรับเปลี่ยนหรือที่พักสามารถทำได้ในระบบการรักษาของผู้ป่วย
การพร่องของวิตามินและแร่ธาตุออกจากร่างกายในระหว่างการทำคีเลชั่นไม่ใช่เรื่องแปลก โดยทั่วไปผู้ป่วยจะได้รับคำแนะนำให้ทานอาหารเสริมและใส่ใจกับอาหารของพวกเขาตลอดระยะเวลาของการรักษา การขาดวิตามินบี 6 มักส่งผลให้เกิดผลข้างเคียงของการขับเสมหะอย่างอ่อนเช่นการระคายเคืองผิวหนังและคลื่นไส้ซึ่งเป็นภาษาท้องถิ่นซึ่งสามารถแก้ไขได้อย่างง่ายดายด้วยการใช้อาหารเสริม สังกะสีและโพแทสเซียมไม่เพียงพอส่งผลให้เกิดความเหนื่อยล้าอย่างรุนแรงสามารถเสริมได้ด้วยการปรับอาหารของแต่ละบุคคลให้มีผักและผลไม้ให้มากขึ้น ในบางกรณีสารเติมแต่งสามารถนำมารวมกับสารประสาน (chelation agent) โดยทั่วไปคือเอทิลดีอามีนเอนิเทตเอทราเอติคแอซิด (EDTA) ซึ่งเป็นสารเสริมการทำงาน
ผลเสียต่อระดับกลูโคสในเลือดและความดันโลหิตเป็นที่ทราบกันอย่างชัดแจ้งในระหว่างการรักษาด้วยคีเลชั่น การแนะนำของ EDTA สามารถทำให้ระดับน้ำตาลในเลือดลดลงส่งผลให้เกิดอาการปวดศีรษะดังนั้นผู้ป่วยจึงได้รับคำแนะนำให้กินก่อนการรักษา บุคคลอาจมีความดันโลหิตลดลงทำให้รู้สึกหดหู่ใจเมื่อยืนหลังจากนั่งหรือนอนลงเป็นระยะเวลาหนึ่ง
อาการปวดข้อยังเป็นที่ทราบกันว่าเกิดขึ้นในผู้ที่มีการรักษาด้วยยาขับคีเลชั่นต้องใช้การฉีดหลายครั้งต่อสัปดาห์ เพื่อแก้ไขความรู้สึกไม่สบายความถี่ของการรักษาหรือปริมาณอาจลดลง เมื่อวิธีการทั้งสองถูกนำไปใช้, อาการปวดข้อโดยทั่วไปจะลดลง
สาเหตุมาจากการขาดแมกนีเซียมเป็นตะคริวเป็นผลข้างเคียงที่เกิดจากการรักษาด้วยยาขับคีเลส แมกนีเซียมเสริมมักจะถูกกำหนดและรวมกับ EDTA ในรูปแบบแมกนีเซียมซัลเฟตหรือแมกนีเซียมคลอไรด์ หลังจากการแนะนำของการแช่เสริม, ตะคริวมักจะลดลงและนอกจากนี้แมกนีเซียมช่วยด้วยการป้องกันกรณีของการระคายเคืองผิวหนังที่มีการแปล
การนำ EDTA ซ้ำ ๆ เข้าสู่กระแสเลือดอาจทำให้เกิดการยับยั้งไขกระดูกส่งผลโดยตรงต่อการผลิตเซลล์เม็ดเลือด เมื่อระงับการผลิตเซลล์เม็ดเลือดปริมาณฮีโมโกลบินและเซลล์เม็ดเลือดแดงจะลดลงอย่างมากทำให้เกิดภาวะโลหิตจาง สำหรับผู้ที่เป็นโรคโลหิตจางการลดลงของไขกระดูกอาจเป็นอันตรายได้ ผู้ป่วยโรคโลหิตจางที่มีอยู่แล้วควรปรึกษาแพทย์เพื่อตรวจสอบทางเลือกการรักษาทั้งหมดก่อนเริ่มการรักษาด้วยยาคีเลชั่น
เนื่องจาก EDTA เชื่อมโยงกับแคลเซียมการพร่องมันสามารถนำเสนอปัญหาที่สำคัญระหว่างการรักษาด้วยการขับคีเลชั่น แคลเซียมเป็นสิ่งจำเป็นสำหรับการทำงานของระบบประสาทและกล้ามเนื้ออย่างเหมาะสมและการลดลงอาจส่งผลให้ระดับแคลเซียมในระดับต่ำที่เรียกว่า hypocalcemia การกระตุ้นให้เกิดการรบกวนของอิเล็กโทรไลต์การขาดแคลเซียมสามารถส่งผลเสียต่อการทำงานของไฟฟ้าในสมองทำให้เกิดอาการชักและหัวใจซึ่งแสดงให้เห็นว่าเป็นจังหวะหรือเต้นผิดปกติ
ผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นและร้ายแรงที่สุดอย่างหนึ่งของการขับคีเลสคือไตวาย แร่ธาตุที่ EDTA ผูกจะถูกกรองผ่านทางไตทำให้การทำงานล่วงเวลาส่งผลให้เกิดสภาวะที่เรียกว่าเนื้อร้ายเฉียบพลันในท่อ (ATN) หากปล่อยทิ้งไว้โดยไม่ได้รับการรักษา ATN สามารถนำไปสู่ความเสียหายของไตอย่างถาวรและในที่สุดไตวายต้องได้รับการปลูกถ่ายหรือล้างไตอย่างถาวร
