จักระเป็นจุดในและในร่างกายมนุษย์ที่มีความเกี่ยวข้องแบบดั้งเดิมกับแง่มุมต่าง ๆ ของพลังงานชีวิตและกองกำลัง จักระทั้งเจ็ดนั้นถูกคิดว่าเชื่อมโยงกับสีที่แน่นอนและในบางประเภทของจักระอัญมณีที่กำหนดโดยสีของจุดโฟกัส การประยุกต์ใช้อัญมณีกับส่วนต่าง ๆ ของร่างกายเป็นความคิดที่จะช่วยปรับตำแหน่งของจักระกับโลกภายนอก เนื่องจากตัวเลือกพลอยเหล่านี้ขึ้นอยู่กับสีเป็นหลักจึงมีความหลากหลายที่ยอมรับได้ว่าถูกต้อง
จักระรากเกี่ยวข้องกับกระดูกสันหลังและพื้นที่รอบหลังส่วนล่างและแสดงด้วยสีแดง ดังนั้นอัญมณีจักระทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับจุดโฟกัสนี้จึงเป็นสีแดง บางส่วนที่เห็นมากที่สุดคือทับทิม, นิลแดงและโกเมนแม้ว่าหินสีชมพูเช่น rhodochrosite และโรสควอตซ์ยังสามารถใช้ ด้านบนนี้คือจักระที่เกี่ยวข้องกับสีส้มและกับอวัยวะสืบพันธุ์และอวัยวะภายใน คาร์เนเลี่ยน, โอปอลไฟ, อำพัน, และส้มเขียวหวานควอตซ์ล้วนเกี่ยวข้องกับจักระศักดิ์สิทธิ์นี้
ตั้งอยู่ที่สุริยคติช่องท้องเป็นจักรที่สาม, เมอราระ จักระสีเหลืองอัญมณีเช่นบุษราคัมซิทรินและอำพันใช้สำหรับรักษาความทุกข์ที่มีศูนย์กลางอยู่ที่จักระนี้ ตั้งอยู่เหนือสิ่งนี้บนร่างกายจักระหัวใจหรืออนาฮาตะอาจเกี่ยวข้องกับสีเขียวอย่างน่าประหลาดใจ มีหินสีเขียวจำนวนหนึ่งที่ใช้ร่วมกับจักระหัวใจ ได้แก่ มรกตมรกตหินหยกควอตซ์สีเขียว จักระลำคอเป็นสีน้ำเงินและหินเช่นไพฑูรย์และแซฟไฟร์มักใช้ร่วมกับสิ่งนี้
จักระตาที่สามตั้งอยู่บนหน้าผากเป็นสีครามและมักจะเกี่ยวข้องกับไพลิน, azurite และอเมทิส จักระขั้นสุดท้ายมงกุฎถือเป็นการเชื่อมโยงอย่างใกล้ชิดกับสีม่วง หินมีความคล้ายคลึงกับที่ใช้กับจักระตาที่สามแม้ว่าสีของจักระอัญมณีเป็นสิ่งสำคัญ หินสีม่วงเข้มเช่นออบซิเดียนเป็นภาพสะท้อนแห่งความเศร้าในขณะที่หินสีม่วงอ่อนเช่นอเมทิสต์สามารถเป็นตัวแทนของความรักที่มีต่อมนุษย์หรือเพื่อนมนุษย์ของเขาหรือเธอ
จักระอัญมณีที่แตกต่างกันจะใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน หินสีครามที่เกี่ยวข้องกับจักระตาที่สามสามารถนำมาใช้เพื่อเพิ่มความลึกของการทำสมาธิในขณะที่การใช้หินสีเหลืองในช่องท้องแสงอาทิตย์เป็นความคิดที่จะช่วยให้บุคคลจัดระเบียบความคิดและมุ่งเน้นใจ เนื่องจากเป็นสีของหินที่สำคัญที่สุดการเลือกหินจึงเหมาะสมกับความต้องการและรสนิยมของแต่ละบุคคล
