ผลข้างเคียงของคลอโรเฮกซิดีนมีความหลากหลายเนื่องจากน้ำยาฆ่าเชื้อนี้ใช้ในการเตรียมการที่หลากหลาย โดยทั่วไปมักพบได้ในน้ำยาบ้วนปากสบู่หรือน้ำยาเตรียมผ่าตัดและน้ำยาคอนแทคเลนส์ เว้นแต่ว่าบุคคลนั้นมีปฏิกิริยาต่อระบบอย่างเป็นระบบเช่นการแพ้แบบอะนาไฟแล็กติกปฏิกิริยาส่วนใหญ่จะเกิดขึ้นในพื้นที่ที่ chlorhexidine สัมผัสกับร่างกาย หากมีผลข้างเคียงเกิดขึ้นการล้างปากมักก่อให้เกิดอาการในปากสบู่ทำให้เกิดปฏิกิริยาทางผิวหนังและคอนแทคเลนส์หรือวิธีการผ่าตัดตามีแนวโน้มที่จะส่งผลกระทบต่อดวงตา
ใครก็ตามที่แพ้สารเคมีนี้อาจมีปฏิกิริยาต่อระบบในการใช้งานในรูปแบบใด ๆ สัญญาณของผลข้างเคียงที่ยากที่สุดของคลอร์เฮกซิดีนนี้ ได้แก่ การหายใจลำบากและลมพิษ การบวมของปากใบหน้าและลิ้นก็เป็นเรื่องปกติเช่นกัน อาการเหล่านี้ต้องพบแพทย์ทันที
ในกรณีอื่นผลข้างเคียงของคลอโรเฮกซิดีนมักจะปรากฏในบริเวณที่มีการสัมผัส ยกตัวอย่างเช่นการล้างในช่องปากมีผลข้างเคียงเช่นคราบจุลินทรีย์ที่เพิ่มขึ้นคราบสีน้ำตาลหรือสีดำของฟันและแผลในปาก อาหารและเครื่องดื่มอาจมีรสชาติที่แตกต่างหรือมีผลข้างเคียงเช่นลิ้นสีขาวหรือมีเลือดออกเหงือก การกลืนล้างปากซึ่งไม่แนะนำอาจทำให้เกิดอาการปวดท้องเช่นปวดในทางเดินอาหารและปวดหรือในบางรายพบอาการลำไส้ใหญ่บวม
ผลข้างเคียง Chlorhexidine ที่เกี่ยวข้องกับการสัมผัสทางผิวหนังมักจะมีผื่น ผู้ป่วยบางรายทราบว่าผิวหนังไหม้หรือลอก การใช้ซ้ำอีกครั้งอาจทำให้เกิดการระคายเคืองหรือคันอย่างต่อเนื่อง บางคนพัฒนาโรคผิวหนังติดต่อจากการใช้งานปกติและจำเป็นต้องเปลี่ยนเป็นสบู่ที่ขาดส่วนผสมนี้ สัตว์ยังสามารถระคายเคืองผิวหนังจากคลอเฮกซิดีนเนื่องจากสารเคมีอาจใช้ทำความสะอาดแผลในการปฏิบัติทางสัตวแพทย์
ศัลยแพทย์ตาจำนวนหนึ่งใช้วิธีเตรียมกับคลอเฮกซิดีนเพื่อทำความสะอาดและเตรียมดวงตาสำหรับการผ่าตัด สิ่งเหล่านี้สามารถเชื่อมโยงกับความเสี่ยงผลข้างเคียงที่สูงขึ้นเนื่องจากสารเคมีมีอยู่ในปริมาณที่มากขึ้น อาการไม่พึงประสงค์บางอย่างที่เกี่ยวข้องกับการสัมผัสรวมถึงแผลที่กระจกตาปวดตาหรือระคายเคืองและบวมของเยื่อบุเยื่อบุเยื่อเมือกที่ปกคลุมดวงตาสีขาว ในบางกรณีความเสียหายที่เกิดขึ้นกับดวงตาสามารถทำให้จำเป็นต้องซ่อมแซมกระจกตา
ปริมาณของสารเคมีนี้ที่ใช้ในการแก้ปัญหาคอนแทคเลนส์ต่ำ ถึงกระนั้นประสบการณ์บางอย่างที่เกิดจากผลข้างเคียงของคลอโรเฮกซิดีนรวมถึงอาการปวดตาหรือการระคายเคืองดวงตา หากอาการเหล่านี้ยังคงมีอยู่ต่อไปผู้คนควรที่จะพูดคุยกับแพทย์หรืออย่างน้อยก็ควรเปลี่ยนไปใช้วิธีแก้ปัญหาคอนแทคเลนส์ที่ไม่มีคลอเฮกซิดีน
