ผลกระทบระยะยาวที่สำคัญที่สุดของเมทาโดนคือความอยากลดลงสำหรับยาเสพติดเช่นเฮโรอีนและมอร์ฟีน อย่างไรก็ตามน่าเสียดายที่ผลกระทบระยะยาวของเมทาโดนเป็นที่น่าพอใจน้อยกว่ามาก ตัวอย่างเช่นบุคคลที่อาจประสบปัญหาระบบทางเดินหายใจเช่นการหายใจไม่เพียงพอเมื่อทานยานี้เป็นระยะเวลานาน บางคนประสบกับการเปลี่ยนแปลงทางเพศและความไม่สมดุลของฮอร์โมนที่เกี่ยวข้องกับการใช้เมธาโดน การติดยาเสพติดเป็นหนึ่งในผลกระทบระยะยาวของการใช้เมธาโดนและผู้คนอาจประสบอาการถอนเมื่อพวกเขาหยุดทาน
หนึ่งในผลกระทบระยะยาวของเมธาโดนคือความสามารถในการช่วยให้ผู้คนต่อสู้กับการเสพยา ยานี้มักใช้เพื่อช่วยให้ผู้คนเอาชนะความอยากยาอื่น ๆ ที่จัดเป็นยาเสพติดซึ่งเป็นยาเสพติดที่ได้มาจากฝิ่น เพื่อให้เกิดผลสำเร็จแพทย์มักจะสั่งยาเมทาโดนปริมาณที่เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ และตรวจสอบการตอบสนองของผู้ป่วยอย่างระมัดระวังและในที่สุดยาก็เสถียร วิธีการแนะนำแบบค่อยเป็นค่อยไปในปริมาณที่มากขึ้นของเมทาโดนนี้ใช้เพื่อป้องกันหรือลดผลข้างเคียงของยา ตัวอย่างเช่นการเพิ่มขึ้นทีละน้อยนี้อาจช่วยลดโอกาสที่ยาเสพติดจะมีผลเหมือนยากล่อมประสาทในผู้ป่วย; ทำให้เกิดอาการคลื่นไส้อาเจียนหรือท้องผูก หรือส่งผลกระทบต่อการทำงานของสมองของผู้ป่วย
คนส่วนใหญ่ที่รับเมธาโดนจะไม่ประสบปัญหาสุขภาพร้ายแรง ในบางกรณีผู้ที่ใช้ยานี้เป็นเวลานานจะพบปัญหาที่เกี่ยวข้องกับระบบทางเดินหายใจ ยานี้อาจทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของฮอร์โมนในผู้ป่วยบางราย ตัวอย่างเช่นบางครั้งมันเกี่ยวข้องกับการผลิตฮอร์โมนเทสโทสเตอโรนที่ลดลง ผู้หญิงบางคนที่ใช้มันอาจมีการเปลี่ยนแปลงรอบประจำเดือนเช่นกัน
ในบางคนผลกระทบระยะยาวของเมธาโดนรวมถึงผู้ที่เกี่ยวข้องกับสมรรถภาพทางเพศ บางคนอาจมีความต้องการทางเพศลดลงอย่างเห็นได้ชัดเมื่อพวกเขาใช้มัน คนอื่น ๆ อาจประสบปัญหาทางร่างกายที่ขัดขวางไม่ให้มีเพศสัมพันธ์ที่น่าพอใจ ตัวอย่างเช่นผู้ชายอาจไร้สมรรถภาพเนื่องจากการรักษาเมธาโดน ปัญหาดังกล่าวไม่ส่งผลกระทบต่อทุกคนที่ใช้ยานี้อย่างไรก็ตามและผลข้างเคียงดังกล่าวอาจขึ้นอยู่กับปริมาณที่บุคคลใช้
การติดยาเสพติดเป็นหนึ่งในผลระยะยาวของการใช้เมธาโดน ถึงแม้ว่าเมธาโดนจะถูกใช้เพื่อลดความอยากของผู้ติดยาเสพติดสำหรับยาตัวอื่น หากมีคนพยายามหยุดใช้เมธาโดนหลังจากใช้งานไปนาน ๆ เขามีแนวโน้มที่จะประสบกับอาการถอน ในบรรดาอาการเหล่านี้มีอาการคลื่นไส้และอาเจียน, หนาว, ความอยากยาเสพติดและปวดกล้ามเนื้อ
บุคคลอาจมีเหงื่อออกมากเกินไปและหนาวสั่นเป็นอาการของการถอนเมธาโดน แม้ว่าอาการเหล่านี้จะไม่เป็นที่พอใจ แต่ก็มีแนวโน้มที่จะรุนแรงน้อยกว่าอาการเหล่านี้ที่อาจเกิดขึ้นเมื่อถอนออกจากยาเช่นเฮโรอีน นอกจากนี้การค่อยๆหย่านมผู้ป่วยจากเมทาโดนอาจช่วยลดผลข้างเคียงของการถอน
