ผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนที่พบมากที่สุด ได้แก่ มะเร็งเลือดหัวใจโรคเส้นเลือดอุดตันสโตรกและภาวะสมองเสื่อม ผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนสำหรับผู้หญิงที่ตั้งครรภ์อาจรวมถึงการแท้งบุตรและการคลอด
หนึ่งในผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนที่พบมากที่สุดสำหรับผู้หญิงที่เป็นมะเร็ง มะเร็งชนิดที่พบบ่อยที่สุดคือมะเร็งเต้านมและมะเร็งรังไข่ มะเร็งชนิดอื่น ๆ เป็นไปได้ แต่มะเร็งทั้งสองชนิดนี้เป็นรายงานที่ได้รับความสนใจมากที่สุดในสตรีที่ได้รับการรักษาด้วยฮอร์โมนเอสโตรเจน
ผลข้างเคียงที่สำคัญอีกอย่างก็คือเลือดออก สำหรับผู้หญิงที่ใช้ครีมเอสโตรเจนมีเลือดออกมากที่สุดคือมีเลือดออกทางช่องคลอด นอกเหนือจากการมีเลือดออกจากช่องคลอดแล้วผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนที่พบได้ทั่วไปคือลิ่มเลือด หากตรวจไม่พบหรือไม่ถูกรักษาลิ่มเลือดอาจทำให้เสียชีวิตได้
นอกจากมะเร็งเต้านมแล้วผู้หญิงบางคนยังมีอาการเต้านม ก้อนอาจไม่จำเป็นต้องเป็นมะเร็ง แต่ควรตรวจสอบก้อนเนื้อและตรวจชิ้นเนื้อโดยแพทย์เพื่อพิจารณาว่าก้อนเป็นมะเร็งหรือไม่
นักฆ่าชั้นนำของผู้หญิงอเมริกันคือหัวใจวาย การใช้เอสโตรเจนครีมผลข้างเคียงเป็นโอกาสที่เพิ่มขึ้นของทั้งหัวใจวายและโรคหลอดเลือดสมอง ผู้หญิงบางคนก็ประสบกับภาวะสมองเสื่อมที่พวกเขาลืมสิ่งต่าง ๆ
โดยทั่วไปแล้วผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนที่พบมากที่สุดจะพบได้เฉพาะในช่วงเวลาที่ผู้หญิงใช้ครีมยา ด้วยเหตุผลนี้และเพื่อ จำกัด ผลข้างเคียงแพทย์ส่วนใหญ่จะสั่งยาเฉพาะช่วงเวลาที่จำเป็นเท่านั้น กล่าวอีกนัยหนึ่งยิ่งใช้กรอบเวลาสั้นเท่าไรโอกาสที่ผู้หญิงจะประสบกับผลข้างเคียงใด ๆ หรือทั้งหมดน้อยลง
ผู้หญิงที่กำลังตั้งครรภ์ที่ใช้ครีมเอสโตรเจนสามารถสัมผัสกับผลข้างเคียงเหล่านี้ได้เช่นกัน นอกจากผลข้างเคียงเหล่านี้การใช้ครีมเอสโตรเจนในขณะตั้งครรภ์อาจทำให้แท้งได้ อีกหนึ่งผลข้างเคียงของครีมเอสโตรเจนทั่วไปในหญิงตั้งครรภ์คือข้อบกพร่องที่เกิด การใช้ครีมเอสโตรเจนอาจทำให้เด็กได้รับมะเร็งในบางช่วงของชีวิต ครีมเอสโตรเจนนั้นถูกกำหนดให้กับผู้หญิงที่ต้องหมดประจำเดือนเพื่อควบคุมอาการและปรับฮอร์โมนให้สมดุล
