การผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหารเป็นวิธีการแก้ปัญหาสำหรับคนจำนวนมากที่กำลังดิ้นรนกับโรคอ้วน แต่มีผลข้างเคียงบางอย่างที่มักเกี่ยวข้องกับกระบวนการ ในบรรดาปัญหาบายพาสกระเพาะอาหารที่พบมากที่สุดคือกลุ่มอาการทุ่มตลาดซึ่งเกิดขึ้นเมื่อกระเพาะอาหารหมดเร็วเกินไปและขาดน้ำซึ่งเกิดขึ้นเมื่อผู้ป่วยล้มเหลวในการดื่มน้ำให้เพียงพอ อาหารไม่ย่อยสามารถเป็นปัญหาเฉพาะสำหรับผู้ป่วยบายพาสกระเพาะอาหารเช่นกัน นอกจากนี้ผู้ป่วยบางรายมีอาการผมร่วงชั่วคราวหลังผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหาร
หนึ่งในปัญหาบายพาสกระเพาะอาหารที่พบมากที่สุดเรียกว่าการทุ่มตลาดซินโดรม เมื่อคนคนหนึ่งมีอาการดาวน์ซินโดรมท้องของเขาจะเทลงอย่างรวดเร็วและอาหารที่ไม่ได้ย่อยก็ย้ายเข้าสู่ลำไส้เล็กของเขา ในกรณีส่วนใหญ่สิ่งนี้เกิดขึ้นกับผู้ป่วยบายพาสกระเพาะอาหารไม่นานหลังจากที่เขากิน อาการของเงื่อนไขรวมถึงคลื่นไส้, ตะคริวในช่องท้องและใจสั่นหัวใจ บุคคลที่อาจอ่อนแออ่อนแอหรือวิงเวียนเป็นผลมาจากการทุ่มตลาดซินโดรม
การคายน้ำยังเป็นหนึ่งในปัญหาบายพาสกระเพาะอาหารที่พบบ่อย หลังการผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหารคนส่วนใหญ่ต้องดื่มน้ำมาก ๆ แพทย์อาจแนะนำให้ผู้ป่วยดื่มน้ำประมาณ 2 ลิตร (67.62 ออนซ์) ต่อวันหลังการผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหาร หากบุคคลไม่สามารถทำเช่นนั้นได้เขาอาจขาดน้ำรู้สึกคลื่นไส้และอาเจียน ในหลายกรณีคลื่นไส้และอาเจียนจะยิ่งทำให้ร่างกายขาดน้ำ บางครั้งการคายน้ำหลังจากบายพาสกระเพาะอาหารอาจรุนแรงจนผู้ป่วยต้องเข้าโรงพยาบาลและรับของเหลวเข้าเส้นเลือดดำ
อาหารไม่ย่อยยังเป็นหนึ่งในปัญหาบายพาสกระเพาะอาหารที่พบมากที่สุด อาหารไม่ย่อยเกิดขึ้นเมื่อร่างกายไม่สามารถย่อยอาหารได้อย่างเหมาะสมหรือมีปัญหาในการทำเช่นนั้น มันทำให้เกิดอาการไม่พึงประสงค์เช่นความรู้สึกของการเผาไหม้หรือความเจ็บปวดเล็กน้อยถึงรุนแรงในช่องท้องส่วนบน นอกจากนี้บางคนรู้สึกอิ่มในขณะที่พวกเขายังคงรับประทานอาหารรู้สึกอิ่มมากเกินไปหลังจากกินอิ่มท้องหรือรู้สึกคลื่นไส้เมื่ออาหารไม่ย่อย
ผู้ป่วยบางรายอาจสูญเสียเส้นผมเมื่อได้รับการผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหาร สิ่งนี้อาจทำให้ผมร่วงเพียงเล็กน้อยหรือมีปริมาณมากขึ้นอยู่กับผู้ป่วย สิ่งนี้มักเกิดขึ้นเนื่องจากการขาดสารอาหารที่พัฒนาขึ้นหลังการผ่าตัด มันอาจเกิดขึ้นเป็นส่วนหนึ่งของปฏิกิริยาของร่างกายต่อการลดน้ำหนักอย่างรวดเร็วที่ผู้ป่วยมีประสบการณ์หลังการผ่าตัดบายพาสกระเพาะอาหาร ผู้ป่วยหลายคนพบว่าการทานอาหารเสริมช่วยด้วยผลที่ไม่พึงประสงค์นี้และคนส่วนใหญ่เห็นว่าปัญหานี้สิ้นสุดลงเมื่อสองสามเดือนหลังการผ่าตัด
