ผลข้างเคียงที่พบได้บ่อยที่สุด ได้แก่ อาการวิงเวียนศีรษะนอนไม่หลับและปวดท้องแม้ว่าผลข้างเคียงที่รุนแรงอาจเกิดขึ้นได้เช่นกัน ยาปฏิชีวนะนี้อาจทำให้เกิดการอักเสบของเส้นประสาทชักและปัสสาวะลำบาก ระดับน้ำตาลในเลือดสูงขึ้นผลการตรวจเลือดที่ผิดปกติและอาการทางจิตนั้นเป็นผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นกับ isoniazid และอาจมีความเด่นชัดมากขึ้นเมื่อใช้ยานี้ร่วมกับยาอื่น ๆ มีรายงานความเสียหายต่อตับที่คุกคามชีวิตถึงบางคนที่ใช้ยาปฏิชีวนะนี้ ควรรายงานผลข้างเคียงใหม่หรือน่ารำคาญจาก isoniazid ต่อแพทย์เพื่อรับการประเมินผลทางการแพทย์ต่อไป
ปัญหาทางเดินอาหารเป็นหนึ่งในผลข้างเคียงของ isoniazid ที่รายงานบ่อยที่สุดและอาจมีอาการคลื่นไส้อาเจียนหรืออิจฉาริษยา มีรายงานว่าเป็นตะคิวท้องท้องผูกและท้องเสีย ควรทำการประเมินอาการอาเจียนหรือท้องเสียอย่างต่อเนื่องโดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้ามีเลือดอยู่โดยแพทย์ผู้เชี่ยวชาญเพื่อตรวจกระเพาะอาหารหรือลำไส้เสียหาย อาการปวดท้องรุนแรงพร้อมกับไข้ควรไปพบแพทย์หรือแผนกฉุกเฉินที่โรงพยาบาลที่ใกล้ที่สุด
ความผิดปกติของเลือดอาจพัฒนาเป็นผลข้างเคียง isoniazid และมักจะแก้ไขตัวเองหลังจากยาถูกหยุด ระดับน้ำตาลในเลือดที่เพิ่มขึ้นและระดับวิตามินบี 6 ที่ลดลงเป็นปัญหาเกี่ยวกับเลือดที่พบบ่อยที่สุดที่เกี่ยวข้องกับการใช้ยานี้ ผู้หญิงอาจสังเกตเห็นความผิดปกติของประจำเดือนและไม่ควรใช้ยานี้หากตั้งครรภ์หรือให้นมบุตร ผู้ป่วยโรคเบาหวานหรือโรคอื่น ๆ ที่มีผลต่อเลือดอาจไม่สามารถใช้ isoniazid ได้อย่างปลอดภัย
การเปลี่ยนแปลงทางจิตและอารมณ์แปรปรวนควรรายงานแพทย์ทันทีเนื่องจาก isoniazid ผลข้างเคียงเหล่านี้มักจะต้องรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่แตกต่างกัน ความสับสนหงุดหงิดและโรคจิตที่เกิดจากยานี้สามารถนำไปสู่พฤติกรรมการทำลายล้างและมักจะต้องได้รับการดูแลทางการแพทย์ฉุกเฉิน หากผู้ป่วยที่รับ isoniazid กลายเป็นต่อสู้หรือแสดงอาการของการบาดเจ็บด้วยตนเองควรติดต่อบริการทางการแพทย์ฉุกเฉินเพื่อขอความช่วยเหลือการขนส่งไปยังโรงพยาบาลที่ใกล้ที่สุด
ความเสียหายที่ตับอย่างรุนแรงอาจเกิดขึ้นเป็นผลมาจากยานี้และความเสี่ยงนี้เพิ่มขึ้นเมื่อใช้เป็นเวลานาน อาการตัวเหลืองมีสีเหลืองอ่อนซึ่งมีผลต่อผิวหนังหรือส่วนสีขาวของดวงตาและมักแสดงว่าตับไม่สามารถทำงานได้อย่างถูกต้อง ความเสียหายนี้อาจถึงแก่ชีวิตและบางครั้งต้องมีการปลูกถ่ายตับเพื่อช่วยชีวิตผู้ป่วย ผู้ที่มีการทำงานของไตบกพร่องแล้วอาจพบไตวายสมบูรณ์เมื่อใช้ยานี้ การล้างไตหรือการปลูกถ่ายอาจมีความจำเป็นหากไม่หยุดยาก่อนที่ไตจะเกิดความเสียหายถาวร
