ปัญหาของรูทปกติจะไม่รุนแรงและอาจรวมถึงการติดฟันซอกฟันที่ร้าวหรือแตกของวัสดุอุดที่ใช้ในการปิดผนึกฟัน ความเสี่ยงของปัญหาใด ๆ ที่เกิดขึ้นเหล่านี้จะขึ้นอยู่กับเหตุผลที่อยู่หลังรูทคลองในตอนแรกและผู้ป่วยรักษาสุขภาพช่องปากได้ดีแค่ไหนหลังจากกระบวนการเสร็จสิ้น บางครั้งความเสียหายที่เกิดขึ้นภายในฟันไม่สามารถตรวจสอบได้อย่างเต็มที่จนกว่าขั้นตอนจะเริ่มขึ้น ในกรณีเหล่านี้อาจไม่สามารถหลีกเลี่ยงปัญหารูทคลองได้
คลองรากฟันเป็นกระบวนการที่ทันตแพทย์ถอนเนื้อเยื่อที่ติดเชื้อหรือเน่าออกจากฟันเหงือกและเส้นประสาทภายในฟันที่เสียหาย ความเสียหายนี้อาจเกิดจากสุขภาพช่องปากและฟันผุที่ไม่ดีและบางครั้งเกิดจากการทำฟันมากเกินไป เมื่อฟันได้รับความเสียหายแบคทีเรียสามารถพัฒนาและนำไปสู่ฝีและการติดเชื้ออื่น ๆ การติดเชื้อเหล่านี้จะต้องกำจัดออกในระหว่างการขุดคลองเพื่อบรรเทาอาการปวดและป้องกันไม่ให้แพร่กระจายไปยังเนื้อเยื่อรอบ ๆ
หนึ่งในปัญหาที่พบบ่อยที่สุดของคลองรากฟันคือการติดเชื้อรองกับฟันซึ่งได้รับการทำงานหรือหนึ่งในบริเวณใกล้เคียง โดยทั่วไปขั้นตอนทั้งหมดไม่สามารถทำได้ทั้งหมดในครั้งเดียว ก่อนอื่นต้องกำจัดบริเวณที่ติดเชื้อแล้วเมื่อฟันและเหงือกรอบได้หายดีแล้ว การติดเชื้ออาจเกิดขึ้นระหว่างสองส่วนนี้และอาจยืดเวลาการรักษาและส่งผลให้หลายขั้นตอน
ปัญหาที่เกิดขึ้นโดยทั่วไปอีกอย่างหนึ่งที่เกี่ยวข้องกับการอุดรูรั่วซึ่งติดอยู่ เคลือบหลุมร่องฟันนี้บางครั้งอาจหลุดออกจากฟัน สิ่งนี้ไม่เพียง แต่ทำให้ฟันไวต่อการติดเชื้อหรือความเสียหายเพิ่มเติม แต่ยังเพิ่มค่าใช้จ่ายสำหรับผู้ป่วยเนื่องจากต้องเปลี่ยนกาว การหลีกเลี่ยงการเคี้ยวด้วยฟันที่ป่วยเป็นเวลาหลายวันหลังจากทำตามขั้นตอนอาจช่วยได้ แต่บางครั้งก็ไม่มีอะไรที่สามารถทำได้เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดขึ้น
บางครั้งฟันจะเกิดความเสียหายมากกว่าที่ทันตแพทย์คาดไว้ สิ่งนี้สามารถนำไปสู่ปัญหารูตเพิ่มเติม หากฟันได้รับผลกระทบจากการติดเชื้อมากเกินไปมันอาจจะแตกสลายหรือแตกได้ บางครั้งการติดเชื้อแพร่หลายจึงต้องมีการซ่อมแซมฟันเพิ่มเติม บางครั้งฟันทั้งหมดอาจต้องถูกลบออกไปโดยสิ้นเชิง
ผู้ป่วยสามารถป้องกันความเสียหายที่เกิดขึ้นจากการแปรงฟันเป็นประจำและไปพบทันตแพทย์เพื่อตรวจสุขภาพเป็นประจำ สิ่งสำคัญคือต้องขอคำแนะนำจากแพทย์เมื่อมีการติดเชื้อ อาการของฟันหรือฝีที่ติดเชื้ออาจรวมถึงความเจ็บปวดบวมแดงและมีหนอง
