ผลข้างเคียงของรูทคลองที่พบมากที่สุด ได้แก่ อาการปวดหรือไม่สบายฟันหยุดการเจริญเติบโตและการเปลี่ยนสีในที่สุดและการเปลี่ยนสีของฟันในที่สุด ถึงแม้ว่าผลข้างเคียงบางอย่างเหล่านี้ต้องการงานทันตกรรมเพิ่มเติม แต่โดยทั่วไปแล้วพวกมันจะไม่เป็นอันตรายและไม่ค่อยแสดงถึงปัญหาของรูต แม้ว่าผลข้างเคียงอื่น ๆ อาจหมายถึงมีภาวะแทรกซ้อนของรูทคลอง ผลข้างเคียงเหล่านี้รวมถึงอาการปวดอย่างรุนแรงการติดเชื้อและฟันร้าว ทันตแพทย์อาจสามารถกลับภาวะแทรกซ้อนเหล่านี้ได้หรือผู้ป่วยอาจต้องผ่าตัดเพื่อรักษาฟัน
อาจพบได้บ่อยที่สุดของผลข้างเคียงของรูทคลองคือความรู้สึกไม่สบายเล็กน้อยถึงปานกลางหรือความเจ็บปวดที่ผู้ป่วยสามารถสัมผัสได้ทั้งในระหว่างและหลังการรักษา ผู้ป่วยหลายคนอธิบายถึงความเจ็บปวดที่พวกเขาประสบขณะรับรูตเหมือนกับความเจ็บปวดทั่วไปที่ได้รับการอุดฟันเป็นประจำ เนื่องจากผู้ป่วยมีแนวโน้มที่จะพบการอักเสบของเนื้อเยื่อจำนวนหนึ่งหลังจากได้รับคลองรากฟันหลายคนจะยังคงพบกับความเจ็บปวดนี้ต่อไปอีกไม่กี่วันหลังจากคลองรากฟัน โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากพวกเขามีอาการปวดหรือติดเชื้อก่อนขั้นตอน ทันตแพทย์มักจะแนะนำให้จัดการกับความเจ็บปวดด้วยยาแก้ปวดที่มีขายตามเคาน์เตอร์จนกว่าจะหายไป
ผลข้างเคียงของรูทคลองที่พบได้ทั่วไปและไม่เป็นอันตรายเพิ่มเติม ได้แก่ อาการชาในช่องปากและใบหน้าหรือความรู้สึกเสียวซ่า นี่คือสาเหตุที่ยาชาที่ใช้ในการป้องกันผู้ป่วยจากความรู้สึกเจ็บปวดในระหว่างขั้นตอนและจะสวมใส่ออกไม่กี่ชั่วโมงหลังจากออกจากสำนักงานทันตแพทย์ หากผู้ป่วยเป็นเด็ก แต่ฟันเป็นสิ่งถาวรฟันอาจหยุดเติบโตได้ดี ผู้ป่วยบางรายมีแผลเล็ก ๆ หรือแผลพุพองบริเวณเหงือกใกล้กับฟันเนื่องจากแบคทีเรียที่เคยอยู่ในฟันและเยื่อกระดาษที่ติดเชื้อมาก่อน แต่สิ่งเหล่านี้ควรหายไปหลังจากไม่กี่วัน ผู้ป่วยยังสามารถคาดหวังในระดับหนึ่งของการเปลี่ยนสีฟันและความอ่อนแอแม้ว่าผลข้างเคียงของรากฟันเหล่านี้อาจไม่ปรากฏเป็นเวลาหลายปีหลังจากทำตามขั้นตอน
มีผลข้างเคียงของรูทคลองที่รุนแรงกว่าซึ่งอาจบ่งบอกถึงภาวะแทรกซ้อนของรูทคลอง เหล่านี้รวมถึงอาการปวดอย่างรุนแรงที่ไม่ตอบสนองต่อยาแก้ปวด OTC หรือหายไปในอีกสองสามวันรอยร้าวในฟันหรือความเจ็บปวดชนิดอื่นหรือ“ ปิด” ความรู้สึกที่ผู้ป่วยอาจเกี่ยวข้องกับฟันที่ไม่ไป ไป ผู้ป่วยที่ได้รับผลข้างเคียงเหล่านี้ควรพบทันตแพทย์ของเขาโดยเร็วที่สุดเพราะอาจเป็นอาการของปัญหารากฟันบางอย่างเช่นการติดเชื้อในคลองรากฟัน ปัญหาของคลองรากฟันบางอย่างสามารถแก้ไขได้และฟันสามารถได้รับการรักษาด้วยการใช้คลองรากที่สองหรือโดยการผ่าตัดรักษารากฟัน หากปัญหารุนแรงพอทันตแพทย์อาจต้องถอนฟันออก
หากผู้ป่วยดูแลรักษาฟันของเขาอย่างเหมาะสมมันสามารถอยู่ได้ตลอดชีวิต ยังคงมีผลข้างเคียงของรากฟันบางชนิดเช่นฟันที่อ่อนลงและเปลี่ยนสีต้องให้ทันตแพทย์และผู้ป่วยคิดเกี่ยวกับงานทันตกรรมในอนาคต ตัวอย่างเช่นการใช้การอุดฟันอย่างถาวรสามารถช่วยให้มันปลอดภัยได้นาน การสวมมงกุฎครอบฟันสามารถช่วยให้ฟันมีอายุการใช้งานที่ยาวนานขึ้นอาจเป็นไปได้ตลอดไปหรือซ่อนการเปลี่ยนสี ขึ้นอยู่กับสถานการณ์เหล่านี้เป็นข้อพิจารณาที่ผู้ป่วยและทันตแพทย์อาจพูดคุยหรืออาจบันทึกในภายหลัง
