ผลข้างเคียงของยากระตุ้นที่พบมากที่สุด ได้แก่ ความดันโลหิตสูง, ปวดท้อง, ปวดหัวและหงุดหงิด ใจสั่นการลดความอยากอาหารการนอนไม่หลับและการลดน้ำหนักเป็นผลข้างเคียงที่พบบ่อย ยากระตุ้นบางครั้งใช้เพื่อรักษาโรคสมาธิสั้นหรือที่เรียกว่า Narcolepsy และอาการซึมเศร้า ยาเหล่านี้เป็นที่รู้จักกันเพื่อเพิ่มพลังงานความระมัดระวังและมุ่งเน้น ยากระตุ้นเช่น methylphenidate และ dextroamphetamine ช่วยเพิ่มผลกระทบของสารเคมีในสมองบางชนิดที่ช่วยเพิ่มความรู้สึกเป็นอยู่ที่ดี
ผลข้างเคียงจากการกระตุ้นอื่น ๆ ได้แก่ การหดตัวของหลอดเลือด, เหงื่อออกมากขึ้นและบางครั้งไม่สามารถนั่งนิ่ง พวกเขาอาจเพิ่มระดับน้ำตาลในเลือดและอาจไม่แนะนำสำหรับผู้ที่เป็นโรคเบาหวาน ไม่แนะนำให้ใช้สารกระตุ้นร่วมกับยาอื่นเว้นแต่ว่าผู้ป่วยจะได้รับการดูแลอย่างเข้มงวดจากผู้ให้บริการด้านสุขภาพ การทำเช่นนั้นอาจทำให้หัวใจเต้นรุนแรงหรือทำให้เกิดความดันโลหิตสูงที่เป็นอันตราย
ถึงแม้ว่าผลข้างเคียงของยากระตุ้นอาจเป็นอันตราย แต่ก็ไม่ได้เป็นปัจจัยเสี่ยงเพียงอย่างเดียวเมื่อทานยาเหล่านี้ ยากระตุ้นสามารถทำให้เกิดการพึ่งพาและส่งเสริมความหวาดระแวงพฤติกรรมก้าวร้าวและโรคจิตที่เป็นไปได้ อาการการถอนยังเป็นไปได้เมื่อหยุดการกระตุ้นและอาจรวมถึงภาวะซึมเศร้า, นอนไม่หลับและความเหนื่อยล้าที่ลึกซึ้ง นอกจากนี้การกินยากระตุ้นปริมาณมากหลายชนิดมีส่วนช่วยในการเพิ่มอุณหภูมิของร่างกาย, ภาวะหัวใจล้มเหลวและอาการชัก
ในอดีตยากระตุ้นมักใช้ในการรักษาโรคอ้วนและปัญหาการหายใจเช่นโรคหอบหืด เนื่องจากอุบัติการณ์ของผลข้างเคียงจากการกระตุ้นมีสูงมากแพทย์จึงได้สงวนการใช้งานของพวกเขาเพียงไม่กี่เงื่อนไขทางการแพทย์ อาจเป็นอันตรายได้หากใช้ตัวกระตุ้นเมื่อมีเงื่อนไขทางการแพทย์บางอย่าง เงื่อนไขเหล่านี้รวมถึงโรคต้อหินความผิดปกติของความวิตกกังวลและเงื่อนไขต่อมไทรอยด์ ภาวะต่อมไทรอยด์เป็นภาวะที่ต่อมไทรอยด์ผลิตฮอร์โมนบางชนิดมากเกินไปทำให้ใจสั่นรู้สึกวิตกกังวลและมีอัตราชีพจรสูง
ต้อหินเป็นเงื่อนไขที่ทำให้เกิดการเพิ่มขึ้นของความดันตาที่สามารถนำไปสู่การสูญเสียการมองเห็น การใช้ยากระตุ้นสามารถเพิ่มความดันตาและนำไปสู่การมองเห็นอุปกรณ์ต่อพ่วงหรือการขาดดุลสายตา ก่อนที่จะมีการใช้ยากระตุ้นผู้ให้บริการด้านสุขภาพอาจแนะนำให้ตรวจร่างกายอย่างละเอียด การตรวจสอบอาจรวมถึงการตรวจสอบความดันโลหิตและการทดสอบเพื่อตรวจสอบว่าหลอดเลือดและหัวใจมีสุขภาพดีพอที่จะทนต่อผลกระทบของยากระตุ้น
ผู้ที่มีอาการข้างเคียงจากการกระตุ้นควรแจ้งให้ผู้ให้บริการดูแลสุขภาพทราบถึงสัญญาณแรก ผู้ให้บริการด้านการดูแลสุขภาพอาจแนะนำให้ใช้ยาในปริมาณที่ต่ำกว่าหรืออาจตัดสินใจหยุดใช้ยาโดยสิ้นเชิง ผู้ให้บริการด้านสุขภาพอาจแนะนำให้ใช้ยาทางเลือกหรือแผนการรักษาอื่น ๆ ที่เหมาะสมทั้งนี้ขึ้นอยู่กับเงื่อนไข
