ผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของ sulfamethoxazole คืออาการท้องเสียอย่างอ่อนเช่นคลื่นไส้และท้องร่วง นอกจากนี้ยังสามารถเพิ่มความไวต่อแสงแดดได้ดังนั้นผู้ป่วยที่ใช้ยานี้ควรใช้ความระมัดระวังเมื่อไม่สามารถหลีกเลี่ยงแสงแดด ควรใช้หมวกแขนยาวกางเกงขายาวและครีมกันแดด นอกจากนี้ยังมีปฏิกิริยาที่รุนแรงและหายากที่อาจเกิดขึ้น
มักจะใช้ร่วมกับ Trimethoprim ทั้งคู่เป็นยาปฏิชีวนะในตระกูลซัลซาโนไมด์ซึ่งหมายความว่าผลข้างเคียงที่อาจเกิดขึ้นจะเหมือนกัน ชุดนี้ใช้บ่อยที่สุดในการรักษาโรคติดเชื้อทางเดินปัสสาวะที่เกิดจากเชื้อ E. coli นอกจากนี้ยังสามารถใช้สำหรับการติดเชื้อที่หูและอื่น ๆ ตามที่กำหนดโดยผู้ให้บริการด้านการดูแลสุขภาพ ผู้เชี่ยวชาญเชื่อว่ายาทั้งสองชนิดมีศักยภาพที่จะทำให้เกิดข้อบกพร่อง
อาการคลื่นไส้ท้องเสียและเบื่ออาหารเป็นผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของ sulfamethoxazole อาจเป็นไปได้เช่นวิงเวียนปวดศีรษะและปวดท้องทั่วไป อาจมีไข้หรือมีผื่นขึ้นได้เช่นเดียวกับผลข้างเคียงเล็กน้อย แต่พวกเขาก็สามารถส่งสัญญาณถึงอาการที่รุนแรงยิ่งขึ้นเช่น Stevens-Johnson Syndrome Anaphylaxis เป็นอาการแพ้ที่รุนแรงและอาจเป็นอันตรายถึงชีวิตเป็นไปได้กับยาใด ๆ แต่โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับยาปฏิชีวนะ การบวมของลิ้นและหายใจดังเสียงฮืด ๆ เป็นสัญญาณฉุกเฉินทางการแพทย์ ผู้ป่วยที่เคยมีปฏิกิริยาต่อซัลซาโนไมด์ไม่ควรใช้ซัลเฟเมทโธซีโซล
Stevens-Johnson Syndrome น่าจะเป็นผลข้างเคียงที่รุนแรงที่สุดของ sulfamethoxazole อาการของโรคนี้รวมถึงไข้, คัน, แผลผิวหนังและแผลในปาก เนื่องจากผิวหนังหายจากร่างกายผู้ป่วยที่เป็นโรคสตีเวนส์ - จอห์นสันจะต้องได้รับการรักษาในโรงพยาบาลบางครั้งอยู่ในหน่วยที่ถูกเผา มีความเสี่ยงสูงต่อการติดเชื้อเนื่องจากมีแผลเปิดขนาดใหญ่ ในบางกรณีมีการทำลายผิวหนังถาวรตาบอดหรืออวัยวะเสียหาย
sulfamethoxazole ที่ร้ายแรงอื่น ๆ ได้แก่ ตับอักเสบ, ท้องร่วงเป็นเลือด, ชัก, และต่อมไทรอยด์ที่ขยายใหญ่ขึ้น ผู้ป่วยที่มีผลข้างเคียงเหล่านี้ควรรีบไปพบแพทย์ทันที ผลข้างเคียงเหล่านี้ส่วนใหญ่สามารถรักษาได้และไม่ก่อให้เกิดความเสียหายยาวนาน
sulfamethoxazole ผลข้างเคียงบางอย่างเกี่ยวข้องกับการใช้ยาในระยะยาว ยานี้อาจทำให้เกล็ดเลือดในเลือดลดลงซึ่งทำให้เกิดอาการฟกช้ำหรือเลือดไหลมากเกินไป ผู้ป่วยที่ใช้ยานี้ควรติดต่อแพทย์ทันทีหากพบผลข้างเคียงนี้ ยานี้ยังอาจทำให้เกิดภาวะโลหิตจาง hemolytic ซึ่งเกิดจากการทำลายเซลล์เม็ดเลือดแดงหรือ megaloblastic จางซึ่งเกิดจากเซลล์เม็ดเลือดแดงขยายก่อนวัยอันควร ผู้ป่วยบางรายอาจต้องมีการตรวจเลือดเป็นระยะเพื่อตรวจสอบระดับเกล็ดเลือดของพวกเขา
