หลายคนสามารถใช้ฮอร์โมนเอสโตรเจนโดยไม่มีผลข้างเคียงอย่างมีนัยสำคัญถึงแม้ว่าอาการใหม่หรือน่ารำคาญที่เกิดขึ้นหลังจากเริ่มการรักษาด้วยยาประเภทนี้ควรปรึกษากับแพทย์ที่สั่งจ่ายยา ผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของเอสโตรเจนบล็อคเกอร์ ได้แก่ อาการวิงเวียนศีรษะคลื่นไส้และกะพริบร้อน ผลข้างเคียงเพิ่มเติมของยาเหล่านี้อาจรวมถึงการเพิ่มของน้ำหนักเหงื่อออกตอนกลางคืนและการเปลี่ยนแปลงของตกขาว ผลข้างเคียงที่รุนแรงกว่าของเอสโตรเจนบล็อกเกอร์โดยเฉพาะเมื่อใช้เป็นระยะเวลานานอาจรวมถึงการพัฒนาของลิ่มเลือดปฏิกิริยาภูมิแพ้หรือความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของการพัฒนามะเร็งของอวัยวะสืบพันธุ์
ผลข้างเคียงของเอสโตรเจนบล็อคเกอร์ส่วนใหญ่นั้นค่อนข้างอ่อนและอาจลดลงเมื่อเวลาผ่านไปเนื่องจากร่างกายปรับตัวเข้ากับการใช้ยา อาการวิงเวียนศีรษะเล็กน้อยเป็นเรื่องร้องเรียนทั่วไป แต่หากอาการนี้รุนแรงหรือมีอาการปวดศีรษะควรปรึกษาแพทย์เพื่อรับการประเมินเพิ่มเติม หากอาการคลื่นไส้พัฒนาเมื่อใช้ยาประเภทนี้มันอาจช่วยในการกินอาหารหรือดื่มนมสักแก้วก่อนทานยา
ร้อนวูบวาบเหงื่อออกตอนกลางคืนและอาการคล้ายวัยหมดประจำเดือนอื่น ๆ อาจเกิดขึ้นเมื่อทานฮอร์โมนเอสโตรเจน มีรายงานว่ามีอาการปวดกระดูกหรือกล้ามเนื้อน้ำหนักตัวเพิ่มขึ้นและความเหนื่อยล้า อาจมีสารคัดหลั่งในช่องคลอดเพิ่มขึ้นหรือลดลงโดยผู้ที่ใช้ยาประเภทนี้ ในขณะที่อาการเหล่านี้ส่วนใหญ่ไม่รุนแรงในธรรมชาติบางครั้งการปรับขนาดยาอาจเป็นไปได้หากผลข้างเคียงเหล่านี้กลายเป็นเรื่องน่ารำคาญอย่างยิ่ง
การใช้ฮอร์โมนเอสโตรเจนเป็นเวลานานจะเพิ่มความเสี่ยงในการเกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงหรือภาวะแทรกซ้อนที่อาจถึงแก่ชีวิต เลือดอุดตันอาจพัฒนาได้ตลอดเวลาในระหว่างการรักษา แต่ความเสี่ยงเพิ่มขึ้นอย่างมากกับการใช้ยาเหล่านี้อย่างต่อเนื่อง รูปแบบของการสูญเสียกระดูกที่รู้จักกันในชื่อโรคกระดูกพรุนก็อาจเกิดขึ้นซึ่งนำไปสู่โอกาสสูงของการแตกหัก ฮอร์โมนเอสโตรเจนอาจเพิ่มความเสี่ยงในการเกิดมะเร็งเต้านมมะเร็งรังไข่หรือมะเร็งอื่น ๆ ที่มีผลต่อระบบสืบพันธุ์
ปฏิกิริยาการแพ้ต่อเอสโตรเจนบล็อคเกอร์นั้นเป็นเรื่องแปลกแม้ว่าจะเป็นไปได้แม้ว่ายานั้นจะได้รับการยอมรับอย่างดีในอดีต อาการภูมิแพ้เล็กน้อยอาจมีผื่นที่ผิวหนังหรือมีอาการคันเล็กน้อย ปฏิกิริยาการแพ้ที่อาจเป็นอันตรายถึงชีวิตซึ่งเรียกกันว่าภาวะภูมิแพ้อย่างรุนแรงอาจทำให้เกิดอาการเช่นการบวมของใบหน้าหรือลำคออาการเจ็บหน้าอกหรือหายใจลำบาก อาการเหล่านี้ควรได้รับการปฏิบัติในกรณีฉุกเฉินทางการแพทย์และต้องเข้าโรงพยาบาลบ่อยครั้งเพื่อรักษาเสถียรภาพของผู้ป่วย
