ข้อดีของการรักษาด้วยโปรตอนสำหรับโรคมะเร็งนั้นมีความแม่นยำมากกว่าการรักษาทางเลือกและมีโอกาสน้อยที่จะสร้างความเสียหายต่อเนื้อเยื่อโดยรอบ การรักษาด้วยโปรตอนสามารถกำหนดเป้าหมายได้อย่างแม่นยำถึงความลึกที่แน่นอนของเนื้องอกลดความเสียหายต่อส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย การรักษาสามารถทำให้เกิดผลข้างเคียงเช่นเดียวกับการรักษาด้วยรังสีในรูปแบบอื่น ๆ และยังมีราคาแพง
หนึ่งในข้อได้เปรียบหลักของการรักษาด้วยโปรตอนสำหรับโรคมะเร็งคือมันมีโอกาสที่จะก่อให้เกิดผลข้างเคียงที่รุนแรงกว่าการรักษาด้วยวิธีอื่น เนื่องจากโปรตอนมีขนาดใหญ่และหนักกว่าอนุภาคที่ใช้ในการรักษาด้วยรังสีชนิดอื่น มวลที่มากขึ้นหมายถึงโปรตอนจะไม่กระจายไปยังส่วนอื่น ๆ ของร่างกายมากเท่ากับการลดความเสียหายของเนื้อเยื่อรอบ ๆ
นอกจากนี้ยังง่ายต่อการกำหนดเป้าหมายโปรตอนไปยังเนื้อเยื่อที่ระดับความลึกแน่นอน หากมีการใช้รังสีชนิดอื่นเช่นรังสีเอกซ์มันเป็นการยากที่จะทำให้รังสีหยุดลงในระดับความลึกที่แม่นยำของมะเร็ง ซึ่งหมายความว่ารังสียังคงดำเนินต่อไปและอาจส่งผลกระทบต่อส่วนอื่น ๆ ของร่างกาย ในทางกลับกันพลังงานของโปรตอนสามารถปรับได้ดังนั้นส่วนใหญ่ไม่สามารถแทรกซึมได้ไกลกว่าที่ต้องการ
การรักษาด้วยโปรตอนสำหรับโรคมะเร็งเป็นสาเหตุให้เกิดผลข้างเคียงน้อยกว่าการฉายรังสีในรูปแบบอื่น ถึงกระนั้นก็ยังมีผลข้างเคียงจำนวนมากที่สามารถเกิดขึ้นได้เมื่อมีการใช้แม้ว่าจะขึ้นอยู่กับตำแหน่งที่ใช้รักษาและปริมาณที่ต้องการ ผลข้างเคียงที่เกิดขึ้นในไม่ช้าหลังจากการรักษา - เช่นแผลในลำคอบวมหรือมีบุตรยากขึ้นอยู่กับตำแหน่งของการรักษา - เป็นที่รู้จักกันเฉียบพลัน ผลข้างเคียงจากสาย - เช่นการลดความยืดหยุ่นของผิวหนังโรคหัวใจและแม้แต่โรคมะเร็งทุติยภูมิในกรณีที่หายากมักจะใช้เวลาหลายปีแทนที่จะเป็นสัปดาห์ ผู้ป่วยหลายคนที่ต้องการการรักษาด้วยโปรตอนขนาดต่ำสำหรับโรคมะเร็งไม่ต้องทนทุกข์ทรมานจากผลข้างเคียงใด ๆ เลย
ข้อเสียที่สำคัญของการรักษาด้วยโปรตอนสำหรับโรคมะเร็งคือมีราคาแพง นี่อาจไม่เป็นข้อกังวลสำหรับผู้ป่วยที่ได้รับการประกันสุขภาพ แต่บางครั้งอาจทำให้เกิดปัญหากับ บริษัท ประกันภัย มันเป็นที่คาดกันว่าการรักษาด้วยโปรตอนนั้นมีราคาสูงกว่าการรักษาด้วยรังสีแบบดั้งเดิมสำหรับมะเร็งถึงสามเท่าแม้ว่าจะมีความพยายามในการพัฒนาทางเลือกที่คุ้มค่ากว่าซึ่งยังคงมีประสิทธิภาพในการรักษาโรค
