ผู้ป่วยส่วนใหญ่ที่ใช้ beta sitosterol จะไม่พบผลข้างเคียงใด ๆ บางคนอาจพบผลข้างเคียงที่ไม่รุนแรงซึ่งมักจะ จำกัด อยู่ที่อาการไม่สบายทางเดินอาหาร อย่างไรก็ตามผู้ป่วยที่มีอาการมาก่อนบางอย่างสามารถประสบกับผลข้างเคียงร้ายแรงที่อาจนำไปสู่หรือซ้ำเติมโรคหัวใจ เช่นเดียวกับยาใด ๆ อาการแพ้เป็นหนึ่งในผลข้างเคียงที่เป็นไปได้ของเบต้าซิสเตอรอลและต้องได้รับการรักษาจากแพทย์ทันที
ผลข้างเคียงที่พบบ่อยที่สุดของ beta sitosterol ส่งผลกระทบต่อระบบย่อยอาหารของผู้ป่วยและมักจะเกิดขึ้นเฉพาะในผู้ป่วยที่รับ beta sitosterol มากกว่าที่แพทย์แนะนำ ผลกระทบเหล่านี้อาจรวมถึงตะคริวอาหารไม่ย่อยก๊าซมากเกินไปและคลื่นไส้ ผู้ป่วยอาจมีอาการท้องผูกหรือท้องเสียอันเป็นผลมาจากการเสริมนี้ โดยทั่วไปแล้วการอาเจียนจะไม่เห็นด้วยการใช้เบต้าซิสเตอรอลแม้ว่าผู้ป่วยที่มีแนวโน้มจะอาเจียนอาจทำเช่นนั้นเมื่อเริ่มมีอาการคลื่นไส้ ส่วนใหญ่ผู้ป่วยที่ประสบกับผลข้างเคียงที่เป็นไปได้ของเบต้าซิสเตอรอลจะไม่ได้รับความทุกข์ทรมานจากพวกเขาอย่างจริงจังและยังคงรับประทานอาหารเสริมตามที่กำหนด
ผู้ชายยังสามารถสัมผัสกับผลข้างเคียงทางเพศของเบต้าซิสเตอรอล อาหารเสริมตัวนี้เป็นที่รู้จักกันในการลดไดรฟ์เพศและทำให้เกิดสมรรถภาพทางเพศ อาการเหล่านี้หายไปเมื่อผู้ป่วยหยุดรับเบต้าซิสเตอรอลและไม่ได้เป็นสาเหตุของความกังวลโดยเฉพาะอย่างยิ่งหากผู้ป่วยรับประทานอาหารเสริมนี้ในระยะเวลาสั้น
เบต้าซิสเตอรอลอาจลดความสามารถของผู้ป่วยในการดูดซับทั้งวิตามินอีและแคโรทีน ผลข้างเคียงของเบต้าซิสเตอรอลอาจทำให้เกิดปัญหาทางระบบประสาทหรือภาวะแทรกซ้อนทางสุขภาพในระยะยาว ผลที่เป็นไปได้ทั้งสองอย่างนี้เกิดจากการขาดวิตามินมากกว่าเบต้าซิสเตอรอลเองและสามารถแก้ไขได้โดยการเสริมวิตามินอีและเอผู้ป่วยสามารถรับประทานอาหารที่อุดมด้วยวิตามินเหล่านี้เพื่อป้องกันการขาดวิตามินซี
อาการแพ้อย่างรุนแรงอาจเกิดขึ้นได้บ่อยๆเนื่องจากผลข้างเคียงของ beta sitosterol สัญญาณของอาการแพ้ ได้แก่ ผื่นหรือลมพิษ, บวมบนใบหน้าหรือในปาก, หายใจลำบากและการเปลี่ยนแปลงของอัตราการเต้นของหัวใจหรือความดันโลหิต ผู้ป่วยที่มีอาการเหล่านี้จำเป็นต้องพบแพทย์ทันทีเพื่อให้สามารถรักษาอาการแพ้ได้
นอกจากนี้ยังเป็นไปได้สำหรับผู้ป่วยที่มี sitosterolemia ที่จะได้รับผลข้างเคียงของ beta sitosterol ในผู้ป่วยเหล่านี้เบต้าซิสเตอรอลสามารถนำไปสู่โรคหัวใจ สิ่งนี้เกิดขึ้นเพราะผู้ป่วยที่มีซิสโตสเทอรอลเมียมีเบต้าซิสเตอรอลในร่างกายมากเกินไปซึ่งสามารถอุดตันหลอดเลือดแดงและทำลายหัวใจ
