ในกรณีส่วนใหญ่การกำจัดถุงไขมันหมายถึงการผ่าตัด แพทย์อาจนำถุงน้ำทั้งหมดออกและเย็บแผลปิดหรือระบายออกแล้วเอาผนังถุงน้ำออกเพื่อให้แผลหายได้โดยไม่ต้องเย็บแผล อย่างไรก็ตามบางครั้งแพทย์อาจพยายามทำการรักษาอื่น ๆ สำหรับซีสต์ไขมันก่อนที่จะทำการผ่าตัดออก ตัวอย่างเช่นแพทย์อาจจัดการการฉีดระบายน้ำซีสต์และใช้เลเซอร์เพื่อทำลายถุงเพื่อเป็นทางเลือกแทนการใช้แผลเพื่อเอาออก
ถ้าคนต้องการเอาถุงไขมันออกทั้งหมดแทนที่จะได้รับการรักษานี่หมายถึงการผ่าตัด ในกรณีเช่นนี้แพทย์อาจตัดถุงไขมันออกจากเนื้อเยื่อรอบ ๆ ในกรณีส่วนใหญ่นี่ไม่ใช่ขั้นตอนที่ซับซ้อนหรือจริงจัง บ่อยครั้งที่สามารถทำได้ในสำนักงานของแพทย์และมักจะป้องกันไม่ให้ถุงเกิดซ้ำ
ขั้นตอนที่ใช้ในการลบถุงไขมันทั้งหมดเรียกว่าการตัดตอนทั้งหมด ด้วยการตัดออกทั้งหมดแพทย์จะตัดถุงน้ำออกและใช้ไหมเย็บแผลเพื่อปิดแผล บาดแผลจากถุงบนใบหน้าของผู้ป่วยโดยทั่วไปจะใช้เวลาประมาณหนึ่งสัปดาห์เพื่อรักษาให้เพียงพอสำหรับแพทย์ที่จะลบเย็บแผล; สำหรับผู้ที่มีผลต่อส่วนอื่น ๆ ของร่างกายจะใช้เวลาประมาณสองสัปดาห์ ในกรณีส่วนใหญ่การตัดออกทั้งหมดทำได้ดีที่สุดในถุงที่ไม่อักเสบ ด้วยเหตุนี้แพทย์มักจะลองวิธีการรักษาอื่น ๆ เพื่อกำจัดการอักเสบก่อนที่จะไปข้างหน้าด้วยการตัดออกทั้งหมด
ในบางกรณีการกำจัดถุงไขมันเกี่ยวข้องกับกระบวนการที่เรียกว่าการตัดตอนน้อยที่สุดแทน ในการทำสิ่งนี้ให้สำเร็จแพทย์จะตัดถุงน้ำและระบายน้ำออก จากนั้นเขาก็แยกถุงผ่านแผลเล็ก ๆ ที่เขาใช้ในการลบเนื้อหา ด้วยการกำจัดถุงไขมันประเภทนี้แพทย์อาจไม่ใช้ไหมเย็บแผล ในหลายกรณีแพทย์อนุญาตให้แผลประเภทนี้เพื่อรักษาด้วยตัวเองแทน
การรักษาด้วยเลเซอร์อาจใช้สำหรับการกำจัดถุงไขมัน ด้วยการรักษาประเภทนี้แพทย์ใช้ลำแสงเลเซอร์ทำลายถุงน้ำ บ่อยครั้งการรักษาประเภทนี้จะช่วยลดความเสี่ยงในการเกิดแผลเป็นเช่นกัน
บางครั้งคนอาจต้องการที่จะได้รับการรักษาถุงไขมันมากกว่าลบออก ในกรณีเช่นนี้เขาอาจขอให้แพทย์ของเขาฉีดยาด้วยยาที่มีวัตถุประสงค์เพื่อลดการอักเสบ การรักษานี้มักจะใช้เฉพาะในกรณีที่ถุงไม่ติดเชื้อ บางครั้งแพทย์อาจรักษาถุงน้ำด้วยการระบายน้ำทิ้งผ่านแผลเล็ก ๆ
