การบำบัดด้วยเอนไซม์หมายถึงทั้งการรักษาทางการแพทย์และอาหารเสริมที่ใช้เป็นยาธรรมชาติและมีการประยุกต์ใช้กับเงื่อนไขทางการแพทย์ที่หลากหลาย ผลิตภัณฑ์เสริมอาหารเอนไซม์ได้รับการส่งเสริมโดยผู้ปฏิบัติงานของยาธรรมชาติเป็นวิธีการรักษาโฮสต์ของเงื่อนไขที่รวมถึงปัญหาการย่อยอาหารและการไหลเวียน แต่ยังรวมถึงโรคมะเร็ง ในการแพทย์กระแสหลักจะใช้สำหรับการรักษาเงื่อนไขเช่นการขาดเอนไซม์ตับอ่อนทางพันธุกรรม lysosomal ผิดปกติและเคมีบำบัดสำหรับโรคมะเร็งบางชนิด เอ็นไซม์เสริมเป็นที่ถกเถียงกันในวงการแพทย์โดยเฉพาะอย่างยิ่งการใช้เป็นยารักษาโรคมะเร็ง
เอนไซม์เป็นโปรตีนธรรมชาติที่ทำหน้าที่เป็นเครื่องเร่งความเร็วเพื่อเร่งกระบวนการทางชีวภาพของร่างกาย เอนไซม์ย่อยอาหารและเมแทบอลิซึมเป็นเอนไซม์ที่สำคัญที่สุดสองชนิด เอนไซม์ย่อยอาหารผลิตในตับอ่อนและทำงานเพื่อย่อยอาหารให้เป็นสารอาหารที่จำเป็นต่อการใช้งานของร่างกาย เอนไซม์ Metabolic ช่วยซ่อมแซมเซลล์ที่เสียหายในอวัยวะและเนื้อเยื่อของร่างกาย
อาหารเสริมเอนไซม์ซึ่งถ่ายในรูปแบบผงหรือเม็ดยามาจากอวัยวะสัตว์และพืชเช่นมะละกอและสับปะรด เอนไซม์ Bromelain สกัดจากสับปะรดและใช้เป็นตัวช่วยต้านการอักเสบ เอนไซม์ trypsin บางครั้งใช้ร่วมกับ bromelain สำหรับโรคข้อเข่าเสื่อม แนะนำให้ใช้ Chymotrypsin สำหรับอาการบวมที่เกิดขึ้นหลังจากการผ่าตัดหรือการบาดเจ็บและยังได้รับการส่งเสริมสำหรับการรักษาแผล ในสหรัฐอเมริกาอาหารเสริมเอนไซม์เหล่านี้ไม่ได้ถูกควบคุมและไม่มีการใช้ยาที่ปลอดภัยสำหรับการใช้งาน
สำหรับคนที่ไม่ได้ผลิตเอนไซม์เฉพาะในร่างกายหรือผลิตในปริมาณที่ไม่เพียงพอการบำบัดด้วยเอนไซม์ทางการแพทย์ที่รู้จักกันในชื่อเอนไซม์ทดแทนจะถูกใช้เพื่อแก้ไขสภาพ เป็นการรักษาที่รู้จักสำหรับเงื่อนไขเช่นโรค Anderson-Fabry และโรค Gaucher สิ่งเหล่านี้เป็นความผิดปกติของไลโซโซมซึ่งร่างกายไม่ได้เผาผลาญกรดไขมันซึ่งจะสร้างขึ้นในเนื้อเยื่ออวัยวะและกระดูกของร่างกาย ความผิดปกติเหล่านี้ได้รับการสืบทอดและร่างกายไม่สามารถสร้างเอนไซม์ที่จำเป็นในการสลายกรด การบำบัดทดแทนมีเอ็นไซม์ที่ขาดหายผ่านการฉีดเข้าเส้นเลือดดำ
ในการแพทย์กระแสหลักเอนไซม์บำบัดยังใช้สำหรับการรักษามะเร็งเฉพาะ เอนไซม์ asparaginase เช่นที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติในร่างกายใช้เป็นยาเคมีบำบัดสำหรับมะเร็งเม็ดเลือดขาวชนิดหนึ่ง เอนไซม์ตับอ่อนซึ่งสร้างขึ้นตามธรรมชาติในร่างกายใช้ในการรักษาโรคตับอ่อนและโรคทางการแพทย์ที่เกิดจากการผ่าตัดตับอ่อนออก
ข้อพิพาทในด้านการแพทย์เกี่ยวกับการรักษาด้วยเอนไซม์ธรรมชาติต้องทำในส่วนของรูปแบบของการรักษา ผู้เชี่ยวชาญด้านการแพทย์และนักวิจัยหลายคนตั้งคำถามว่าอาหารเสริมเอนไซม์ในช่องปากนั้นมีผลต่อการรักษาโรคโดยเฉพาะอย่างยิ่งมะเร็งหรือไม่ นักวิจัยได้ตั้งข้อสังเกตว่าเป็นที่น่าสงสัยอย่างมากว่าเอนไซม์ที่นำมาจากปากยังสามารถเข้าถึงเนื้องอกผ่านทางกระแสเลือด เนื่องจากเอนไซม์จะถูกย่อยสลายเป็นกรดอะมิโนแล้วดูดซึมเข้าสู่ลำไส้ก่อนที่จะไปถึงอวัยวะอื่น ๆ ในร่างกาย
