การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะนั้นใช้รักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อแบคทีเรีย บางครั้งอาจเป็นเรื่องยากที่จะบอกได้ว่าความเจ็บป่วยเกิดจากแบคทีเรียไวรัสหรือจุลินทรีย์ทำให้ยากต่อการพิจารณาว่าการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะเป็นวิธีการรักษาที่เหมาะสมหรือไม่ ความเจ็บป่วยบางอย่างที่สามารถรักษาด้วยยาปฏิชีวนะมัก ได้แก่ การติดเชื้อ strep การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะการติดเชื้อไซนัสบางรูปแบบและการติดเชื้อที่ผิวหนัง
การติดเชื้อสเตรปโทคอกคัลเป็นความเจ็บป่วยที่เกิดจากเชื้อแบคทีเรียชนิดหนึ่ง การติดเชื้อเหล่านี้สามารถปรากฏในหลายวิธีรวมถึงเป็นไข้อีดำอีแดงซึ่งปรากฏเป็นผื่นบนร่างกายพร้อมกับอุณหภูมิสูง Strep คอซึ่งโดดเด่นด้วยอาการเจ็บคออย่างมากและอาการหวัดหรือไข้หวัดใหญ่เป็นอีกประเภทหนึ่งของการติดเชื้อสเตรปโทคอกคัล การติดเชื้อสเตรปชนิดที่สองเรียกว่ากรุ๊ปบีสเตรปอาจรวมถึงโรคปอดบวมจากแบคทีเรียและการติดเชื้อในเลือดและมักพบได้เฉพาะในเด็กทารกผู้สูงอายุและผู้ที่มีระบบภูมิคุ้มกันที่ถูกบุกรุก การติดเชื้อทั้งกลุ่ม A และกลุ่ม B สามารถรักษาด้วยยาปฏิชีวนะอย่างรวดเร็ว
การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ (UTIs) เกิดจากแบคทีเรียในห้องแถว อาการรวมถึงการเจ็บปวดหรือปัสสาวะบ่อยความรู้สึกเสียวซ่าในขาหนีบและมีไข้หรือเป็นตะคริว การติดเชื้อทางเดินปัสสาวะต้องได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะเนื่องจากอาจทำให้เกิดการติดเชื้อที่รุนแรงมากขึ้นในไตหากไม่ได้ตรวจสอบ ในผู้ป่วยบางราย UTIs สามารถกลายเป็นโรคเรื้อรังที่ต้องใช้ยาปฏิชีวนะในปริมาณต่ำทุกวัน ระบอบการปกครองประเภทนี้จะต้องได้รับการดูแลอย่างระมัดระวังโดยแพทย์เนื่องจากการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะทุกวันสามารถนำไปสู่การแพ้ยาปฏิชีวนะในที่สุด
การติดเชื้อไซนัสอาจเป็นแบคทีเรียหรือไวรัสในธรรมชาติและอาจรักษาได้ยาก ในขณะที่การติดเชื้อไวรัสไซนัสมีแนวโน้มที่จะชัดเจนขึ้นภายในหนึ่งหรือสองสัปดาห์การติดเชื้อแบคทีเรียอาจอื้ออึงโดยไม่มีการปรับปรุงสำหรับสัปดาห์ เนื่องจากการติดเชื้อในไซนัสจำนวนมากเป็นไวรัสในธรรมชาติแพทย์หลายคนลังเลที่จะสั่งจ่ายยาปฏิชีวนะเว้นแต่ความเจ็บป่วยจะรุนแรงได้กินเวลานานหลายสัปดาห์หรือไม่ปรากฏว่ามีการรักษาอื่น ๆ
การติดเชื้อที่ผิวหนังมักเกิดจากการเติบโตของแบคทีเรียในชั้นเนื้อเยื่อของผิวหนัง สิ่งเหล่านี้มักมีลักษณะเป็นผื่นแดงเจ็บปวดมีเกล็ดเป็นตุ่มหนองหรือมีหนองเป็นหนอง แพทย์อาจต้องใช้ตัวอย่างเล็ก ๆ ของพื้นที่ติดเชื้อเพื่อตรวจสอบสาเหตุที่แน่นอนของการติดเชื้อ การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะสำหรับผื่นที่เกิดจากแบคทีเรียอาจรวมถึงยารักษาโรคในช่องปากหรือครีมทาเฉพาะที่แพร่กระจายในพื้นที่ที่ติดเชื้อ
