ร้านขายยาทหารเป็นร้านขายยาที่ตอบสนองความต้องการของระบบการดูแลสุขภาพทางทหารเช่น TRICARE ในกองทัพสหรัฐอเมริกา ร้านขายยาทางทหารแจกจ่ายยาให้กับสมาชิกของทหารผู้ติดตามและผู้เกษียณอายุราชการ ร้านขายยาเหล่านี้ทำงานเหมือนกับที่ร้านขายยาพลเรือนทำโดยมีความแตกต่างที่สำคัญเล็กน้อย พลเรือนที่มีการฝึกอบรมร้านขายยารวมถึงเภสัชกรที่มีคุณสมบัติครบถ้วนสามารถเสนอโบนัสการลงนามและผลประโยชน์อื่น ๆ สำหรับการเข้าร่วมกองทัพเพื่อทำงานในร้านขายยาและผู้ที่ไม่มีการฝึกอบรมที่มีความสนใจในงานร้านขายยา ทหารต้องการบุคลากรด้านเภสัชกรรม
เช่นเดียวกับร้านขายยาพลเรือนร้านขายยาทหารเก็บรักษายาที่จำเป็นในสต็อกบางครั้งเรียกว่า "ยาตำรับยา" ซึ่งยาที่ระบุไว้ในสูตรยาที่กำหนดโดยทหารจะต้องมีขายที่ร้านขายยาทั่วไป ยาเสพติดทุกครั้งที่เป็นไปได้เพื่อประหยัดค่าใช้จ่าย ยานอกสูตรอาจจะมีหรือไม่มีก็ได้ขึ้นอยู่กับร้านขายยาที่มีปัญหาและบางครั้งอาจมีการเตรียมการพิเศษเพื่อนำยาเฉพาะไปใช้กับร้านขายยาเฉพาะ
ตามกฎทั่วไปร้านขายยาทหารดำเนินงานภายใต้กรอบของระบบการดูแลสุขภาพทางทหาร ซึ่งหมายความว่าจะยอมรับเฉพาะใบสั่งยาจากแพทย์ทหารหรือแพทย์พลเรือนที่มีความสัมพันธ์ที่ยอมรับกับระบบการดูแลสุขภาพของทหาร มันอาจจะตั้งอยู่ในโรงพยาบาลทหารบนฐานหรือบนเรือและบุคลากรได้รับการฝึกฝนทั้งในโครงการขายยาทั่วไปและในโครงการเฉพาะสำหรับร้านขายยาทหาร
ที่ร้านขายยาทหารเช่นเดียวกับร้านขายยาพลเรือนใบสั่งยาจะถูกเติมเต็มโดยเร็วที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้โดยมีขั้นตอนเพื่อให้มั่นใจว่าใบสั่งยานั้นถูกต้องครบถ้วน ขั้นตอนเหล่านี้รวมถึงการตรวจสอบเพื่อยืนยันว่าไม่มีความขัดแย้งกับยาที่ผู้ป่วยรับประทานยายืนยันปริมาณที่แพทย์สั่งและรักษาสภาพความสะอาดและจัดระเบียบเพื่อให้เจ้าหน้าที่ร้านขายยาทุกคนรู้ว่าจะต้องหาที่ไหน เมื่อผู้ป่วยขอคำปรึกษาเภสัชกรสามารถให้คำแนะนำที่จำเป็นและตอบคำถามได้
ร้านขายยาทหารได้รับการออกแบบมาให้ทำงานในระดับสูงในขณะที่ให้การดูแลที่มีคุณภาพสูงมาก ยามักจะฟรีหรือให้กับการจ่ายร่วมต่ำขึ้นอยู่กับประเทศและสถานะของผู้ป่วย อย่างไรก็ตามบางครั้งข้อ จำกัด ในร้านขายยาเริ่มมีข้อ จำกัด ตัวอย่างเช่นผู้ป่วยที่ต้องการยาชื่อแบรนด์อาจไม่สามารถเข้าถึงได้ผ่านร้านขายยาทางทหารหากมียาสามัญประจำตัวอยู่เพราะสูตรเฉพาะรายการยาชื่อสามัญ
