คำว่า "ป้องกันโรค" หมายถึงการใช้มาตรการป้องกันก่อนที่จะมีความจำเป็นอย่างเคร่งครัด ยาต้านจุลชีพป้องกันโรคซึ่งเป็นเทคนิคในการแพทย์เพื่อป้องกันการติดเชื้อในบางสถานการณ์เป็นหลักถูก จำกัด ให้กับผู้ป่วยที่เข้ารับการผ่าตัดบางส่วนและผู้ที่อาจทำสัญญาโรคในวันหยุด แม้ว่ายาปฏิชีวนะมักใช้ในยาต้านจุลชีพซึ่งมีเป้าหมายเฉพาะแบคทีเรีย แต่ยาที่มุ่งเน้นไปที่จุลินทรีย์อื่น ๆ เช่นเชื้อราหรือปรสิตก็ตกอยู่ภายใต้คำจำกัดความของการป้องกันโรคด้วยยาต้านจุลชีพ
มาลาเรียเป็นโรคหนึ่งที่อาจป้องกันได้ด้วยยาต้านจุลชีพสำหรับผู้ที่เดินทางในพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบ โดยทั่วไปแล้วสิ่งนี้เกี่ยวข้องกับผู้เดินทางที่ทานยาต้านมาลาเรียในช่วงวันหยุดตามคำแนะนำของแพทย์ ผู้เดินทางไม่ทราบว่าเขาหรือเธออาจติดเชื้อปรสิตมาลาเรียหรือไม่ แต่การรับประทานยาจะป้องกันไม่ให้ยุงติดเชื้อจากการแพร่กระจายของยุง การป้องกันการติดเชื้อชนิดนี้แตกต่างจากวัคซีนเนื่องจากวัคซีนมีบางส่วนของสิ่งมีชีวิตที่ติดเชื้อเองเพื่อให้ระบบภูมิคุ้มกันสามารถรับรู้ถึงการมีอยู่และกำจัดความพยายามในการติดเชื้อ
สถานการณ์ที่การป้องกันตามธรรมชาติของบุคคลจากการติดเชื้อได้รับความเสียหายเช่นการผ่าตัดแบบเปิดเพิ่มความเสี่ยงของการติดเชื้อร้ายแรง เพื่อตอบโต้เรื่องนี้ศัลยแพทย์อาจจัดให้ผู้ป่วยใช้ยาต้านจุลชีพในการป้องกันก่อนระหว่างและหลังการผ่าตัดที่วางแผนไว้ ผู้ที่ได้รับบาดเจ็บและได้รับการรักษาเมื่อแผลสะอาดและไม่ติดเชื้ออาจได้รับยาป้องกันเพื่อป้องกันไม่ให้เชื้อติดเชื้อจากการล่าอาณานิคมของแผล
ข้อเสียที่สำคัญสำหรับการป้องกันโรคด้วยยาต้านจุลชีพในทุกสถานการณ์คือยาทุกชนิดมีความเสี่ยงต่อผลข้างเคียง แพทย์สร้างความสมดุลระหว่างความเสี่ยงต่อสุขภาพจากผลข้างเคียงกับความเสี่ยงต่อสุขภาพของการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นเมื่อประเมินว่าจำเป็นต้องใช้ยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้หากการใช้ยาต้านจุลชีพส่งผลกระทบต่อแบคทีเรียก็สามารถเปลี่ยนประชากรแบคทีเรียธรรมชาติที่มีอยู่ในระบบย่อยอาหารของผู้ป่วยซึ่งสามารถทำให้ผู้ป่วยมีความเสี่ยงของการติดเชื้ออื่น ๆ ในภายหลัง
โดยทั่วไปแล้วเฉพาะในกรณีที่ผู้ป่วยมีความเสี่ยงสูงที่จะติดเชื้ออย่างรุนแรง การผ่าตัดเช่นการผ่าตัดหัวใจแบบเปิดการใส่อวัยวะเทียมเช่นสะโพกและการผ่าตัดบนเส้นเลือดเป็นสถานการณ์ที่ยารักษาโรคสามารถช่วยได้ การบาดเจ็บเช่นสัตว์กัดต่อยหรือเห็บกัดอาจทำให้บุคคลเสี่ยงต่อการติดเชื้อรุนแรงและอาจใช้การป้องกันโรคในกรณีเหล่านี้ เนื่องจากการติดเชื้อแบคทีเรียเป็นสาเหตุที่สำคัญที่สุดของการติดเชื้อที่บาดแผลรูปแบบที่พบได้บ่อยที่สุดของการป้องกันโรคคือยาปฏิชีวนะที่สามารถฆ่าสายพันธุ์ที่หลากหลายได้
