การต่อต้านไวรัสเกิดขึ้นเมื่อไวรัสไม่สามารถถูกทำลายจากยาที่ใช้กับมันได้อีกต่อไป ความต้านทานนี้เป็นกลไกการเอาชีวิตรอดตามธรรมชาติของไวรัสซึ่งเป็นวิวัฒนาการบังคับที่เกิดจากการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติซึ่งจะถูกส่งต่อไปยังคนรุ่นหลัง การดื้อยาต้านไวรัสเป็นปัญหาต่อเนื่องทางด้านการแพทย์และแพทย์จะต้องมีทั้งความรอบคอบและความคิดสร้างสรรค์เมื่อต้องรับมือกับสายพันธุ์ที่พัฒนาขึ้น
ความต้านทานต่อยาต้านไวรัสเริ่มแรกเกิดจากการกลายพันธุ์ที่เกิดขึ้นเองซึ่งทำให้ไวรัสจำนวนหนึ่งสามารถเอาชีวิตรอดจากผลกระทบของยาเสพติด การกลายพันธุ์นี้จะถูกส่งต่อไปยังรุ่นต่อ ๆ ไป มีหลายวิธีในการกลายพันธุ์ที่ทำให้ไวรัสมีภูมิคุ้มกัน การกลายพันธุ์อาจส่งผลให้ไวรัสสร้างรูปแบบของสารยับยั้งที่อาจแก้ไขหรือหยุดใช้ยาเอง ไวรัสอาจเปลี่ยนการกำหนดค่าของเว็บไซต์ที่ยามักจะผูกไว้กับมันเพื่อทำลายทำให้ยาเสพติดไม่สามารถที่จะผูกและโจมตี
วิถีทางเมแทบอลิซึมของไวรัสอาจมีการเปลี่ยนแปลงทำให้สามารถค้นหาวิธีอื่นในการติดเชื้อในโฮสต์เพื่อให้ยาที่ออกแบบมาเป็นพิเศษนั้นไม่มีประสิทธิภาพ ในที่สุดไวรัสอาจลดลงในการซึมผ่านลดความสามารถของยาเสพติดที่จะสะสมในปริมาณที่มากพอที่จะเอาชนะมัน เนื่องจากคุณสมบัติเหล่านี้ถ่ายทอดผ่านเชื้อไวรัสหลายชั่วอายุคนผลที่ได้คือการดื้อยา สายพันธุ์ไวรัสสามารถทนทานต่อยาเดี่ยวหรือยาหลายชนิด
การดื้อยาต้านไวรัสเป็นปัญหาสำคัญเพราะทำให้แพทย์สามารถต่อสู้กับไวรัสได้ยากขึ้น ไวรัสที่รักษาได้ในไม่ช้าก็กลายเป็นไม่สามารถรักษาได้และชุมชนทางการแพทย์มีการต่อสู้ที่ยากลำบากในการพยายามรักษา ในสภาพเช่นเอชไอวีวัณโรคและไข้หวัดใหญ่ยาใหม่และยาผสมต้องมีการวิจัยและสร้างอย่างต่อเนื่องเพื่อรักษาโรคให้อยู่ในความควบคุม แม้แต่ไวรัสเช่นเชื้อ Staphylococcus ซึ่งได้รับการรักษาอย่างง่ายดายก็สามารถพัฒนาสายพันธุ์ที่ดื้อยาได้ มีความหมายที่สำคัญทั้งสำหรับผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่องและสำหรับการระบาดใหญ่ที่อาจเกิดขึ้นกับการต่อต้านไวรัส
เชื้อไวรัสสายพันธุ์ดื้อส่วนมากเกิดจากการใช้ยาปฏิชีวนะและยาต้านจุลชีพเกินขนาดเพื่อรักษาอาการเจ็บป่วยที่ผู้ป่วยสามารถต่อสู้ได้เองตามธรรมชาติ ยาเหล่านี้มักถูกนำมาใช้อย่างขาดความรับผิดชอบด้วยผู้ป่วยที่หยุดยาก่อนที่พวกเขาจะได้รับหลักสูตรเต็มรูปแบบ ส่งผลให้ไวรัสบางตัวรอดและต้านทาน การใช้ผลิตภัณฑ์ทำความสะอาดในบ้านมากเกินไปก็ถูกตำหนิเช่นกันเมื่อไวรัสทั่วไปสัมผัสกับผลิตภัณฑ์อย่างต่อเนื่อง แต่ไม่ถูกฆ่าตายตลอดเวลาทำให้สายพันธุ์สร้างความต้านทาน
การต่อต้านยาต้านไวรัสนั้นดำเนินการโดยแพทย์ที่มีความรอบคอบและประหยัดและคำแนะนำที่ดีที่ผู้ป่วยต้องใช้ยาอย่างเต็มความสามารถ ยาหลายตัวยังถูกใช้ในเวลาเดียวกันเมื่อทำการรักษาโรคติดเชื้อเช่นเอชไอวีด้วยความหวังว่าไวรัสจะไม่ดื้อต่อทุกคนแม้ว่าจะเกิดขึ้น ในที่สุดการบำบัดด้วย phage จะถูกใช้ในที่ที่แบคทีเรียถูกปล่อยสู่ผู้ป่วยเพื่อบริโภคและทำลายไวรัส
