ซึ่งแตกต่างจากแบคทีเรียซึ่งสามารถฆ่าได้ค่อนข้างง่ายด้วยยาปฏิชีวนะเช่นเพนิซิลลินไวรัสจะไม่ถูกยกเลิกอย่างง่ายดาย ในแทบทุกกรณีที่มีการติดเชื้อไวรัสอย่างรุนแรงการรักษาด้วยยาต้านไวรัสนั้นมีความตั้งใจที่จะทำลายไวรัสน้อยกว่าการชะลอการเติบโตและบังคับให้มันหยุดอยู่กับที่ การรักษาด้วยยาต้านไวรัสถือเป็นวิทยาศาสตร์ที่ซับซ้อนกว่ายาปฏิชีวนะเนื่องจากธรรมชาติของไวรัสและวิธีการทำซ้ำทำให้ยากต่อการพัฒนายาที่มีเป้าหมายไปที่เชื้อโรค แต่จะไม่ทำลายเซลล์ที่ดีต่อสุขภาพ
วัคซีนมีประสิทธิภาพในการป้องกันการติดเชื้อไวรัสตั้งแต่ศตวรรษที่ 18 อย่างไรก็ตามจนถึงทศวรรษที่ 1960 ไม่มีทางที่จะต่อสู้กับไวรัสได้เมื่อมีการติดเชื้อเกิดขึ้น ความพยายามครั้งแรกที่ประสบความสำเร็จได้ทำกับไวรัสเริม - สายพันธุ์ที่นอกเหนือไปจากแผลเย็นและเริมอวัยวะเพศยังรับผิดชอบต่อการเจ็บป่วยเช่นโรคฝีไก่และโรคงูสวัด ความก้าวหน้าในการต่อสู้กับไวรัสยังคงดำเนินต่อไปอย่างไม่หยุดยั้งจนถึงปี 1980 เมื่อความก้าวหน้าในการค้นพบรหัสพันธุกรรมของไวรัสทำให้นักวิจัยมีแผนที่ถนนที่ชัดเจนยิ่งขึ้นในการพัฒนาวิธีการรักษาด้วยยาต้านไวรัสใหม่ ๆ
ไวรัสอื่น ๆ ที่ได้รับการรักษาด้วยยาต้านไวรัส ได้แก่ ไวรัสเอชไอวี (HIV) ไวรัสตับอักเสบและไข้หวัดใหญ่ โดยเฉพาะการรักษาผู้ติดเชื้อเอชไอวีมีการลงทุนหลายพันล้านเพื่อพัฒนายาต้านไวรัสที่มีประสิทธิภาพเพื่อปราบไวรัสซึ่งในที่สุดก็นำไปสู่ภาวะที่รักษาไม่หายที่รู้จักกันในชื่อ Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS)
การรักษาด้วยยาต้านไวรัสสองชนิดที่พบมากที่สุดนั้นเกี่ยวข้องกับสารที่เรียกว่านิวคลีโอไทด์อะนาล็อกและอินเตอร์เฟอร์รอน อะนาล็อกนิวคลีโอไทด์พยายามยับยั้งความสามารถของไวรัสในการเข้าสู่เซลล์ที่มีสุขภาพดีและนำไปใช้เพื่อวัตถุประสงค์ในการจำลองแบบ พวกมันดูเหมือนว่าไวรัสจะเป็นนิวคลีโอไทด์ปกติซึ่งเป็นสารที่พวกเขาต้องการสำหรับการทำซ้ำ แต่ก่อให้เกิดการก่อวินาศกรรมอย่างมีประสิทธิภาพและทำให้ไวรัสหยุดทำซ้ำ ยาตัวแรกที่พัฒนาขึ้นเพื่อต่อสู้กับโรคเริมและ HIV เป็นไวรัสชนิดนี้
โดยเปรียบเทียบแล้วโปรตีนที่ทำงานเพื่อป้องกันการแพร่กระจายไปยังเซลล์อื่น ๆ และเสริมสร้างระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายในการต่อสู้กับไวรัส พวกเขาก็ยับยั้งการจำลองแบบของไวรัส แต่ก็เตือนเซลล์ภูมิคุ้มกันที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติเช่นแมคโครฟาจต่อการปรากฏตัวของไวรัสเป้าหมาย ผลข้างเคียงที่พบบ่อยจากการใช้ interferon คือการลดน้ำหนักและความรู้สึกทั่วไปของอาการป่วยไข้ซึ่งมีแนวโน้มที่จะ จำกัด ระดับที่สามารถใช้งานได้
แม้ว่าไวรัสจะมีความแตกต่างจากแบคทีเรียยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะทั้งคู่ก็มีความต้านทานเพิ่มขึ้นเมื่อเวลาผ่านไปเนื่องจากทั้งแบคทีเรียและไวรัสกลายพันธุ์ในช่วงหลายชั่วอายุคนเพื่อให้สามารถอยู่รอดได้ นี่เป็นสาเหตุส่วนใหญ่จากความจริงที่ว่าไวรัสส่วนใหญ่จะต้องถูกกำหนดเป้าหมายเพื่อต่อต้านไวรัสที่เฉพาะเจาะจง อาจใช้ interferons เพียงไม่กี่ชนิดกับไวรัสหลากหลายประเภท กลยุทธ์ที่เพิ่มขึ้นในด้านการรักษาด้วยยาต้านไวรัสคือการใช้นิวคลีโอไทด์และการรักษาอินเตอร์เฟอรอนเข้าด้วยกันเป็นสองเท่าในความพยายามที่จะลบล้างข้อได้เปรียบของไวรัสในการพัฒนาความต้านทานต่อการรักษาบางประเภท
