การผ่าตัดอวัยวะสืบพันธุ์มักจะหมายถึงการผ่าตัดแก้ไขข้อบกพร่องหรือการผิดรูปแบบในบริเวณอวัยวะเพศที่เกิดจากการบาดเจ็บหรือโรค การผ่าตัดประเภทนี้อาจเรียกว่าการผ่าตัดแบบผสมผสาน (intersex) ซึ่งออกแบบมาเพื่อแก้ไขข้อบกพร่องในทารกที่เกิดจากอวัยวะเพศภายนอกที่ไม่ชัดเจน การผ่าตัดแปลงเพศนั้นเป็นอีกรูปแบบหนึ่งของการผ่าตัดสร้างเสริมอวัยวะเพศที่ได้รับการแต่งตั้งจากผู้ให้บริการทางเพศหรือผู้ผ่าตัดแปลงเพศ การผ่าตัดอวัยวะสืบพันธุ์อาจถูกมองด้วยเหตุผลด้านความงามในขณะที่การผ่าตัดอื่น ๆ อาจทำให้การทำงานทางเพศปกติ
การผ่าตัดอวัยวะสืบพันธุ์ Intersex อาจทำในทารกเด็กหรือผู้ใหญ่ที่เกิดมาพร้อมกับข้อบกพร่องที่เกิด ในเพศหญิงการผ่าตัดอาจลดขนาดอวัยวะเพศหญิงสร้างช่องเปิดสำหรับประจำเดือนและลบอัณฑะออก การดำเนินการกับเด็กชายทารกอาจรักษาลูกอัณฑะที่ไม่ได้รับการคุ้มกันและเปิดเส้นทางในอวัยวะเพศเพื่อถ่ายปัสสาวะ โดยทั่วไปแล้วการทำศัลยกรรมเหล่านี้มีจุดมุ่งหมายเพื่อให้อวัยวะเพศปรากฏเป็นปกติในเด็กที่เกิดจากอวัยวะเพศที่ไม่สามารถพัฒนาเป็นเพศชายหรือเพศหญิงอย่างเคร่งครัด
การผ่าตัดเปลี่ยนอวัยวะเพศที่อวัยวะเพศอาจเปลี่ยนรูปลักษณ์ของอวัยวะเพศจากหญิงเป็นชาย การปลูกถ่ายอวัยวะเพศชายและการสร้างถุงอัณฑะจากเนื้อเยื่อที่นำมาจากที่อื่นในร่างกายเป็นสองขั้นตอนทั่วไป การปลูกถ่ายน้ำเกลือหรือเจลที่ใส่ในถุงอัณฑะใหม่มักเกิดขึ้นในการผ่าตัดอวัยวะเพศหญิง การดำเนินการเหล่านี้อาจรวมถึงการสร้างอวัยวะเพศชายจากเนื้อเยื่อที่นำมาจากปากหรือช่องคลอด ก้านหรืออุปกรณ์ปั๊มที่ได้รับการปลูกฝังอาจอนุญาตให้มีการแข็งตัวหากการผ่าตัดด้วยกล้องจุลทรรศน์เชื่อมต่อหลอดเลือดและเส้นประสาทสำเร็จ
การผ่าตัดแปลงเพศอวัยวะเพศสร้างใหม่สำหรับผู้ชายอาจรวมถึงการใช้ส่วนหนึ่งของอวัยวะเพศชายที่มีปลายประสาทเพื่อสร้างอวัยวะเพศหญิง สิ่งนี้อาจช่วยให้ผู้ที่ถูกเปลี่ยนเพศจากชายเป็นหญิงรักษาความรู้สึกและความสามารถในการถึงจุดสุดยอด การผ่าตัดอาจรวมถึงการใช้เนื้อเยื่อจากองคชาตหรือถุงอัณฑะเพื่อสร้างช่องคลอด เมื่อเนื้อเยื่อนี้ไม่เหมาะสมส่วนหนึ่งของลำไส้ใหญ่อาจถูกนำมาใช้เพื่อแฟชั่นช่องคลอด เนื้อเยื่อที่ได้รับการปลูกถ่ายอาจทำหน้าที่เป็นริมฝีปากช่องคลอดทั้งภายในและภายนอก
การผ่าตัดอวัยวะสืบพันธุ์อาจขอด้วยเหตุผลด้านความงามอย่างหมดจด ผู้ชายบางคนเกิดมาพร้อมกับการเปิดปัสสาวะที่ด้านล่างของอวัยวะเพศชายหรืออวัยวะเพศชายที่โค้ง ผู้ชายอ้วนอาจสังเกตเห็นว่าอวัยวะเพศชายของพวกเขาไม่ปรากฏเพราะพวกเขาถูกล้อมรอบไปด้วยไขมัน การผ่าตัดเพื่อแก้ไขข้อบกพร่องเหล่านี้มักดำเนินการโดยศัลยแพทย์ตกแต่ง
ผู้หญิงอาจต้องการผ่าตัดเพื่อกระชับช่องคลอดที่ยืดออกโดยการคลอดบุตร ขั้นตอนการสร้างแบบอื่นอาจลดขนาดของบริเวณหัวหน่าวซึ่งเป็นการผ่าตัดที่เรียกว่า labiaplasty เมื่อมันทำให้เกิดรอยนูนที่ไม่น่าดูผ่านเสื้อผ้า ไขมันส่วนเกินอาจถูกกำจัดออกด้วยการดูดไขมัน
