แบคทีเรียในลำไส้มีหลายประเภทที่อาศัยอยู่ในร่างกายมนุษย์โดยบางชนิดมีประโยชน์ต่อกระบวนการย่อยอาหารและบางชนิดอาจทำลายได้โดยเฉพาะเมื่อมีจำนวนมาก โปรไบโอติกเป็นแบคทีเรียในลำไส้ที่มีประโยชน์เช่นเดียวกับเชื้อ E. coli และ Streptococcus บางชนิด แบคทีเรียที่เป็นอันตราย ได้แก่ H. pylori , Salmonella และเชื้อ E. coli บางสายพันธุ์ คำถามที่เป็นรายบุคคลเกี่ยวกับแบคทีเรียในลำไส้ควรปรึกษาแพทย์หรือผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์อื่น ๆ
โปรไบโอติกเช่น แลคโตบาซิลลัส และ ไบฟิโดแบคทีเรีย เป็นแบคทีเรียในลำไส้ชนิดที่เกิดขึ้นเองตามธรรมชาติ การเจ็บป่วยหรือพฤติกรรมการบริโภคอาหารที่ไม่เหมาะสมสามารถทำลายสมดุลของแบคทีเรียที่มีสุขภาพดีและไม่ดีต่อสุขภาพในทางเดินลำไส้ ด้วยเหตุนี้การเสริมด้วยโพรไบโอติกจึงเป็นวิธีที่ได้รับความนิยมเพิ่มขึ้นเพื่อช่วยฟื้นฟูสมดุลตามธรรมชาติของแบคทีเรียในลำไส้ อาหารเสริมเหล่านี้มีอยู่ในร้านขายยาเกือบทุกแห่งและไม่จำเป็นต้องมีใบสั่งยาจากแพทย์แม้ว่าจะเป็นการดีเสมอที่จะปรึกษาแพทย์ก่อนเริ่มอาหารเสริมทุกประเภท
ซัลโมเนลล่า เป็นแบคทีเรียในลำไส้ชนิดอันตรายที่มักเข้าสู่ร่างกายเนื่องจากอาหารเป็นพิษ ปวดท้องมีไข้และท้องร่วงเป็นอาการปกติของการติด เชื้อ Salmonella ที่ เป็นพิษ ในกรณีส่วนใหญ่อาการจะหายไปเองภายในสองสามวันแม้ว่าบางครั้งการแทรกแซงทางการแพทย์อาจจำเป็น กรณีที่มี เชื้อซัลโมเนลลา อย่างรุนแรงอาจทำให้เกิดอาการเจ็บป่วยรุนแรงหรือถึงแก่ความตายดังนั้นควรรายงานอาการพิษของ เชื้อ Salmonella ต่อแพทย์เพื่อรับการประเมินทางการแพทย์ต่อไป
แบคทีเรีย E. coli บางสายพันธุ์มีประโยชน์ในการรักษาระบบย่อยอาหารที่ดีต่อสุขภาพในขณะที่สายพันธุ์อื่นอาจทำให้เกิดอาการเจ็บป่วยปานกลางถึงรุนแรง แหล่งที่มาของแบคทีเรียในลำไส้ที่เป็นอันตรายชนิดนี้ ได้แก่ เนื้อสัตว์ที่ไม่สุกและผลิตผลที่สัมผัสกับอุจจาระที่ปนเปื้อน อาการที่พบบ่อยที่สุดของพิษของ เชื้อ E. coli ได้แก่ ตะคริวลำไส้เจ็บปวดท้องเสียเลือดและมีไข้ ในหลายกรณีอาการจะหายไปภายในสองสามสัปดาห์โดยไม่มีการแทรกแซงทางการแพทย์แม้ว่าอาจเกิดภาวะแทรกซ้อนที่ร้ายแรง
Listeria เป็นแบคทีเรียในลำไส้ชนิดอันตรายที่พบในน้ำหรือดินและสามารถปนเปื้อนผลิตภัณฑ์อาหารทุกประเภท อาการของการเป็นพิษ Listeria มักเริ่มเป็นอาการคล้ายไข้หวัดใหญ่เช่นมีไข้และอ่อนเพลีย หัวใจตับและม้ามอาจขยายในภายหลังและผู้ป่วยอาจป่วยหนักมักต้องเข้าโรงพยาบาล หญิงตั้งครรภ์มีความเสี่ยงต่อการติดเชื้อแบคทีเรียชนิดนี้โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อบริโภคเนื้อสัตว์ที่ไม่สุกหรือนมที่ไม่ผ่านการแปรรูปหรือผลิตผล
