ซีสต์รังไข่ส่วนใหญ่หายไปเองและไม่จำเป็นต้องผ่าตัด คนที่ต้องถอนการผ่าตัดมักจะมีขนาดใหญ่เป็นมะเร็งเจ็บปวดอย่างมากหรือแข็ง ในระหว่างการผ่าตัดจะมีการทำแผล, ถุงจะถูกลบออกและเนื้อเยื่อจะถูกทดสอบหากสงสัยว่าเป็นมะเร็ง จะใช้ลวดเย็บกระดาษหรือเย็บแผลเพื่อปิดบริเวณนั้นและยาแก้ปวดจะถูกนำเสนอเพื่อรักษาอาการไม่สบายท้องที่มักจะมาพร้อมกับการรักษานี้ ในขณะที่การผ่าตัดถุงน้ำรังไข่มักใช้เวลาเพียงสองสามชั่วโมงโรงพยาบาลจะพักอย่างน้อยสามวันตามด้วยระยะเวลาพักฟื้นนานถึงสี่สัปดาห์
การรักษาซีสต์รังไข่ชนิดนี้มักเป็นทางเลือกสุดท้ายเนื่องจากมีความเสี่ยงที่มาพร้อมกับการผ่าตัดแม้ว่าจะยังค่อนข้างหายาก เป็นไปได้สำหรับผู้ป่วยที่มีภาวะแทรกซ้อนเช่นมีเลือดออกมากเกินไปการติดเชื้อภาวะมีบุตรยากลิ่มเลือดและความจำเป็นในการกำจัดรังไข่ซึ่งเป็นสาเหตุที่การผ่าตัดถุงน้ำรังไข่ไม่ได้เป็นการรักษาแบบแรก ก่อนที่จะมีการกำหนดเวลาการผ่าตัดแพทย์ส่วนใหญ่ทำการตรวจร่างกาย, อัลตราซาวด์, CT scan, และการทดสอบปัสสาวะและเลือดเพื่อระบุชื่อของการคัดกรองทั่วไปที่จำเป็น นอกจากนี้ทินเนอร์เลือดและยาต้านการอักเสบเช่นยาแอสไพรินควรหยุดชั่วคราวเพราะอาจทำให้เกิดผลข้างเคียงหลังการผ่าตัดถุงน้ำรังไข่
แพทย์ส่วนใหญ่ใช้ยาระงับความรู้สึกทั่วไปเพื่อป้องกันความเจ็บปวดจากการผ่าตัดและดำเนินการต่อโดยการตัดเข้าไปในช่องท้อง กล้ามเนื้อในบริเวณนั้นจะถูกแยกออกเป็นครั้งแรกและหลอดเลือดจะถูกเคลื่อนย้ายออกไปให้พ้นทางเพื่อให้แพทย์สามารถนำถุงน้ำออกได้ หากสงสัยว่าเป็นมะเร็งเนื้อเยื่อบางส่วนสามารถถูกกำจัดออกได้ในเวลานี้เพื่อให้สามารถทำการทดสอบได้ กล้ามเนื้อหน้าท้องมักจะถูกเย็บขึ้นและแผลเริ่มต้นมักจะปิดด้วยลวดเย็บกระดาษหรือเย็บแผล ในที่สุดของเหลวและยาจะได้รับทางหลอดเลือดดำโดยตรงหลังการผ่าตัดถุงน้ำรังไข่
แม้ว่าอาการปวดท้องจะหายไปภายในประมาณสิบวัน แต่ระยะเวลาพักฟื้นอาจใช้เวลานานถึงสี่สัปดาห์ ในช่วงเวลานี้แผลควรทำความสะอาดด้วยน้ำและสบู่เป็นประจำและควรขยับขาอย่างระมัดระวังตามปกติเพื่อช่วยป้องกันการอุดตันของเลือด ในกรณีส่วนใหญ่ผู้ป่วยสามารถกลับไปที่กิจวัตรปกติของพวกเขาเมื่อพวกเขารู้สึกถึงมันแม้ว่ากิจกรรมที่มีพลังควรหลีกเลี่ยงได้ถึงหกสัปดาห์ แพทย์ส่วนใหญ่แจ้งผู้ป่วยเมื่อได้รับการรักษาอย่างสมบูรณ์จากการผ่าตัดถุงน้ำรังไข่และสามารถกลับไปทำกิจกรรมตามปกติได้
