ยาปฏิชีวนะและท้องเสียมีจำนวนการเชื่อมต่อ ตัวอย่างเช่นอาการท้องร่วงเป็นผลข้างเคียงที่พบบ่อยของยาปฏิชีวนะหลายชนิด การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะอาจทำให้เกิดอาการท้องร่วงที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะซึ่งเป็นโรคที่เกิดจากการตายของแบคทีเรียในทางเดินอาหารปกติ นอกจากนี้สาเหตุการติดเชื้อต่างๆของโรคท้องร่วงสามารถรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะหลายชนิดทำให้เกิดอาการท้องเสียเป็นผลข้างเคียง ระดับ macrolide ของยาปฏิชีวนะซึ่งรวมถึงยา clarithromycin, azithromycin และ erythromycin มักทำให้ท้องเสีย ยา Tetracycline รวมถึง tetracycline, demeclocycline และ minocycline ยังสามารถทำให้เกิดอาการท้องร่วง ปัญหาระบบทางเดินอาหารตั้งแต่คลื่นไส้จนถึงท้องเสียมักจะพบกับยาปฏิชีวนะ cephalosporin รวมทั้งเซฟาเลซิน, เซฟาปีซินและเซฟริไทโซน
ท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะเป็นอีกลิงค์ระหว่างยาปฏิชีวนะและท้องร่วง นี่คือเงื่อนไขที่พัฒนาขึ้นหลังจากเริ่มการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาโรคติดเชื้อ นอกเหนือจากการฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดการติดเชื้อแล้วยาปฏิชีวนะยังฆ่าเชื้อแบคทีเรียที่ไม่เป็นอันตรายหลายสายพันธุ์ที่อาศัยอยู่ในทางเดินอาหาร เป็นผลให้ผู้ป่วยมีความไวต่อการติดเชื้อ แบคทีเรีย Clostridium difficile (C. diff) ซึ่งส่งผลให้เกิดอาการท้องร่วง โรคนี้เป็นที่รู้จักกันในชื่อท้องเสียยาปฏิชีวนะที่เกี่ยวข้องลำไส้ใหญ่ปลอม, และท้องร่วง C. diff ที่เกี่ยวข้อง
แม้ว่ามันอาจดูเหมือนต่อต้านการท้องเสียยาปฏิชีวนะที่ได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ อย่างไรก็ตามประการแรกยาปฏิชีวนะที่เริ่มก่อให้เกิดอาการท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะจะหยุดลง กรณีง่ายสามารถรักษาด้วยยาปฏิชีวนะ metonidazole กรณีที่รุนแรงมากขึ้นอาจต้องได้รับการรักษาด้วย vancomycin ซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะที่แข็งแกร่ง แพทย์บางคนยังใช้ตัวแทนโปรไบโอติกในผู้ป่วยที่มีอาการท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะในความพยายามที่จะ repopulate ระบบทางเดินอาหารของพวกเขาด้วยแบคทีเรียสายพันธุ์ที่เป็นประโยชน์
คำถามหนึ่งที่อาจเกิดขึ้นเมื่อพิจารณายาปฏิชีวนะและท้องเสียโดยเฉพาะอย่างยิ่งถ้าท้องเสียเริ่มต้นหลังจากการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะเริ่มต้นคือว่าท้องเสียเป็นผลข้างเคียงหรือท้องเสียยาปฏิชีวนะที่เกี่ยวข้อง ลำดับของเหตุการณ์มีความสำคัญในการกำหนดสาเหตุ อาการท้องเสียที่เป็นผลข้างเคียงของยามักจะเริ่มในไม่ช้าหลังจากเริ่มใช้ยาปฏิชีวนะ ในทางตรงกันข้ามโรคท้องร่วงที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะมักจะไม่เริ่มจนกว่าหนึ่งถึงสองสัปดาห์หลังจากเริ่มใช้ยาปฏิชีวนะ หากมีความสับสนใด ๆ อาการท้องเสียที่เกี่ยวข้องกับยาปฏิชีวนะสามารถยืนยันได้โดยการมองหา C. diff toxins ในอุจจาระ
การเชื่อมต่อระหว่างยาปฏิชีวนะและท้องเสียก็คือท้องร่วงอาจเกิดจากการติดเชื้อที่มีการใช้ยาในการรักษา โรคท้องร่วงของนักเดินทางมักเกิดจากเชื้อแบคทีเรีย Escherichia coli ยาปฏิชีวนะจำนวนหนึ่งทำงานได้ดีในการกำจัดการติดเชื้อและหยุดอาการท้องเสีย ท้องเสียที่เกิดจากแบคทีเรียสายพันธุ์ Yersinia enterocolitica , Listeria monocytogenes และ เชื้อ Salmonella enteriditis มักตอบสนองต่อยาปฏิชีวนะ
