การติดเชื้อไวรัสและการติดเชื้อแบคทีเรียนั้นเป็นความเจ็บปวดที่แตกต่างกันมากถึงสองแบบ ทั้งนี้เป็นเพราะอาการมักจะเหมือนกันหรือคล้ายกันมาก ไวรัสและยาปฏิชีวนะเป็นทั้งยาที่ออกแบบมาเพื่อป้องกันการเจ็บป่วยโดยการโจมตีสิ่งที่ทำให้เกิดการติดเชื้อ การติดเชื้อแบคทีเรียและการติดเชื้อไวรัสสามารถเป็นได้ทั้งอ่อนหรือเป็นอันตรายถึงชีวิตขึ้นอยู่กับชนิด
ทั้งยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะได้รับการออกแบบมาเพื่อช่วยให้ผู้ป่วยจากการเจ็บป่วยหรือโรค พวกมันทำงานในลักษณะที่คล้ายกันโดยกำหนดเป้าหมายเซลล์ที่ก่อให้เกิดความเจ็บป่วย มีการโต้เถียงกันเกี่ยวกับการใช้ยาเกินขนาดเนื่องจากการแนะนำสิ่งเหล่านี้ในระบบภูมิคุ้มกันที่แข็งแรงหรือไม่แข็งแรงอาจก่อให้เกิดผลข้างเคียงที่เป็นอันตราย นอกจากนี้การใช้ยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะมากเกินไปก็สามารถสร้างสิ่งมีชีวิตที่เป็นอันตรายและต้านทานได้ดีกว่า
แบคทีเรียเป็นจุลินทรีย์เซลล์เดียวที่แพร่หลายไปทุกหนทุกแห่งและเจริญเติบโตภายใต้เงื่อนไขทุกประเภท แบคทีเรียหลายล้านตัวสามารถปรากฏตัวได้ตลอดเวลาทั้งร่างกายทั้งภายในและภายนอกและส่วนใหญ่ไม่เป็นอันตราย ยาปฏิชีวนะถูกนำมาใช้ในปี 1940 และช่วยชีวิตผู้คนนับล้าน ในกรณีส่วนใหญ่ยาแก้อักเสบทำงานเพื่อกำจัดแบคทีเรียที่กระทำผิดแทนที่จะยับยั้งการเติบโต การติดเชื้อแบคทีเรียที่พบบ่อย ได้แก่ คอ strep, โรคทางเดินหายใจและการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะ รูปแบบที่หายากของการติดเชื้อแบคทีเรียอาจถึงตายได้และรวมถึงเยื่อหุ้มสมองอักเสบจากเชื้อแบคทีเรียและโรคโบทูลิซึม
ไวรัสเป็นจุลินทรีย์ที่จำเป็นต้องมีโฮสต์เพื่อความอยู่รอด พวกเขาอยู่เฉยๆนอกโฮสต์และดังนั้นจึงต้องให้ยาต้านไวรัสหลังจากมีคนติดเชื้อหรือฉีดเข้าไปในระบบที่มีสุขภาพดีเพื่อสร้างภูมิคุ้มกันตอบสนอง ไวรัสไม่ทำซ้ำ แต่จะเข้าแทนที่เซลล์โฮสต์แล้วสั่งให้สร้างเซลล์นั้นซ้ำ การติดเชื้อไวรัสหลายชนิดสามารถรักษาด้วยยาต้านไวรัสซึ่งออกแบบมาเพื่อชะลอการเจริญเติบโตของไวรัสที่ทำให้เกิดโรค ไวรัสที่พบบ่อย ได้แก่ ไวรัสไข้หวัดใหญ่และไวรัสเย็น ไวรัสรูปแบบที่หายากอาจถึงแก่ชีวิตได้เช่นเดียวกับการติดเชื้อแบคทีเรียที่หายากและรวมถึงโรคไข้สมองอักเสบและ HIV
ยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะมักจะสามารถใช้ในเวลาเดียวกันถ้าแพทย์เห็นว่าจำเป็น ส่วนใหญ่จะใช้กับผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงสูงเช่นหญิงตั้งครรภ์และผู้สูงอายุ ผลข้างเคียงที่พบบ่อยของยาต้านไวรัสและยาปฏิชีวนะ ได้แก่ ปวดท้องและท้องเสียอย่างไรก็ตามในกรณีส่วนใหญ่ผลประโยชน์เกินความเสี่ยง
