ยาฆ่าเชื้อโรคและยาปฏิชีวนะมักจะเชื่อกันว่าเหมือนกันเนื่องจากคุณสมบัติทั่วไปของพวกเขา แต่มีความแตกต่างที่สำคัญบางอย่างที่แยกความแตกต่างทั้งสอง โดยทั่วไปน้ำยาฆ่าเชื้อจะอ่อนตัวลงและชะลอการเจริญเติบโตของแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่น ๆ ซึ่งจะช่วยป้องกันไม่ให้แบคทีเรียก่อให้เกิดการติดเชื้อเพิ่มเติม อย่างไรก็ตามยาปฏิชีวนะจริง ๆ ฆ่าแบคทีเรียรวมทั้งเชื้อราและปรสิตบางชนิด แบคทีเรียอาจจะดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลังจากใช้ไปนาน ยาฆ่าเชื้อบางตัวอาจขัดขวางกระบวนการรักษาและทำให้อาการของแผลแย่ลง
หนึ่งในความแตกต่างหลักระหว่างน้ำยาฆ่าเชื้อและยาปฏิชีวนะคือวิธีที่พวกเขาทำงานกับแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่น ๆ น้ำยาฆ่าเชื้อเพียงชะลอการเติบโตของแบคทีเรียแทนที่จะฆ่ามันจริง ซึ่งแตกต่างจากยาปฏิชีวนะอย่างไรก็ตามน้ำยาฆ่าเชื้อยังมีประสิทธิภาพในจุลินทรีย์อื่น ๆ ซึ่งอาจเป็นประโยชน์ในการต่อสู้กับการติดเชื้ออื่น ๆ ยาปฏิชีวนะจะฆ่าแบคทีเรีย แต่เชื่อว่าไม่ได้ผลต่อการติดเชื้อชนิดอื่น ๆ เชื่อว่ายาปฏิชีวนะอาจต่อสู้กับปรสิตและเชื้อราบางอย่างในร่างกาย แต่โดยปกติแล้วพวกเขาต้องการใบสั่งยาเนื่องจากถือว่าแข็งแรง
ความแตกต่างที่สำคัญระหว่างน้ำยาฆ่าเชื้อและยาปฏิชีวนะคือแบคทีเรียมีแนวโน้มที่จะพัฒนาภูมิคุ้มกันต่อยาปฏิชีวนะบางชนิดหลังจากการใช้อย่างต่อเนื่องหรือหากการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะยังไม่เสร็จสมบูรณ์ ไม่ได้รับการยืนยันว่าแบคทีเรียมีปฏิกิริยาแบบเดียวกันกับการใช้น้ำยาฆ่าเชื้อที่เพิ่มขึ้น เพื่อป้องกันการสร้างภูมิคุ้มกันต่อยาปฏิชีวนะผู้เชี่ยวชาญด้านการดูแลสุขภาพอาจแนะนำให้ใช้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะอย่างสมบูรณ์เพื่อให้แน่ใจว่าแบคทีเรียทั้งหมดถูกฆ่าตายหรือใช้ยาปฏิชีวนะที่แตกต่างกันสำหรับการเจ็บป่วยบางอย่าง
ยาฆ่าเชื้อบางชนิดอาจยับยั้งการรักษาและระคายเคืองผิวและมักจะต้องใช้วิธีการเฉพาะ ตัวอย่างเช่นไฮโดรเจนเปอร์ออกไซด์อาจต้องการพื้นที่แห้งสนิทก่อนที่จะใช้ผ้าพันแผลในขณะที่ฟีนอลอาจทำให้เกิดความเสียหายต่อผิวหนังได้หากใช้ผ้าพันแผล ไม่มีผลข้างเคียงที่คล้ายคลึงกันของยาปฏิชีวนะ ดังนั้นหากมีตัวเลือกให้เลือกระหว่างน้ำยาฆ่าเชื้อและยาปฏิชีวนะในการรักษาแผลที่ผิวหนังก็มักจะแนะนำให้ใช้ครีมยาปฏิชีวนะ
เนื่องจากหน้าที่ที่ จำกัด ของน้ำยาฆ่าเชื้อพวกเขามักจะใช้ topically เพื่อป้องกันแบคทีเรียและจุลินทรีย์อื่น ๆ เพิ่มเติมจากการเข้าสู่แผลเปิด แต่มีน้ำยาฆ่าเชื้อในช่องปากบางอย่างอยู่ มีบางกรณีที่พบน้อยซึ่งยาฆ่าเชื้อและยาปฏิชีวนะอาจเป็นตัวเลือกสำหรับการรักษาการติดเชื้อเดียวกันเช่นการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะบางอย่าง ในกรณีนี้ความรุนแรงและประเภทของการติดเชื้อทางเดินปัสสาวะอาจกำหนดวิธีการรักษาที่แน่นอน ยาปฏิชีวนะเป็นหลักนำมารับประทานมักจะอยู่ในรูปแบบของยาเพนนิซิลลินเพื่อฆ่าเชื้อติดเชื้อภายในร่างกาย มียาปฏิชีวนะเพียงไม่กี่ตัวที่อาจใช้เป็นยาทาและยาปฏิชีวนะก็มักจะต้องมีใบสั่งยา
