มีความแตกต่างจำนวนมากระหว่างยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์และยาที่ขายตามร้านขายยาเนื่องจากผู้ใดก็ตามที่เคยไปห้องฉุกเฉินหรือแพทย์ประจำครอบครัวเพื่อรับการรักษาสามารถยืนยันได้ ยาที่ไม่ต้องสั่งโดยแพทย์ส่วนใหญ่มีจุดประสงค์เพื่อการเจ็บป่วยเล็กน้อยเช่นอาหารไม่ย่อยปวดหัวหรือไอขณะที่ยาตามใบสั่งแพทย์สามารถใช้รักษาอาการเจ็บป่วยที่สำคัญเช่นโรคเบาหวานโรคมะเร็งหรือโรคหัวใจเป็นต้น ยาที่ไม่ต้องสั่งโดยแพทย์มักจะไม่ได้รับการกำหนดให้มีความแข็งแกร่งเท่ากับยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์แม้ว่าจะไม่ได้สะท้อนให้เห็นถึงประสิทธิภาพก็ตาม
ความแตกต่างอย่างหนึ่งระหว่างยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์และยาที่ขายตามเคาน์เตอร์คือการเข้าถึง ผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์ที่มีคุณสมบัติและมีใบอนุญาตเท่านั้นที่สามารถสั่งซื้อยาตามใบสั่งแพทย์สำหรับผู้ป่วยของพวกเขาและเภสัชกรที่มีคุณสมบัติเท่านั้นที่สามารถสั่งซื้อได้ อย่างไรก็ตามยาที่ไม่ต้องสั่งโดยแพทย์ไม่จำเป็นต้องมีใบสั่งยาจากแพทย์และสามารถหาซื้อได้ตามร้านอื่นที่ไม่ใช่ร้านขายยา ยาตามใบสั่งแพทย์มีไว้สำหรับผู้ป่วยที่เฉพาะเจาะจงและไม่สามารถแบ่งปันกับผู้อื่นตามกฎหมาย ยาที่ไม่ต้องมีใบสั่งแพทย์สามารถใช้กับเพื่อนร่วมงานหรือสมาชิกในครอบครัวที่ทุกข์ทรมานจากโรคเดียวกันตราบใดที่ปฏิบัติตามคำแนะนำในการใช้ยาที่เหมาะสม
ความแตกต่างระหว่างยาตามใบสั่งแพทย์และยาที่ขายตามเคาน์เตอร์ก็คือสูตรยา ยาที่ต้องสั่งโดยทั่วไปจะมีสูตรเพื่อความแข็งแรงในการรักษาเพื่อให้แพทย์สามารถให้การรักษาที่ก้าวร้าวได้ การใช้ยาที่ไม่ได้รับอนุญาตอาจสิ้นสุดลงในโศกนาฏกรรมเนื่องจากมีจำนวนยาที่ต้องพิจารณาก่อนที่ผู้ป่วยจะได้รับยา ในทางกลับกันยาทั่วไปมักใช้สูตรเพื่อความแข็งแรงที่ถือว่า "ปลอดภัยและมีประสิทธิภาพ" โดยสำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา (FDA) หากปฏิบัติตามคำแนะนำในการใช้ยาอย่างถูกต้องสามารถใช้ยาที่ขายตามร้านขายยาหลายรายการพร้อมกันได้โดยไม่ต้องกลัวว่าจะมีปฏิกิริยาหรืออันตรายเกินขนาด
ค่าใช้จ่ายเป็นความแตกต่างระหว่างยาตามใบสั่งแพทย์และยาที่ขายตามเคาน์เตอร์ สูตรยาตามใบสั่งแพทย์เกือบทั้งหมดได้รับการคุ้มครองตามกฎหมายสิทธิบัตรเป็นเวลาหลายปีซึ่งหมายความว่า บริษัท ยาที่รับผิดชอบในการสร้างยาตามใบสั่งแพทย์สามารถกำหนดราคายาพิเศษของพวกเขาได้ ผู้ผลิตยาเพียงรายเดียวเท่านั้นที่สามารถใช้ยาช่วยการนอนหลับที่เรียกว่าAmbien®ได้เช่นกันแม้ว่ายาที่ต้องสั่งโดยแพทย์อื่นอาจบรรลุเป้าหมายที่คล้ายกัน สูตรยาที่ขายตามเคาน์เตอร์ส่วนใหญ่จะไม่เป็นความลับอีกต่อไปดังนั้นหลาย บริษัท สามารถผลิตยาแอสไพรินหรือน้ำเชื่อมแก้ไอและแข่งขันแบบเคียงข้างกันบนชั้นวางของร้านค้า
ยาที่ต้องสั่งโดยแพทย์จะได้รับการคุ้มครองภายใต้แผนประกันจำนวนมากซึ่งหมายความว่าผู้ป่วยจ่ายเพียงเล็กน้อยที่หักได้เพื่อประโยชน์ของยาตามใบสั่งแพทย์ที่มีราคาแพง ยาที่ขายตามเคาน์เตอร์มักไม่ค่อยมีประกันซึ่งหมายความว่าผู้บริโภคจะต้องจ่ายตามราคาตลาดทั้งหมดสำหรับยาเหล่านั้น ยาบางชนิดที่ขายตามเคาน์เตอร์โดยเฉพาะอย่างยิ่งยาที่เคยมีให้ตามใบสั่งแพทย์เท่านั้นอาจมีราคาปานกลางถึงแม้ว่ายาที่ขายตามเคาน์เตอร์สำหรับโรคทั่วไปมักจะมีราคาไม่แพง ในขณะที่ยาตามใบสั่งแพทย์อาจมีหรือไม่มียาสามัญราคาแพงกว่า แต่ยาที่ขายตามเคาน์เตอร์ที่ผลิตโดย บริษัท ที่มีชื่อเสียงเช่นไบเออร์อาจต้องแข่งขันกับแบรนด์ร้านค้าราคาถูกกว่าหรือยาที่คล้ายคลึงกันที่ผลิตโดย บริษัท ที่มีชื่อเสียงน้อยกว่า
