ขั้นตอนการปลูกถ่ายไขกระดูกที่พบมากที่สุดคือการปลูกถ่ายไขกระดูก autologous ด้วยการปลูกถ่ายแบบนี้ผู้ป่วยจะทำหน้าที่เป็นผู้บริจาคไขกระดูกของตนเอง การปลูกถ่ายแบบ autologous สามารถทำได้โดยใช้เซลล์ต้นกำเนิดจากเลือดของผู้ป่วย ตัวเลือกนี้รู้จักกันในนามการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดจากเลือดหรือการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดจากร่างกายโดยอัตโนมัติ ข้อตกลงการปลูกถ่ายไขกระดูกและการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดมักจะใช้แทนกันได้
ด้วยขั้นตอนการปลูกถ่ายไขกระดูก autologous, ไขกระดูกของผู้ป่วยจะต้องได้รับการเก็บเกี่ยว เมื่อไขกระดูกอยู่ที่ใจกลางของกระดูกผู้ป่วยจะถูกระงับด้วยการดมยาสลบหรือแบบทั่วไป ในระหว่างการผ่าตัดแพทย์จะสอดเข็มเข้าไปในกระดูกเชิงกรานหรือกระดูกหน้าอกเพื่อสกัดไขกระดูก ไขกระดูกที่เก็บเกี่ยวจะถูกประมวลผลเพื่อเอาเลือดหรือเศษกระดูกออก
ซึ่งแตกต่างจากกระบวนการปลูกถ่ายไขกระดูก autologous การปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิด autologous ไม่เกี่ยวข้องกับการผ่าตัด เซลล์ต้นกำเนิดจะถูกเก็บเกี่ยวจากกระแสเลือดผ่านกระบวนการที่เรียกว่า apheresis หรือที่เรียกว่า leukapheresis เพื่อเตรียมความพร้อมสำหรับการ apheresis ผู้ป่วยจะได้รับยาสี่ถึงห้าวันของยาที่เรียกว่า granulocyte-colony stimulating factor (G-CSF) ซึ่งกระตุ้นไขกระดูกให้ปล่อยเซลล์ต้นกำเนิดเข้าสู่กระแสเลือดมากขึ้น จากนั้นเลือดของผู้ป่วยจะถูกนำออกทางหลอดเลือดดำขนาดใหญ่ที่แขนหรือผ่านสายสวนส่วนกลางที่มีลักษณะเป็นท่อที่สอดเข้าไปในเส้นเลือดที่คอหน้าอกหรือขาหนีบ เลือดของผู้ป่วยจะถูกประมวลผลต่อไปผ่านเครื่องที่กรองสเต็มเซลล์และส่งคืนเลือดให้ผู้ป่วย
ทั้งไขกระดูกที่เก็บเกี่ยวและเซลล์ต้นกำเนิดเลือดสามารถรักษาและแช่แข็งโดยใช้เทคนิคที่เรียกว่าการเก็บรักษาด้วยการแช่แข็ง จากนั้นผู้ป่วยจะได้รับการเตรียมการหรือปรับอากาศซึ่งประกอบด้วยเคมีบำบัดและรังสีน้อยกว่า วัตถุประสงค์ของการเตรียมการปลูกถ่ายคือการกำจัดเซลล์ที่เป็นโรคออกจากร่างกายของผู้ป่วย ในระหว่างกระบวนการนี้เซลล์อื่น ๆ ก็จะถูกกำจัดด้วยหวังว่าจะช่วยให้ไขกระดูกที่ปลูกถ่ายหรือสเต็มเซลล์สามารถสร้างระบบภูมิคุ้มกันที่ดีขึ้นซึ่งจะช่วยรักษาโรคของผู้ป่วยได้อย่างมีประสิทธิภาพ
ในระหว่างขั้นตอนการปลูกถ่ายไขกระดูก autologous จริงเช่นเดียวกับในการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิด autologous เซลล์ที่เก็บเกี่ยวและประมวลผลจะถูกปลูกถ่ายกลับเข้าไปในผู้ป่วยผ่านสายสวนหลอดเลือดดำส่วนกลาง เซลล์จะเดินทางผ่านกระแสเลือดและเข้าไปในช่องว่างภายในกระดูกที่พวกเขาสร้างไขกระดูกใหม่ เนื่องจากไม่มีความเสี่ยงที่ร่างกายจะปฏิเสธเซลล์ของตัวเองการปลูกถ่ายแบบ autologous จึงปลอดภัยกว่าและพบได้บ่อยกว่าการปลูกถ่ายไขกระดูกแบบ allogeneic ซึ่งใช้ไขกระดูกหรือสเต็มเซลล์จากผู้บริจาค ไขกระดูก Autologous หรือการปลูกถ่ายเซลล์ต้นกำเนิดสามารถกำหนดเพื่อรักษาหนึ่งในความหลากหลายของโรคใด ๆ รวมทั้งซิวิงของวิงวิงมะเร็งต่อมน้ำเหลืองและเนื้องอกในสมองบางอย่าง
