น้ำย่อยที่ย่อยได้ทางเคมีจะแบ่งอาหารออกเป็นส่วนประกอบที่สามารถใช้ในการเผาผลาญของร่างกาย ปฏิกิริยาทางเคมีที่แน่นอนที่เกิดขึ้นนั้นส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับน้ำผลไม้เฉพาะ สิ่งกระตุ้นจากอาหารเช่นการมองเห็นกลิ่นและรสชาติทำให้การผลิตน้ำย่อยเพิ่มขึ้น เมื่ออาหารถูกแปรรูปในระบบทางเดินอาหารการผลิตน้ำผลไม้จะเพิ่มมากขึ้นจากอวัยวะที่อยู่ใกล้เคียงและรวมเข้ากับอาหาร น้ำผลไม้จะแยกส่วนประกอบต่าง ๆ ของอาหารเช่นน้ำตาลและโปรตีนออกจากกันและเตรียมการดูดซึมเข้าสู่ระบบ
น้ำลายเป็นน้ำผลไม้ย่อยอาหารตัวแรกที่ทำหน้าที่เกี่ยวกับอาหาร อะไมเลส - เรียกอีกอย่างว่า "ptyalin" - เป็นเอนไซม์ที่พบในน้ำลายเริ่มย่อยโดยการเร่งการสลายตัวของแป้งให้กลายเป็นน้ำตาลที่ง่ายขึ้น ในฐานะที่เป็นเคี้ยวรายบุคคลน้ำลายจะถูกผสมเข้ากับอาหารอย่างทั่วถึงโดยทำหน้าที่อยู่กับแป้งและหล่อลื่นอาหารเพื่อเตรียมสำหรับกระบวนการย่อยอาหารอื่น ๆ
จากนั้นอาหารจะถูกกลืนเข้าไปในกระเพาะอาหารซึ่งมีน้ำย่อย นี่เป็นหนึ่งในน้ำย่อยที่ระเหยง่ายที่สุดโดยกรดไฮโดรคลอริกเป็นองค์ประกอบหลักอย่างหนึ่ง กรดที่ทรงพลังทำหน้าที่ละลายอาหารในขณะที่เอนไซม์เป๊ปซินและเรนนินจะย่อยโปรตีนออกเป็นกรดอะมิโนที่ง่ายกว่า โพแทสเซียมคลอไรด์และโซเดียมคลอไรด์ที่มีอยู่ในน้ำผลไม้ช่วยทำให้กรดเป็นกลางช่วยให้การถ่ายโอนอาหารจากกระเพาะอาหารเข้าสู่ลำไส้เล็กหรือลำไส้เล็กส่วนต้นได้อย่างปลอดภัย
ลำไส้เล็กส่วนต้นมีน้ำย่อยสองชนิด ได้แก่ น้ำตับอ่อนและน้ำดี เอนไซม์หลายตัวทำหน้าที่อาหารในน้ำตับอ่อน; คืออะไมเลสเอนไซม์ไลเปสและทริปซิน อะไมเลสในน้ำผลไม้ตับอ่อนเช่นเดียวกับในน้ำลายจะกระตุ้นการสลายน้ำตาลที่ซับซ้อนให้กลายเป็นน้ำตาลที่ง่ายขึ้น ในทางกลับกันไลเปสช่วยเร่งการสลายไขมันในกระบวนการไฮโดรไลซิส ในทำนองเดียวกันทริปซินเร่งการสลายตัวของพันธะเคมีในเปปไทด์เพื่อปล่อยกรดอะมิโนที่ง่ายขึ้น
Bile น้ำที่สองของน้ำย่อยในลำไส้เล็กส่วนต้นนั้นประกอบด้วยน้ำเป็นหลัก ประมาณ 10 เปอร์เซ็นต์ของน้ำดีนั้นมีเกลือน้ำดีซึ่งทำหน้าที่สกัดอีมัลซิฟายด์ของไขมันจากอาหารที่ผ่านการย่อยบางส่วนไปเป็นไมโครเซลล์ ไขมันไตรกลีเซอไรด์และฟอสโฟลิปิดเหล่านี้รวมตัวกันเป็นโครงสร้างที่เรียกว่าไมเซลล์ พื้นที่ผิวเพิ่มขึ้นที่สร้างขึ้นโดยอิมัลซิไฟเออร์ช่วยให้ไลเปสในน้ำผลไม้ตับอ่อนทำหน้าที่สลายไขมันไตรกลีเซอไรด์ลงสู่กรดไขมันที่ง่ายกว่า สารเหล่านี้จะถูกดูดซึมผ่าน villi ในลำไส้เพื่อใช้สำหรับกระบวนการเผาผลาญอาหารที่แตกต่างกันของร่างกาย
