อุปสรรคทางเคมีที่เกี่ยวข้องกับภูมิคุ้มกันวิทยาของมนุษย์คือกรดไขมันโปรตีนสารคัดหลั่งของร่างกายและสารอื่น ๆ ที่มีคุณสมบัติตามธรรมชาติที่ช่วยปกป้องร่างกายจากโรคหรือการติดเชื้อ สารดังกล่าวอาจมีคุณสมบัติต้านจุลชีพ pH ต่ำหรือทำหน้าที่ในการสลายหรือทำให้เซลล์แบคทีเรียไม่มั่นคง อุปสรรคเหล่านี้ส่วนใหญ่ไม่ได้ออกแบบมาเพื่อป้องกันระบบภูมิคุ้มกันหลัก แต่มีคุณสมบัติเช่นหน้าที่รอง มีเพียงไม่กี่คนเท่านั้นที่เป็นกลไกป้องกันสำหรับระบบภูมิคุ้มกัน
ร่างกายมนุษย์มีระบบมากมายสำหรับการป้องกันภัยคุกคามหรือการติดเชื้อที่อาจเกิดขึ้นรวมถึงภูมิคุ้มกันที่มีมา แต่กำเนิดหรือปรับตัวกลไกที่ใช้งานหรือไม่โต้ตอบและอุปสรรคทางกายวิภาคร่างกายมนุษย์หรือเซลล์ ในแง่ของการแบ่งประเภทของสารเคมีอุปสรรคกลไกดังกล่าวมีมา แต่กำเนิดแฝงและอยู่ภายใต้ส่วนหัวของอุปสรรคทางกายวิภาค
ในฐานะที่เป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกันโดยธรรมชาติอุปสรรคดังกล่าวจะเกิดขึ้นในตัว กล่าวอีกนัยหนึ่งร่างกายไม่จำเป็นต้องปรับระบบภูมิคุ้มกันเพื่อต่อสู้กับการติดเชื้อโดยใช้สิ่งกีดขวางเหล่านี้เพราะมันมีอยู่ก่อนวันแรกของชีวิต การจำแนกประเภทของสารเคมีที่เป็นอุปสรรคแสดงให้เห็นว่าการช่วยเหลือระบบภูมิคุ้มกันเป็นหน้าที่รอง ในฐานะที่เป็นอุปสรรคทางกายวิภาคพวกเขาอยู่นอกเนื้อเยื่อของร่างกายมากกว่าในระดับเซลล์
โปรตีนกรดสารคัดหลั่งและเอ็นไซม์ที่ทำขึ้นจากสารเคมีกีดขวางทางเคมีนั้นถูกผลิตขึ้นเพื่อทำงานหลักที่เฉพาะเจาะจงซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของการทำงานของร่างกายปกติหรือโดยไม่สมัครใจ ตัวอย่างเช่นร่างกายผลิตเหงื่อเป็นส่วนหนึ่งของระบบทำความเย็นตามธรรมชาติ เหงื่อก็เป็นเกราะป้องกันอย่างไม่หยุดยั้งสำหรับระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์เพราะค่าความเป็นกรดด่างต่ำจะยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย
การป้องกันอื่น ๆ รวมถึงน้ำลายน้ำตาและสารคัดหลั่งทางจมูก สารเหล่านี้มีทั้งไลโซไซม์และฟอสโฟไลเปสเป็นสารที่ทำลายผนังด้านนอกและเยื่อหุ้มเซลล์ของเซลล์แบคทีเรียตามธรรมชาติ จุดประสงค์หลักของน้ำลายคือเพื่อช่วยในการย่อยอาหารที่หลั่งน้ำตาและจมูกช่วยล้างสารแปลกปลอมและทำให้เยื่อหุ้มร่างกายชุ่มชื้น ความจริงที่ว่าสารเคมีเหล่านี้ยังมีผลกระทบเชิงลบต่อแบคทีเรียที่คุกคามคือผลข้างเคียงมากกว่าหน้าที่หลัก
อุปสรรคทางเคมีภายในยังช่วยป้องกันการติดเชื้อหากแบคทีเรียหรือภัยคุกคามอื่น ๆ เข้าสู่ระบบหรืออวัยวะภายใน โปรตีนในปอดและทางเดินอาหารเรียกว่า defensins มีคุณสมบัติต้านจุลชีพที่ฆ่าแบคทีเรียบางชนิด สารเคมีในทางเดินอาหารอื่น ๆ แข่งขันกับเซลล์ที่ติดเชื้อเพื่อรับสารอาหารหรือยึดติดกับผนังเซลล์ทำให้อดอาหารออกมาเป็นอันตรายหรือคุกคามเซลล์ เช่นเดียวกับกรดไขมันในเหงื่อสารเคมีในทางเดินอาหารก็มีค่าพีเอชต่ำซึ่งช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่เป็นอันตรายภายในร่างกาย
