ไฮโปทาลามัสมีสามส่วนคือส่วนหน้าส่วนหัวและส่วนหลัง แต่ละส่วนมีบทบาทของตัวเองในหน้าที่โดยรวมและความรับผิดชอบของระบบต่อมไร้ท่อ ความรับผิดชอบทั่วไปรวมถึงการเข้าร่วมระบบต่อมไร้ท่อและระบบประสาท สิ่งสำคัญที่สุดคือส่วนเล็ก ๆ ของสมองจะรักษาสภาวะสมดุลของร่างกาย (homeostasis) ซึ่งจะรักษาสภาพที่เหมาะสมที่ร่างกายต้องการเพื่อให้ทำงานได้อย่างเหมาะสม
แม้ว่ามลรัฐจะเป็นอวัยวะเล็ก ๆ ในสมอง แต่ก็มีงานใหญ่ที่ต้องทำ มันมีรูปร่างเหมือนกรวยและตั้งอยู่เหนือก้านสมองใต้ฐานดอก ส่วนนี้เหยียดลงไปเรื่อย ๆ จนกระทั่งพบกับก้าน infundibular ซึ่งเป็นท่อที่ต่อกับต่อมใต้สมอง โดยทั่วไปอวัยวะนี้มีฟังก์ชั่นหลายอย่างที่แบ่งออกเป็นสามส่วนแต่ละส่วน
เนื่องจากมลรัฐเชื่อมต่อกับหลายพื้นที่ของระบบประสาทส่วนกลางและแขนขาที่อ่อนแอมันต้องปรับตามสัญญาณต่าง ๆ ทั้งภายในและภายนอก การกระตุ้นการดมกลิ่นมักจะส่งผลต่อฮอร์โมนต่อมไร้ท่อ Glucorticoids และเตียรอยด์มีอิทธิพลต่อการตอบสนองเช่นความอยากอาหารหรือกระหาย การเปิดรับแสงเป็นสัญญาณที่ชัดเจน มันช่วยควบคุมการนอนและตื่น
บริเวณด้านหน้าของมลรัฐตั้งอยู่ด้านหน้าและรับผิดชอบหน้าที่หลายอย่าง มันเป็นส่วนสำคัญของการควบคุมอุณหภูมิซึ่งเป็นกฎระเบียบของอุณหภูมิของร่างกาย Thermoregulation ถูกควบคุมผ่านเหงื่อและหอบ รอบการนอนหลับและ circadian ถูกควบคุมโดยภาคหน้า
ตรงกลางของมลรัฐจะพบบริเวณที่เป็นท่อ ส่วนนี้รับผิดชอบความกระหายและความหิวโหย ภูมิภาค tuberal ยังควบคุมความดันโลหิตและอัตราการเต้นของหัวใจ ฮอร์โมนที่ควบคุมการเจริญเติบโตและการผลิตโดปามีนถูกควบคุมโดยภูมิภาคนี้เช่นกัน
ที่ด้านหลังของมลรัฐคือพื้นที่ด้านหลัง การเพิ่มขึ้นของความดันโลหิตการสั่นและการขยายตัวของนักเรียนจะถูกควบคุมโดยพื้นที่นี้ ฟังก์ชั่นหน่วยความจำยังได้รับอิทธิพลจากภูมิภาคนี้
ในภาพรวมมลรัฐควบคุมการทำงานของร่างกายที่สำคัญหลายอย่าง Neurohormones ถูกควบคุมและปล่อยโดยอวัยวะเล็ก ๆ นี้ในสมอง ผ่านฮอร์โมนเหล่านี้กิจกรรมต่อมใต้สมองจะถูกควบคุมเช่นเดียวกับกระบวนการเผาผลาญของระบบประสาทอัตโนมัติทั้งหมด
นอกจากฮอร์โมนและการควบคุมด้านการเผาผลาญแล้วมลรัฐยังควบคุมและปล่อยฮอร์โมนที่มีผลต่อระบบต่อมไร้ท่อด้วย ฮอร์โมนต่อมไร้ท่อจะถูกส่งไปยังต่อมใต้สมองและมีบทบาทในพฤติกรรมบางอย่างที่อยู่บนพื้นฐานของอารมณ์เช่นความโกรธความวิตกกังวลหรือความกลัวและกิจกรรมทางเพศ
