แบคทีเรียในระบบย่อยอาหารในล้านล้านและแบคทีเรียเหล่านี้ส่วนใหญ่เรียกว่าเป็นมิตร ผู้เชี่ยวชาญบางคนบอกว่าแบคทีเรียที่เป็นมิตรนั้นมีความสัมพันธ์ทางชีวภาพกับโฮสต์มนุษย์ของพวกเขาเพราะพวกเขาช่วยร่างกายมนุษย์ในรูปแบบที่มีประโยชน์หลากหลาย แบคทีเรียชนิดอื่น ๆ ในระบบย่อยอาหารนั้นไม่เป็นมิตรรวมถึงแบคทีเรียที่ผลิตอหิวาตกโรคโบทูลิซึมและซัลโมเนลโลซิส
การประเมินที่หลากหลายบ่งชี้ว่ามีแบคทีเรีย 300 ถึง 1,000 ชนิดในระบบย่อยอาหาร โดยทั่วไปแล้วแบคทีเรียเหล่านี้เรียกอีกอย่างว่าฟลอร่าลำไส้ช่วยร่างกายในหลายวิธี ได้แก่ การช่วยย่อยอาหารเสริมสร้างระบบภูมิคุ้มกันและป้องกันการเติบโตของสิ่งมีชีวิตที่ไม่เป็นมิตร แบคทีเรียที่เป็นมิตรส่วนใหญ่อาศัยอยู่ในลำไส้ใหญ่และส่วนหนึ่งของลำไส้เล็ก สภาพแวดล้อมที่เป็นกรดของกระเพาะอาหารไม่เอื้อต่อการเจริญเติบโตของแบคทีเรีย
แบคทีเรียจะเริ่มเติมระบบย่อยอาหารของมนุษย์ทันทีหลังคลอด หนึ่งในแบคทีเรียที่พบมากที่สุดตามผู้เชี่ยวชาญคือ Bacteroides แบคทีเรียเหล่านี้ช่วยในการย่อยอาหารพืชเช่นผักขม Bacteroides ปล่อยเอนไซม์ที่ร่างกายมนุษย์ขาดและโดยการทำเช่นนั้นสารอาหารจากพืชอาหารสามารถดูดซึม ร่างกายมนุษย์ได้รับวิตามินเคและวิตามินบีบางส่วนเนื่องจากการทำงานของ Bacteroides
แลคโตบาซิลลัส เป็นแบคทีเรียที่เป็นมิตรอีกชนิดหนึ่ง พบในอาหารหลายชนิดเช่นโยเกิร์ตเบียร์ไวน์และช็อคโกแลตแบคทีเรีย แลคโตบาซิลลัส มีชื่อเสียงในการช่วยระบบภูมิคุ้มกันและป้องกันโรคต่างๆเช่นไข้หวัด งานวิจัยบางชิ้นดูเหมือนว่าบ่งบอกว่า แลคโตบาซิลลัส มีคุณสมบัติในการต้านมะเร็งเช่นกัน แลคโตบาซิลลัส มีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของเนื้องอกเมื่อให้กับสัตว์
แบคทีเรียบางตัวในระบบย่อยอาหารมีชื่อเสียงว่าไม่เป็นมิตรและก่อให้เกิดความเสียหายอย่างมากมาย ตัวอย่าง ได้แก่ Vibrio cholera , Clostridium botulinum และแบคทีเรีย Salmonella หลายชนิด โรคที่เกิดจากแบคทีเรียเหล่านี้บางครั้งอาจถึงตายได้
Vibrio cholera ซึ่งเป็นแหล่งของอหิวาตกโรคสามารถแพร่กระจายผ่านทางน้ำดื่ม อาการของมันรวมถึงอาการท้องร่วงและการขาดน้ำด้วยการขาดน้ำอย่างรุนแรงเป็นหนึ่งในสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของการเสียชีวิตจากโรคนี้ Clostridium botulinum ก่อให้เกิดโรคโบทูลิซึมจากโรคร้ายแรงโดยการปล่อยสารพิษที่สามารถเริ่มต้นกล้ามเนื้อเป็นอัมพาตตาพร่ามัวและระบบทางเดินหายใจนอกเหนือไปจากอาการท้องเสียและอาเจียน พิษของ เชื้อ Salmonella ทำให้อาเจียนและท้องเสียซึ่งเกิดจากการกินไข่ที่ติดเชื้อเนื้อสัตว์และอาหารแปรรูป แบคทีเรียตัวนี้ก่อให้เกิดโรคที่ จำกัด ตัวเองซึ่งหมายความว่าร่างกายมักจะต่อสู้กับโรคด้วยตัวเอง
