มีเอนไซม์ระบบย่อยอาหารหลายประเภทแต่ละชนิดได้รับการออกแบบมาเพื่อแยกส่วนต่าง ๆ ของอาหารซึ่งสามารถพบได้ที่จุดต่าง ๆ ในระบบย่อยอาหาร หมวดหลักของเอนไซม์คืออะไมเลส, ไลเปส, โปรตีเอส, และนิวคลีเอส ต่อมในปาก, กระเพาะอาหาร, ลำไส้เล็กและตับอ่อนหลั่งบางส่วนหรือทั้งหมดเหล่านี้เป็นอาหารผ่านไปตามทางเดินอาหารเพื่อที่จะถูกทำลายลงและใช้งานโดยร่างกาย เอนไซม์ย่อยอาหารส่วนใหญ่พบในน้ำตับอ่อนถึงแม้ว่าจะมีอยู่ในน้ำลายและน้ำย่อยในกระเพาะอาหาร
เอนไซม์ระบบย่อยอาหารตัวแรกที่เริ่มกระบวนการย่อยคืออะไมเลส เอนไซม์ประเภทนี้ถูกออกแบบมาเพื่อสลายคาร์โบไฮเดรตให้เป็นน้ำตาลอย่างง่ายที่ร่างกายสามารถประมวลผลได้ มันจะถูกหลั่งออกมาทางปากเป็นครั้งแรกโดยต่อมน้ำลายซึ่งมันเริ่มย่อยอาหารเช่นผลไม้ผักและถั่ว อะไมเลสจำนวนมากจะถูกผลิตโดยตับอ่อนและส่งไปยังลำไส้เล็กซึ่งยังคงช่วยสลายคาร์โบไฮเดรต อะไมเลสมีหลายประเภทย่อยแต่ละประเภทได้รับการออกแบบเพื่อประมวลผลคาร์โบไฮเดรตบางประเภท ตัวอย่างเช่นแลคเตสแบ่งน้ำตาลนมและซูโครสทำลายแป้งและน้ำตาลที่ซับซ้อน
โปรตีเอสเป็นกลุ่มของเอนไซม์ระบบย่อยอาหารที่ทำลายโปรตีนที่มีอยู่ในเนื้อสัตว์ถั่วและชีส กระเพาะอาหารและตับอ่อนสร้างโปรตีเอสดังนั้นการประมวลผลของโปรตีนจึงเริ่มเข้าสู่ระบบย่อยอาหารมากกว่าคาร์โบไฮเดรต โปรตีนจะต้องถูกย่อยสลายเป็นกรดอะมิโนซึ่งมีความสำคัญต่อการทำงานของเซลล์ทั้งหมด โปรตีเอสชนิดหลักที่พบในร่างกายมนุษย์คือเพปซินและเพปทิเดส
เอนไซม์ระบบย่อยอาหารอีกชนิดหนึ่งคือเอนไซม์ไลเปส หน้าที่ของไลเปสคือการสลายไขมันเช่นที่พบในน้ำมันเนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์จากนม ไลเปสบางชนิดเกิดขึ้นในปากและท้อง แต่ส่วนใหญ่มาจากตับอ่อนและทำงานในลำไส้เล็ก ที่นี่ใช้งานได้กับน้ำดีที่สร้างโดยตับซึ่งปล่อยโมเลกุลไขมันขนาดใหญ่ทำให้มีขนาดเล็กลงดังนั้นเอนไซม์ไลเปสจึงสามารถย่อยสลายได้มากขึ้นเป็นกลีเซอรีนและกรดไขมัน
ตับอ่อนยังผลิตเอนไซม์ระบบย่อยอาหารขั้นสุดท้าย nuclease เอนไซม์นี้ทำขึ้นเพื่อสลายกรดนิวคลีอิกเช่น DNA และ RNA มันทำหน้าที่แยกพันธะระหว่างนิวคลีโอไทด์ซึ่งจะปลดปล่อยไนโตรเจนและน้ำตาลอย่างง่าย
