เอนไซม์ย่อยโปรตีนที่เรียกว่าโปรตีเอสหรือเปปไทเดสเป็นโปรตีนที่เผาผลาญโปรตีนอื่น ๆ เป็นโมเลกุลขนาดเล็ก โปรตีเอสบางตัวเป็นองค์ประกอบที่สำคัญของระบบย่อยอาหารของสัตว์ส่วนใหญ่ซึ่งพวกมันจะกระตุ้นการสลายโปรตีนจากอาหารลงในกรดอะมิโนที่ทำขึ้นมา อื่น ๆ ทำหน้าที่เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาของฟังก์ชั่นเซลล์พื้นฐานมากมายรวมถึงการกระตุ้นฮอร์โมนและการปิดการใช้งานการตายของเซลล์การเจริญเติบโตและการกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกัน โปรตีเอสชนิดต่าง ๆ ถูกจำแนกตามกลไกการสลายโปรตีน
การย่อยโปรตีนเกิดขึ้นจากการไฮโดรไลซิสของพันธะเปปไทด์ที่รวมกรดอะมิโนของโปรตีนเข้าด้วยกัน โปรตีเอสดำเนินกระบวนการนี้เรียกว่าโปรตีโอไลซิส เมแทบอลิซึมของโปรตีนเกี่ยวข้องกับการแบ่งโปรตีนออกเป็นกรดอะมิโนที่เป็นส่วนประกอบซึ่งจะถูกนำไปผ่านกระบวนการทางเดิน anabolic ที่แตกต่างกันไปสู่โปรตีนใหม่ โปรตีเอสชนิดต่าง ๆ นั้นมักจะถูกจัดประเภทตามที่กรดอะมิโนในโปรตีนกระตุ้นการแยกพันธะเปปไทด์ที่จับโปรตีนไว้ด้วยกัน เอนไซม์ย่อยสลายโปรตีนที่สำคัญนั้นถูกสังเคราะห์เป็นโมเลกุลตั้งต้นขนาดใหญ่จากนั้นจะถูกตัดเป็นโมเลกุลขนาดเล็กทำให้เหลือเพียงเอนไซม์ที่ทำงาน
เอนไซม์ที่สำคัญในการย่อยโปรตีนในระบบย่อยอาหาร ได้แก่ pepsin, trypsin และ chymotrypsin Pepsin ทำในกระเพาะอาหารและ trypsin และ chymotrypsin ทำในตับอ่อน เอนไซม์เหล่านี้ทำลายโปรตีนในกระเพาะอาหารและลำไส้เล็กในขณะที่เอนไซม์ย่อยอาหารอื่น ๆ จะเผาผลาญคาร์โบไฮเดรตและไขมัน
Pepsin เป็นสิ่งสำคัญที่สุดในกลุ่มนี้และเป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มเอนไซม์ที่เรียกว่าแอสปาร์เตทโปรตีเอส สองหลัง - trypsin และ chymotrypsin - เป็นชนิดของเอนไซม์ที่เรียกว่าซีรีนโปรตีเอส กลุ่มนี้กระตุ้นการลดหลั่นของสารเคมีบางอย่างที่นำเซลล์ภูมิคุ้มกันไปโจมตีแอนติเจนและทำให้เกิดปฏิกิริยาที่จำเป็นสำหรับการแข็งตัวของเลือด
เอนไซม์ย่อยโปรตีนอีกประเภทหนึ่งเรียกว่า exopeptidases และผลิตในตับอ่อน กรดอะมิโนเหล่านี้จะกำจัดกรดอะมิโนออกจากปลายโซ่โพลีเปปไทด์ของโปรตีน เอนไซม์ประเภทนี้สามารถย่อยโปรตีนได้อย่างสมบูรณ์เพราะมันเริ่มทำลายพันธะระหว่างกรดอะมิโนแต่ละตัวที่ปลายด้านหนึ่งของสายโซ่และยังคงทำเช่นนี้ไปจนถึงปลายอีกด้านหนึ่ง Exopeptidases เร่งการย่อยโปรตีนที่รวดเร็วมากและสามารถทำลายเนื้อเยื่อรอบ ๆ ได้หากพวกมันรั่วไหลออกจากตับอ่อนและเข้าสู่กระแสเลือดเนื่องจากได้รับบาดเจ็บ
เอนไซม์ย่อยโปรตีนอีกกลุ่มหนึ่งควบคุมการไหลเวียนของโปรตีนโดยการย่อยสลายโมเลกุลส่วนเกินหรือเสียหาย เอนไซม์เหล่านี้หลายชนิดรู้จักกันในชื่อว่าซีสเตอีนโปรตีเอสและเกิดขึ้นในสัตว์และพืชหลายชนิด พวกเขาพบในผลไม้เช่นสับปะรดและมะละกอและบัญชีบางส่วนของความเป็นกรดรุนแรงในน้ำผลไม้ของผลไม้เหล่านี้ โปรตีเอสของซิสเตอีนมีความสำคัญต่อกระบวนการตายของเซลล์ที่ได้รับการกำหนดโปรแกรมการผลิตฮอร์โมนการพัฒนากระดูก นักวิจัยยังเชื่อว่าโปรตีเอสชนิดนี้มีผลต่อจุดสำคัญในวัฏจักรของเซลล์ซึ่งมีผลต่อระยะการเจริญเติบโตและการแบ่งตัวของเซลล์
