โพรงเซลล์ต้นกำเนิดนั้นเป็นที่ตั้งของร่างกายที่สามารถพบเซลล์ต้นกำเนิดได้ วลีทางเทคนิคหมายถึงส่วนเฉพาะของพื้นที่ทั่วไปของเนื้อเยื่อซึ่งเชื่อว่ามีเซลล์ต้นกำเนิด สถานที่ต่าง ๆ มากมายในร่างกายมนุษย์ที่เป็นผู้ใหญ่มีโพรงเซลล์ต้นกำเนิดเช่นไขกระดูกผิวหนังและตับ นอกจากนี้เซลล์ต้นกำเนิดมีอยู่มากมายในตัวอ่อน เซลล์ต้นกำเนิดนั้นเป็นเซลล์ที่ไม่มีการกำหนดโดยทั่วไปซึ่งภายหลังสามารถเรียนรู้ที่จะทำหน้าที่พิเศษและซ่อมแซมเนื้อเยื่อที่เสียหาย
สภาพแวดล้อมแบบไมโครที่เฉพาะเจาะจงซึ่งเป็นที่ตั้งของสเต็มเซลล์เรียกว่าสเต็มเซลล์ ในมนุษย์เซลล์สเต็มเซลล์สามารถพบได้ในไขกระดูกสมองหลอดเลือดและหัวใจรวมถึงที่อื่น ๆ ลูกอัณฑะของชายและรังไข่ของผู้หญิงก็มีช่องเซลล์ต้นกำเนิดเช่นเดียวกับสายสะดือที่เชื่อมโยงแม่กับลูกของเธอ เมื่อสเต็มเซลล์ถูกลบออกจากโพรงมันจะไม่สามารถแบ่งได้ซึ่งเป็นสิ่งจำเป็นถ้ามันจะปรับตัวเพื่อเติมฟังก์ชันอื่นภายในร่างกาย นักวิทยาศาสตร์กำลังมองหาวิธีที่จะสร้างเซลล์ต้นกำเนิดให้มากขึ้นโดยใช้ "การเพาะเลี้ยงเซลล์"
โดยปกติแล้วเซลล์ต้นกำเนิดจะครอบครองโพรงเซลล์ต้นกำเนิดจนกว่าร่างกายจะต้องการแทนที่เนื้อเยื่อที่เสียหาย โดยปกติแล้วสเต็มเซลล์จะไม่แบ่งและยังคงอยู่จนกว่าจะมีความต้องการ โพรงเซลล์ต้นกำเนิดเป็นเทคนิคที่ตั้งเฉพาะภายในแต่ละพื้นที่เนื้อเยื่อทั่วไปที่เซลล์ต้นกำเนิดอยู่ ตัวอย่างเช่นภายในไขกระดูกเซลล์ต้นกำเนิดจะอยู่ใกล้กับเซลล์เยื่อบุ osteoblastic
นักวิทยาศาสตร์กำลังค้นหาตำแหน่งสเต็มเซลล์ใหม่เนื่องจากประโยชน์ของสเต็มเซลล์ที่อาจต้องใช้ในการรักษาด้วยยา เซลล์ต้นกำเนิดนั้นเป็นเซลล์ที่ยังไม่ได้พัฒนาหน้าที่เฉพาะเพื่อรับใช้ภายในร่างกาย ความจริงนี้หมายความว่าเซลล์ต้นกำเนิดหนึ่งเซลล์สามารถเปลี่ยนเป็นเซลล์ประสาทเซลล์สมองชนิดพิเศษหรือเซลล์อินซูลินหลั่งเซลล์ตับอ่อนขึ้นอยู่กับวิธีการเพาะเลี้ยง มีการเพิ่มค็อกเทลของสารเคมีที่แตกต่างกันเมื่อมีการสร้างเซลล์ต้นกำเนิดเพื่อจำลองสภาพแวดล้อมเฉพาะที่จำเป็นสำหรับการทำงาน
เซลล์ต้นกำเนิดบางเซลล์ตั้งอยู่ภายในตัวอ่อนทารกในครรภ์ เหตุผลของเรื่องนี้ก็คือเซลล์ที่ประกอบเป็นตัวอ่อนน้อยกว่านั้นมีฟังก์ชั่นพิเศษเนื่องจากยังคงพัฒนาอยู่ เซลล์ต้นกำเนิดประเภทนี้มีเซลล์ต้นกำเนิดที่มีประโยชน์มากกว่าเนื่องจากไม่จำเป็นต้องมีการ "ฟื้นฟูสภาพ" ก่อนใช้งาน การใช้ตัวอ่อนทำให้การวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดเป็นหัวข้อที่ถกเถียงกันอยู่
