การย่อยสามารถเป็นได้ทั้งทางเคมีหรือทางกล การย่อยเชิงกลคือการย่อยอาหารลงในอนุภาคขนาดเล็กเพื่อให้สามารถประมวลผลได้ง่ายขึ้นโดยระบบย่อยอาหาร ตัวอย่างที่ดีที่สุดของเรื่องนี้คือการบดเคี้ยวซึ่งเป็นคำสำหรับเคี้ยว ฟันสับอาหารขึ้นเป็นชิ้นเล็ก ๆ ซึ่งผ่านระบบย่อยอาหาร การย่อยสารเคมีเป็นการย่อยสลายของอนุภาคอาหารผ่านปฏิกิริยาทางเคมี การย่อยสารเคมีและเชิงกลรวมกันเพื่อแปรรูปอาหารดูดซับสารอาหารและแร่ธาตุและทิ้งของเสีย
การย่อยทางกลน้อยมากเกิดขึ้นนอกปาก การเคี้ยวอาหารแบ่งมันออกเป็นชิ้นย่อยง่ายขึ้น กระเพาะอาหารทำการย่อยทางกลไกเล็กน้อยเมื่อกล้ามเนื้อขยายตัวและหดตัวเพื่อเคลื่อนย้ายอาหารรอบ ๆ ในกระเพาะอาหาร นี่คือเพื่อให้อาหารหลั่งสารเคมีในกระเพาะอาหารมากขึ้นและทำให้ย่อยง่ายขึ้น การเคลื่อนไหวของอาหารในลักษณะเดียวกันผ่านการหดตัวของกล้ามเนื้อก็เกิดขึ้นในลำไส้เล็กและลำไส้ใหญ่
การขยายตัวและการหดตัวของกล้ามเนื้อที่เกิดขึ้นทั่วระบบทางเดินอาหารในระหว่างการย่อยทางกลเรียกว่า peristalsis กล้ามเนื้อมีสองกลุ่มที่ทำงานพร้อมกันเพื่อเคลื่อนย้ายอาหาร กล้ามเนื้อวงกลมและกล้ามเนื้อตามยาวทำงานร่วมกัน กลุ่มแรกหนึ่งสัญญาจากนั้นกลุ่มอื่น ไส้เดือนเคลื่อนที่ผ่านการหดตัวของกล้ามเนื้อ
กระบวนการย่อยสารเคมีจะเริ่มขึ้นในปากซึ่งจะหลั่งน้ำลายซึ่งเป็นสารเคมีที่ทำงานเพื่อเริ่มย่อยอาหารทันทีที่กินเข้าไป น้ำลายหรือที่เรียกว่าน้ำลายหรือน้ำลายมาจากต่อมน้ำลายที่อยู่ในปากและเป็นน้ำ 98% มีต่อมน้ำลายอยู่สามคู่และอีกหลายร้อยอัน
การย่อยสารเคมีที่เกิดขึ้นในกระเพาะอาหารส่วนใหญ่ผ่านทางเอนไซม์และกรดไฮโดรคลอริก กระเพาะอาหารจะหลั่ง pepsinogen ซึ่งเปลี่ยนเป็น pepsin และสลายโปรตีน กรดไฮโดรคลอริกให้ระดับ pH ต่ำซึ่งเอนไซม์สามารถเจริญเติบโตได้ การรวมกันของเอนไซม์และกรดในกระเพาะอาหารยังช่วยฆ่าแบคทีเรียที่อาจแฝงตัวอยู่ในอาหาร อาหารเคี้ยวที่เข้าสู่กระเพาะอาหารเรียกว่ายาลูกกลอนและเรียกว่า chyme หลังจากที่ออกจากกระเพาะอาหาร
หลังจากอาหารออกจากกระเพาะอาหารแล้วมันจะเข้าสู่ลำไส้เล็กซึ่งมีของเหลวเพิ่มอีกสามตัวเพื่อย่อยอาหารต่อไป ตับผลิตน้ำดีและเก็บไว้ในถุงน้ำดีจนกว่าจำเป็น ตับอ่อนหลั่งน้ำตับอ่อนซึ่งใช้ในการย่อยอาหาร ในที่สุดอาหารจะถูกย่อยโดยเอนไซม์ที่หลั่งออกมาจากเยื่อเมือกในลำไส้เล็ก ยังคงเคลื่อนที่โดยวิธีการบีบตัวของมันอาหารจะออกจากลำไส้เล็กและเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ซึ่งมีสารอาหารจำนวนมากถูกดูดซึมและจากนั้นของเสียก็จะออกจากร่างกายผ่านทางทวารหนัก
