RNA ขนาดเล็กเป็นคำที่ใช้อธิบายคลาสที่ไม่ใช่กรดริบบอนนิวคลีอิก (ncRNA) หลายคลาส แม้ว่าคำว่า RNA ขนาดเล็ก มักจะใช้เพื่ออธิบายถึงสายสั้น ๆ ของ ncRNA ที่พบในเซลล์แบคทีเรีย แต่มันก็ยังใช้เป็นคำในร่มสำหรับ ncRNA ชนิดอื่นที่ได้รับการศึกษาในสัตว์พืชและเชื้อรา RNA ขนาดเล็กมีส่วนเกี่ยวข้องอย่างมากในการควบคุมยีนและอาจมีการใช้งานในการรักษาด้วยยีน
ncRNA นั้นแตกต่างกันในการทำงานจาก RNA อื่นโดยที่มันไม่ได้เป็นรหัสสำหรับโปรตีนโดยตรง ncRNA นั้นเกี่ยวข้องกับการทำงานของเซลล์อื่น ๆ รวมถึงการแสดงออกของยีนและการดัดแปลง โมเลกุลอาร์เอ็นเอขนาดเล็กมักประกอบด้วยนิวคลีโอไทด์ประมาณ 20 ถึง 30 มีอาร์เอ็นเอขนาดเล็กหลายประเภทรวมถึง microRNAs (miRNAs), อาร์เอ็นเอรบกวนสั้น (siRNAs), และนิวคลีโอนิกส์ขนาดเล็ก RNAs (snoRNAs)
RNA ขนาดเล็กบางประเภทเช่น microRNA และ siRNA นั้นมีความสำคัญในการทำให้เงียบของยีน ยีนเงียบเป็นกระบวนการของการควบคุมทางพันธุกรรมที่ยีนที่ปกติจะแสดงออกคือ "ปิด" โดยองค์ประกอบภายในเซลล์ในกรณีนี้ RNA ขนาดเล็ก โปรตีนที่ปกติจะเกิดขึ้นจากข้อมูลทางพันธุกรรมนี้ไม่ได้เกิดขึ้นเนื่องจากการรบกวนและข้อมูลที่เข้ารหัสในยีนจะถูกปิดกั้นจากการแสดงออก
ยีนเงียบมีบทบาทสำคัญในการปกป้องสิ่งมีชีวิตตามธรรมชาติจากการโจมตีของไวรัส งานวิจัยแสดงให้เห็นว่า siRNA อาจมีประโยชน์ในการรักษาด้วยเช่นกันเพราะสามารถใช้เพื่อกระตุ้นการน็อคเอาท์ของยีนเป้าหมายได้ ความซับซ้อนของการควบคุมทางพันธุกรรมทำให้มันยากที่จะพัฒนาศักยภาพการรักษาของ siRNA โดยเฉพาะอย่างยิ่งเนื่องจากมันทำงานแตกต่างกันในเซลล์ชนิดต่าง ๆ
snoRNAs อีกคลาสหนึ่งของ RNA ขนาดเล็กทำหน้าที่เป็นสื่อกลางในการดัดแปลงทางเคมีของโมเลกุล RNA อื่น ๆ ตัวอย่างเช่น snoRNAs ช่วยแนะนำการปรับเปลี่ยน pre-ribosomal RNA (pre-rRNA) และช่วยให้การพัฒนากลายเป็น ribosomal RNA (rRNA) ซึ่งเป็นหนึ่งในองค์ประกอบหลักของไรโบโซม snoRNA บางตัวไม่ปรากฏที่เป้าหมายโมเลกุล RNA ที่เฉพาะเจาะจงและอาจมีฟังก์ชั่นอื่น ๆ เช่นการควบคุมการต่อรอยทางเลือกหรือการเชื่อมต่อใหม่ของลำดับ RNA
การกระทำของ RNA ขนาดเล็กได้รับการศึกษาในสิ่งมีชีวิตหลายแบบ สิ่งเหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นพืชเช่นพืชออกดอก Arabidopsis thaliana ข้าวโพดและข้าว รุ่นอื่น ๆ ได้แก่ ไส้เดือนฝอย Caenorhabditis elegans, แมลงวันผลไม้ Drosophila melanogaster, หนูและมนุษย์ การใช้สิ่งมีชีวิตเหล่านี้และสิ่งอื่น ๆ ศักยภาพของ RNA ขนาดเล็กเป็นเครื่องมือสำหรับการจัดการทางพันธุกรรมกำลังถูกวิจัยโดยนักวิทยาศาสตร์ในสาขาชีววิทยาและการแพทย์ประยุกต์
