กายวิภาคของระบบย่อยอาหารถูกออกแบบมาเพื่อเคลื่อนย้ายอาหารผ่านร่างกายแปรรูปเป็นพลังงานและดูดซับวิตามินและแร่ธาตุที่สำคัญตลอดทาง ทางเดินที่อาหารใช้เรียกว่าทางเดินอาหาร ร่างกายเริ่มย่อยอาหารในปากจากนั้นเคลื่อนผ่านหลอดอาหารกระเพาะลำไส้เล็กและลำไส้ใหญ่และในที่สุดก็ขับของเสียออกทางทวารหนัก ตับ, ตับอ่อน, ถุงน้ำดีและส่วนต่าง ๆ ของระบบประสาทและระบบไหลเวียนเลือดก็มีบทบาทเล็กน้อยในการย่อยอาหาร แต่ก็ถือว่าเป็นส่วนหนึ่งของกายวิภาคของระบบย่อยอาหารเช่นกัน
อาหารที่เข้าปากทันทีจะเริ่มพังเพราะน้ำลายเป็นการหลั่งของต่อมน้ำลาย ฟันแบ่งอาหารออกเป็นส่วนย่อยและน้ำลายมีเอ็นไซม์ที่เริ่มสลายคาร์โบไฮเดรต ลิ้นช่วยในการเคลื่อนย้ายอาหารรอบ ๆ ปากและในที่สุดก็ดันไปทางด้านหลังของคอที่จะกลืนเข้าไป
เมื่อบุคคลหนึ่งกลืนเข้าสู่กระบวนการเคลื่อนย้ายของทางเดินอาหารโดยไม่สมัครใจและกระบวนการดังกล่าวได้รับการอำนวยความสะดวกโดยโครงสร้างกล้ามเนื้อที่สร้างขึ้นในส่วนต่างๆของกายวิภาคของระบบย่อยอาหาร จากปากอาหารจะเข้าสู่หลอดอาหารซึ่งเป็นท่อจากปากสู่ท้อง ผนังของมันมีกล้ามเนื้อที่สามารถขยายและหดตัวในระดับหนึ่งเพื่อให้อาหารชิ้นใหญ่และเล็กผ่านมัน ในตอนท้ายของหลอดอาหารเป็นกล้ามเนื้อหูรูดของหลอดอาหารซึ่งเป็นประตูสู่กระเพาะอาหาร
กระเพาะอาหารเป็นที่ที่การย่อยอาหารส่วนใหญ่เกิดขึ้นและมีความสำคัญต่อกายวิภาคของระบบย่อยอาหาร กรดในกระเพาะอาหารในรูปของเอนไซม์และกรดไฮโดรคลอริกจะย่อยสลายอาหารมากขึ้นและปั่นเป็นของเหลวที่เรียกว่า chyme กล้ามเนื้อในผนังกระเพาะอาหารทำให้อาหารเคลื่อนไหวช้าๆเทลงในลำไส้เล็ก
ลำไส้เล็กเป็นส่วนที่ยาวที่สุดของกายวิภาคของระบบย่อยอาหาร มันยาวประมาณ 24 ฟุต (7.3 ม.) และเชื่อมต่อกระเพาะอาหารกับลำไส้ใหญ่หรือลำไส้ใหญ่ กล้ามเนื้อในผนังลำไส้เล็กทำให้อาหารเคลื่อนที่ผ่านกระบวนการที่เรียกว่า peristalsis ในขณะที่อยู่ในลำไส้เล็กอาหารจะถูกย่อยสลายเพิ่มขึ้นและพลังงานและสารอาหารจะถูกดูดซึมผ่านผนังลำไส้และเข้าสู่กระแสเลือด น้ำผลไม้จากอวัยวะอื่นเช่นตับอ่อนและตับก็อพยพไปตามผนังลำไส้เพื่อช่วยในการย่อยอาหาร
ลำไส้ใหญ่มีความยาวประมาณหนึ่งในห้าของลำไส้เล็ก แต่มีเส้นผ่านศูนย์กลางใหญ่กว่า ผนังของลำไส้ใหญ่ยังคงดูดซับสารอาหารต่อไป แต่ปล่อยให้ส่วนที่เหลืออยู่ในรูปของผลพลอยได้จากกระบวนการย่อยอาหาร ของเสียที่เรียกว่าอุจจาระนั้นจะถูกขับออกจากร่างกายผ่านการเคลื่อนไหวของลำไส้
