การถกเถียงเรื่องเซลล์ต้นกำเนิดล้อมรอบปัญหาพื้นฐานหลายประการเกี่ยวกับการใช้เซลล์ต้นกำเนิดของมนุษย์ในการวิจัยทางการแพทย์ ส่วนใหญ่ผู้เสนอของทั้งสองฝ่ายชี้ให้เห็นว่ามุมมองในการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจะต้องถูกกำหนดโดยความเชื่อทางศีลธรรมและจริยธรรมของแต่ละบุคคล เมื่อการวิจัยสเต็มเซลล์ถูกผูกไว้กับประเด็นทางกฎหมายและการระดมทุนของรัฐบาลอย่างไรก็ตามการถกเถียงเรื่องเซลล์ต้นกำเนิดกลายเป็นการถกเถียงที่ใหญ่กว่ามาก
เซลล์ต้นกำเนิดเป็นสารพันธุกรรมชนิดหนึ่งที่พบในมนุษย์และสัตว์ เซลล์เหล่านี้มีลักษณะเฉพาะเนื่องจากสามารถแบ่งและแก้ไขตัวเองเพื่อซ่อมแซมเนื้อเยื่อหรือสร้างเซลล์เพิ่มเติมในกรณีที่มีข้อบกพร่อง ด้วยเหตุนี้นักวิทยาศาสตร์จึงพบว่าเซลล์ต้นกำเนิดนั้นมีความเหมาะสมในการรักษาเลือดเนื้อเยื่อและอวัยวะที่ผิดปกติและอาจรักษาโรคทางพันธุกรรมหรือโรคที่ได้มาเช่นมะเร็งหลายเส้นโลหิตตีบเบาหวานและโรคพาร์กินสัน เซลล์ต้นกำเนิดจากร่างกายเติบโตในเนื้อเยื่อของร่างกายจำนวนมากและโดยทั่วไปแล้วจะสกัดและดัดแปลงโดยไม่ทำร้ายผู้บริจาค นักวิจารณ์เพียงไม่กี่คนพบว่าการรักษาด้วยสเต็มเซลล์จากผู้ใหญ่และการวิจัยมีความขัดแย้งสูงทำให้มีข้อโต้แย้งในด้านการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากตัวอ่อน
เซลล์ตัวอ่อนจะพบในไข่หลังจากการปฏิสนธิเกิดขึ้น นักวิทยาศาสตร์หลายคนเชื่อว่าเซลล์เหล่านี้อาจมีประโยชน์ไม่เหมือนใครเพราะสามารถดัดแปลงเพื่อสร้างเซลล์ประเภทใดก็ได้ในร่างกาย การวิจัยทางวิทยาศาสตร์โดยใช้เซลล์ตัวอ่อนถือเป็นส่วนสำคัญในการพัฒนาความสามารถทางการแพทย์ อย่างไรก็ตามในกระบวนการสกัดเซลล์ตัวอ่อนที่ปฏิสนธิจะถูกทำลายซึ่งนักวิจารณ์บางคนถือเอาการทำแท้งและบางคนเชื่อว่าเป็นการใช้ชีวิตในทางที่ผิดอย่างร้ายแรง
บางประเด็นที่ล้อมรอบการโต้เถียงของสเต็มเซลล์นั้นคล้ายคลึงกับประเด็นที่เกี่ยวกับการทำแท้ง ตามศาสนาและระบบจริยธรรมหลายชีวิตเริ่มต้นที่การปฏิสนธิ หากสิ่งนี้เป็นจริงมาตรการใด ๆ ที่ตั้งใจจะหยุดการพัฒนาหลังจากการปฏิสนธิถือเป็นการทำลายชีวิตมนุษย์
นักวิจารณ์คนอื่นไม่ได้มีปัญหาเรื่องคุณธรรมกับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิด แต่กลัวที่จะเป็นแบบอย่างสำหรับการทดลองของมนุษย์ นักวิจารณ์บางคนอาจสนับสนุนแนวคิดของการวิจัย แต่ต้องการแนวทางทางกฎหมายที่เข้มงวดและเข้มงวดซึ่งจะป้องกันการทดลองทางพันธุกรรมเช่นการโคลนนิ่งและเพื่อให้แน่ใจว่าตัวอ่อนจะถูกรวบรวมจากแหล่งที่เหมาะสมเท่านั้น การป้องกันการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดจากการกลายเป็นความลาดชันลื่นเพื่อการทดลองทางพันธุกรรมของมนุษย์ถือเป็นจุดสำคัญในการโต้เถียงเซลล์ต้นกำเนิด
โดยปกติเซลล์ตัวอ่อนที่ใช้ในการวิจัยเป็นผลพลอยได้จากการรักษาภาวะมีบุตรยาก การปฏิสนธินอกร่างกายเกี่ยวข้องกับไข่จำนวนมากที่ถูกปฏิสนธิและวางไว้ในครรภ์ของผู้หญิงเพื่อให้แน่ใจว่าอย่างน้อยจะปลูกฝัง ไข่ที่ไม่ได้ฝังในระหว่างการรักษามักจะได้รับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดเนื่องจากพวกเขาจะไม่สามารถทำการฝังได้อีกต่อไป สิ่งสำคัญคือต้องเข้าใจว่าผู้เชี่ยวชาญส่วนใหญ่ยอมรับว่าควรใช้เพียงไข่ที่ถูกทิ้งเพื่อการวิจัย
เงินทุนของรัฐบาลสำหรับการวิจัยเซลล์ต้นกำเนิดเป็นพื้นที่ที่มีความยุ่งยากเนื่องจากความขัดแย้งของเซลล์ต้นกำเนิด เพื่อกำหนดกฎหมายและเงินทุนรัฐบาลจะต้องถกเถียงกันและลงมติเป็นเอกฉันท์ไม่เพียง แต่สนับสนุนว่าการวิจัยของตัวอ่อนควรได้รับการสนับสนุนหรือไม่ภายใต้แนวทางใด ในสหรัฐอเมริการัฐหลายแห่งเลือกที่จะให้ทุนวิจัยแม้จะมีคำสั่งห้ามจากรัฐบาลกลางเกี่ยวกับเงินทุนที่ประธานาธิบดีจอร์จดับเบิลยูบุชมอบ ในสวีเดนและสหราชอาณาจักรเงินทุนสนับสนุนการวิจัยของตัวอ่อนแม้จะมีการโต้เถียงกันของเซลล์ต้นกำเนิดในขณะที่ประเทศอื่น ๆ อีกมากมายรวมถึงเยอรมนีไอร์แลนด์และโปรตุเกส จำกัด หรือห้ามการปฏิบัติ
