amygdala เป็นโครงสร้างในสมองมักเกี่ยวข้องกับสภาวะอารมณ์ อย่างไรก็ตามมีการเชื่อมต่อที่แข็งแกร่งระหว่าง amygdala และความทรงจำ การทำงานร่วมกับส่วนอื่น ๆ ของระบบลิมบิกเช่นฮิบโปส่วนนี้ของสมองช่วยควบคุมและเข้ารหัสความทรงจำทางอารมณ์ พฤติกรรมในอนาคตมักถูกกำหนดโดยความทรงจำทางอารมณ์ การเชื่อมโยงอารมณ์เช่นความกลัวกับเหตุการณ์ใดเหตุการณ์หนึ่งสามารถช่วยตอบสนองต่อสิ่งเร้าที่เป็นอันตรายหรือความรู้สึกยินดีกับอาหารบางชนิดสามารถช่วยชี้แนะทางเลือกอาหารในอนาคต
มีสองทฤษฎีที่แข่งขันกันว่าอะมิกดาลาช่วยให้ความจำทางอารมณ์เกิดขึ้นได้อย่างไร amygdala อาจเข้ารหัสหน่วยความจำทางอารมณ์โดยตรงในระดับหนึ่งการทำงานกับฮิบโป หรืออาจเป็นอินพุตสำหรับการประมวลผลหน่วยความจำที่ดำเนินการโดยฮิบโป นักวิจัยบางคนเสนอแม้แต่การรวมกันของทฤษฎีเหล่านี้ซึ่งการควบคุมอารมณ์และความทรงจำอาจเกิดขึ้นจริงโดยใช้กิจกรรมในโครงสร้างทั้งสองนี้ amygdala และหน่วยความจำมีความสัมพันธ์กันอย่างใกล้ชิดแม้ว่า amygdala จะไม่สร้างความทรงจำด้วยตัวเอง
การตอบสนองต่อความกลัวเป็นการเชื่อมโยงที่สำคัญระหว่าง amygdala และความทรงจำ แต่โครงสร้างนี้ส่งผลต่อความทรงจำในทางอื่น amygdala ดูเหมือนว่าจะควบคุมวิธีการที่สมองส่วนอื่น ๆ เข้ารหัสความทรงจำระยะยาว เมื่อระดับอารมณ์เร้าอารมณ์ที่ใหญ่ขึ้นในระหว่างกิจกรรมเปิดใช้งานส่วนนี้ของสมองเหตุการณ์ดูเหมือนจะถูกเข้ารหัสรุนแรงขึ้นและเรียกคืนได้ง่ายขึ้น การเชื่อมต่อระหว่าง amygdala และความทรงจำนี้สามารถอธิบายได้ว่าทำไมผู้คนถึงจำเหตุการณ์ที่กระทบกระเทือนจิตใจได้ง่ายกว่าและมากกว่าผู้ที่ไม่มีเนื้อหาทางอารมณ์
ความสามารถของ amygdala และความทรงจำในการทำงานร่วมกันสามารถเป็นสิ่งจำเป็นเพื่อความอยู่รอด นอกจากนี้ยังเป็นสิ่งสำคัญที่จะต้องทราบว่าการเชื่อมต่อที่แข็งแกร่งเกินไปและการจดจำเหตุการณ์ที่น่ากลัวหรือชอกช้ำใจได้ง่ายเกินไปอาจเป็นการขาดดุล ทฤษฎีหนึ่งที่อยู่เบื้องหลังความผิดปกติของความเครียดหลังเกิดบาดแผล (PTSD) คือสิ่งเร้าที่ก่อให้เกิดความเครียดหรือสิ่งเร้าที่คล้ายกับเหตุการณ์ที่กระทบกระเทือนจิตใจครั้งแรก ในทางกลับกันบุคคลที่มีพล็อตจำเหตุการณ์บาดแผลพร้อมกับอารมณ์เชิงลบที่เริ่มมาพร้อมกับมัน การเปิดใช้งานที่คล้ายกันมากกว่านี้อาจเป็นลักษณะของความวิตกกังวลบางรูปแบบเช่นกัน
แม้แต่อารมณ์เชิงบวกก็ยังเอื้ออำนวยต่อการเก็บความทรงจำ อารมณ์เร้าอารมณ์ทุกประเภทนำไปสู่การทำข้อมูลให้ตรงกันใน amygdala ซึ่งสามารถเชื่อมโยงกับความสามารถที่เพิ่มขึ้นในการสร้างการเชื่อมต่อของเส้นประสาท การเชื่อมต่อที่แข็งแกร่งเหล่านี้อาจส่งเสริมการมีปฏิสัมพันธ์ที่ช่วยให้ความทรงจำที่จะเรียกคืนได้เร็วขึ้น amygdalae ที่ใหญ่กว่าอาจมีความสามารถในการบรรลุผลสำเร็จมากกว่านี้
