กระเพาะอาหารเป็นส่วนสำคัญของกระบวนการย่อยอาหารในสัตว์ ระบบย่อยอาหารและกระเพาะอาหารจะทำงานร่วมกันเพื่อย่อยอาหารดูดซับส่วนที่มีประโยชน์และเคลื่อนย้ายส่วนที่เหลือผ่านอวัยวะที่เหลือและทวารหนัก ในอวัยวะที่บิดเบี้ยวและเชื่อมโยงถึงกันนี้ท้องจะอยู่ระหว่างหลอดอาหารและลำไส้เล็ก
เพื่อดูดซับสารอาหารและสร้างพลังงานร่างกายจะต้องสลายอาหาร ระบบย่อยอาหารและกระเพาะทำสิ่งนี้ผ่านการหลั่งกรดและเอนไซม์ อาหารเดินทางจากปากไปยังหลอดอาหารจากนั้นไปที่กระเพาะอาหารและลำไส้เล็กจากนั้นไปยังลำไส้ใหญ่หรือลำไส้ใหญ่และในที่สุดก็ผ่านทางทวารหนักและทวารหนัก เอนไซม์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเคมีที่ดูดซับสารอาหารและเปลี่ยนคาร์โบไฮเดรตให้เป็นพลังงาน
อย่างแรกคือต่อมน้ำลายในปากมีเอนไซม์ที่ย่อยสลายแป้งเป็นโมเลกุลขนาดเล็ก จากนั้นอาหารจะถูกกลืนเข้าไปในหลอดอาหารทะลุผ่านกล้ามเนื้อหูรูดของหลอดอาหารและเข้าไปในกระเพาะอาหาร ระบบย่อยอาหารและกระเพาะอาหารจากนั้นไปทำงานย้ายและผสมอาหารภายใน
กรดในกระเพาะอาหารจะย่อยอาหารและกระเพาะอาหารจะผลิตเอนไซม์ที่ดูดซับโปรตีน ชั้นเมือกหนามากช่วยปกป้องส่วนที่เหลือของร่างกายจากกรดในกระเพาะอาหาร ความผิดปกติของระบบย่อยอาหารบางอย่างเช่นการเกิดกรดมากเกินไปอาจเกิดขึ้นทำให้ชั้นเมือกเสื่อมสภาพ ความผิดปกติที่พบได้ทั่วไปอีกอย่างก็คือกรดไหลย้อนซึ่งกรดจะถูกสำรองไว้ในหลอดอาหารซึ่งไม่มีชั้นเมือกหนา ๆ สำหรับการป้องกัน
กระเพาะอาหารดันส่วนผสมอาหารเข้าไปในลำไส้เล็กผ่านการหดตัวของกล้ามเนื้อ ภายในลำไส้เล็กอาหารผสมกับน้ำผลไม้ที่ผลิตโดยตับอ่อนและตับ จากนั้นอาหารจะเคลื่อนเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ซึ่งเป็นของเสียที่จะออกจากร่างกาย
ความผิดปกติของระบบย่อยอาหารและกระเพาะอาหารอาจมีตั้งแต่อาหารไม่ย่อยหรือที่เรียกว่าอาการอาหารไม่ย่อยไปจนถึงกระเพาะอาหารหรือแผลในกระเพาะอาหาร เนื่องจากกระเพาะอาหารเป็นอวัยวะสำคัญสำหรับกระบวนการย่อยอาหารเงื่อนไขดังกล่าวจึงสามารถสร้างความหายนะต่อระดับน้ำตาลในเลือดความอยากอาหารและหน้าที่อื่น ๆ แพทย์ทางเดินอาหารศึกษาความผิดปกติของระบบย่อยอาหารและกระเพาะอาหาร
วัวแกะแพะหมูและสัตว์อื่น ๆ มีสิ่งที่เรียกว่าระบบย่อยอาหารสัตว์เคี้ยวเอื้อง ตำนานที่พบบ่อยคือสัตว์เหล่านี้มีมากกว่าหนึ่งท้องซึ่งเป็นที่รู้จักกันว่า polygastric แต่สัตว์เหล่านี้มีกระเพาะอาหารที่ใหญ่มากซึ่งแบ่งออกเป็นสี่ส่วนคือเรติคัม, โอมาซัม, รูเมนและอะบามาซัม
